1．
耳与脏腑的生理、病理有着密切的联系。与生理相关的如《素问·金匮真言论》说：“南方赤色，入通于心，开窍于耳，藏精于心”，《灵枢·五阅五使》说：“耳者，肾之官也”，《灵枢·脉度》说：“肾气通于耳，肾和则耳能闻五音矣”，《千金方》说：“心气通于舌，非窍也，其通于窍者，寄见于耳，荣华于耳”，《证治准绳》说：“肾为耳窍之主、心为耳窍之客”，《杂病源流犀烛》说：“肺主气，一身之气贯于耳”。而《厘正按摩要术》在汇集前人经验基础上，提出了耳背与五脏的关系，指出“耳珠属肾，耳轮属脾，耳上轮属心，耳皮肉属肺，耳背玉楼属肝”的生理联系。与病理相关的如《素问·脏器法时论》说：“肝病者，……虚则****无所视，耳无所闻”，《素问·玉机真脏论》说：“脾为孤脏，……其不及则令人九窍不通”，《证治准绳》说：“肺气虚则少气，……是以耳聋”。而察耳的形态、色泽等改变，可“视其外应，以知其内脏”的病变，如《灵枢·本脏》说：耳“黑色小理者肾小，……耳薄不坚者肾脆”，《证治准绳》说：“凡耳轮红润者生，或黄或黑或青而枯燥者死，薄而白、薄而黑者皆为肾败”。现代科学研究表明，耳与脏腑器官在生理上密切联系，不仅存在着相关性，而且具有相对特异性，这为耳针法诊治疾病提供了客观依据。
2．耳与经络的关系
《内经》中所记述的经脉循行分布，说明耳与经络之间存在着密切的联系。近年来的耳穴经络感传实验，也表示耳与经络的相关性。在手足六阳经经脉循行中，有的直接入耳中，有的分布于耳郭周围。手足六阴经经脉循行，虽不直接上行至耳，但通过各自的经别与阳经相合，间接地上达于耳。所以，《灵枢·口问》说：“耳者，宗脉之所聚也”，可见耳与经络的关系在《内经》时期已奠定了基础。后世医著又多有阐述，如《医学真经》说：“十二经脉，上终于耳，其阴阳诸经，适有交并”，《丹溪心法》说：“盖十二经络，上络于耳”、“耳为诸宗脉客所附”，《类经国翼》说：“手足三阴三阳之脉皆入耳中”，《奇经八脉考》一书还从奇经八脉角度，阐述了耳和经络的关系。