命门在人身之中，对脐，附脊骨，自上数下，则为十四椎，自下数上则为七椎，《内经》曰∶七节之旁有小心，此处两肾所寄，左边一肾属阴水，右边一肾属阳水，各开一寸五分，中间是命门所居之宫，既太极图中之白圈也。其右旁一小白窍，即相火也。其左旁之小黑窍，即天一之真水也。此一水一火，俱属无形之气，相火禀命于命门，真水又随相火，自寅至申，行阳二十五度；自酉至丑，行阴二十五度，日夜周流于五脏六腑之间，滞则病，息则死矣。人生男女，交媾之时，先有火会，而后精聚，故曰火在水之先。人生先生命门火，此褚齐贤发前人之所未发，世谓父精母血非也。男女俱以火为先，男女俱有精，但男子阳中有阴，以火为主，女子阴中有阳，以精为主，谓阴精阳气则可，男女合此，二气交聚，然后成形，成形俱属后天矣。后天百骸俱备，若无一点先天火气，尽属死灰矣。然元阳君主之所以为应事接物之用者，皆从心上起经纶，故以心为主。至于栖真养息，而为生生化化之根者，独脏于两肾之中，故尤重于肾，其实非肾，亦非心也。（李时珍曰∶命门，为藏精系胞之物，其体非脂非肉，白膜裹之，在脊骨第七节，两肾中央，系着于脊下，通二肾，上通心肺，贯脑，为生命之原，相火之主，精气之腑，人物皆有之。主人生物皆由此出，男女媾精，皆禀此命火以结胎，人之穷通寿夭，皆根于此。）两肾俱属水，左为阴水，右为阳水，以右为命门，非也。命门在两肾中间。
阳水阴水相火真水命门图(图缺)
命门左边小黑圈是真水之穴，命门右边小白圈是相火之穴，此一水一火俱无形，日夜潜行不息。