脂蛋白（a）[LP（a）]是1963年Berg研究β-脂蛋白的变异型时发现的，当时测定脂蛋白（a）在人群分布率为30%。目前采用更灵敏的方法发现几乎存在于所有人群中，仅是血浆浓度差异很大，波动在0～1000mg/L的范围。Eaton和Melean等于1987年克隆了人Apo（a）的基因序列，并推导出氨基酸序列。结果提示了Apo（a）的分子结构与纤溶酶原极为相似。Apo（a）含有一个疏水信号序列，其后为37个Kingle-4拷贝、1个Kingle-5及1个胰蛋白酶样区。第36个Kingle-4含有一个额外未配对半胱氨酸，推测此处可能是Apo（a）以二硫键与ApoB结合的部位。经胰蛋白酶限制性水解Apo（a）发现，Apo（a）中的Kingle-4有75%～85%的氨基酸与颖溶酶原的第391～472个氨基酸相同，有共同的抗原簇，表现出两者有交叉反应。纤溶酶原（PG）是一种丝氨酸蛋白酶原，含有791个氨基酸残基。结构中含有5个富含半胱氨酸的“Kingle”样结构，即Kingle-5，在Kingle-5的后面为一丝氨酸蛋白酶区。PG与Apo（a）结构相似。
Kingle结构是三个二硫键组成的三套环形结构，含有78～82个氨基酸残基，在其第1与第6，第2与第4，第3与第5半胱氨酸上，连成三个二硫键。这种结构也出现在前凝血酶，尿激酶，链激酶和纤溶酶原激活剂（t-PA）的组份中。由于Apo（a）分子中的Kingle-4数目可在15-37之间变化，从而造成Apo（a）有多种不同的异构体。
Apo（a）结构中有一蛋白酶区，推测其功能可能是一种酶。另外在分子中相当于PG蛋白酶的丝氨酸被精氨酸代替，即可使其丧失酶的功能。由于Kingle结构与PG相似，推测Apo（a）可能结合到像PG受体或纤维蛋白那样的大分子上，再加上LP（a）颗粒携带的胆固醇结合到血管损伤部位，因此它不仅促进动脉粥样硬化形成，也阻碍血管内凝血块的溶解。