命门为精血之海，脾胃为水谷之海，均为五脏六腑之根。然命门为元气之本，为水火之宅，五脏之阴气非此不能滋，五脏之阳气非此不能发。而脾胃中州待火能生，然必少阳春气始于下，则三阳从地起，而后万物得以化生，岂非命门之阳气，正为脾胃之母乎？吾故曰∶脾胃为灌注之本，得后天之气；命门为化生之源，得先天之气，此中本末固有先后。而东垣曰补肾不若补脾，须知可曰补脾不若补肾，可不辨而明矣。
然命门有火候，即元阳之谓也。禀赋有强弱，元气有盛衰，阴阳有胜负，病治有微甚，此火候之所宜辨也。盖一阳之元气，必自下而升；而三焦之普护，乃各见其候。下焦之候，如地土化生之本也；中焦之候，如灶釜水谷之炉也；上焦之候，如太虚神明之宇也。
地土有肥瘠，而出产异；山川有浓薄，而藏蓄异。聚散操权，总由阳气，得一分则有一分之用，失一分则有一分之亏。凡寿夭勇怯，精血病治之基，无不由此，元阳之足与不足，以为消长盈缩之主，下焦火候之谓也。
中焦如灶釜者，胃中阳气，其热如釜。饮食之滋，本于水谷，食强则体壮，食少则身衰。若灶釜之少一炬则迟化一顷，增一炬则速化一时，火力不到则全然不化。故脾胃之化与不化，及饮食之能与不能，亦总由阳明之气强与不强，而阴寒之邪有犯与不犯耳。及其既病，则渐痞渐长，或隔或呕，或膨聚不消，或吞酸嗳腐，食气不变，或腹疼肚痛，终日不饥，或清浊不分，或完谷不化。盖化则无不营运，不化则无不留滞，营运则为气为血，留滞则为积为痰。此中焦火候之谓也。
上焦如太虚者，神明根于阳气，阳气化为神灵，阳之在下则温暖，故曰相火以位；阳之在上则昭明，故曰君火以明。是以阳长阴消，五官治而万类盛。若阳衰阴胜，而阳为阴折，聪明夺而神气减，此上焦火候之谓也。
夫以三焦论火候，非不各有所司，惟命门实，先天真一之气藏于坎中，自下而上，与后天胃气相接，此生生之本也。使真阳不发于渊泉，则总属无根之火矣。
火而无根，即病气也，非元气也。《易》以雷在地下而为复，可见火之标在上，而火之本在下。若使命门阴胜，则元阳畏避，而龙火无藏身之地，游散不归而为烦热格阳等证。善治此者，惟从其性，使阳和之气直入坎中，相求同气，虚阳归原矣。故曰甘温除大热，正此谓也。昧者不明此理，以虚阳作实热，不思温养此火，但知寒凉可以灭火，安望其尚留生意耶？若三焦有客热邪火，皆凡火耳，固不得不除。而除火何难，本非正气火候之谓也。
况命门有生气，即干元不息之机。
不息则惟动惟升，所以阳得生气；息则惟静惟降，所以阴得死气。故干元之气始于下而盛于上，升则向生；坤元之气始于上而盛于下，降则向死。此阴阳之歧，相间不过毛发，而终竟远以千里，故死生之柄，惟此毫厘升降之机耳。譬之水暖则化气，化气是升，生也；水寒则成冰，成冰是降，死也。故肾气独沉，则奉生者少，即此生气之理也。
至若人之生气，无所不在，如脏气、颜色、声音、脉息、四肢、二便俱有生气。生气即神气，神自形生，何不可辨？明者察之，孰者能益生气，孰者能损生气？或先攻病气以保生气，或先固生气以御病气。使不有原始要终之明，则是寸光之流耳。
盖命门有门户，为一身巩固之关。经曰∶仓凛不藏者，是门户不要也∶水泉不止者，是膀胱不藏也。
得守者生，失守者死。又曰∶肾者胃之关也，关门不利，故聚水而从其类。又曰∶黑色通于肾，开窍于二阴。可见北门之主总在乎肾，而肾之政令总在乎命门。
命门司阴阳之柄，阴阳和则出入有常；阴阳病则启闭无序，故有癃闭不通者，以阴竭水枯，干涸之不行也。有滑泄不禁者，以阳虚火败，收摄之无主也。阴精既竭，非壮水必不能行；阳气既虚，非益火必不能固，此治法也。