一、骨质疏松
胆汁淤滞性肝病特别是原发性淤胆型肝硬化的病人，往往合并有肝性骨质疏松症、肝移植手术后大量和长期的皮质激素的应用，也会加重骨质疏松，术后3-6个月，骨质密度会明显下降，但术后1年以后，骨质密度可以逐渐恢复。
骨质疏松可以导致非外伤性骨折及椎体退行性变，这种变化在术前椎骨完全正常的病人中也可以发生[11]。但很少发生骨软化。
饮食中增加钙和维生素D的摄入有利于预防骨质疏松。如果发生骨质密度降低，血中1,25-二羟维生素D水平下降，则可以用维生素D和钙剂进行治疗，每天400IU维生素D和1g钙。
二、代谢性疾病
肝移植术后，可以引起各种代谢性疾病，如糖尿病、高血压、高胆固醇血症和肥胖[12]。糖尿病有时属胰岛素依赖型，必须用胰岛素才能控制。高血压也可以用药物控制，但最好用钙离子通道阻滞剂。在使用环孢素时，高血压较为多见。
三、肾功能损害
在使用环孢素的病人中，高血压和肾功能下降十分常见。这是环孢素引起血管收缩所致,故降低环孢素的剂量症状可以得到改善，也可以用钙离子通道阻滞剂（心痛定）降低血压和改善肾功能，还可以用前列腺素E1对抗环孢的血管收缩作用[13]。
四、神经毒性
环孢素的神经毒性，在临床上常见的表现为躁动、头痛、震颤和感觉异常、严重时可出现癫痫发作、昏迷、意识模糊、皮质性视觉丧失和四肢麻痹。环孢素的神经毒性一般都是可逆的，环孢素停用或减量后，所有这些症状均可以消失[14]。癫痫发作时可以用苯妥英钠治疗。环孢素在血液循环中与脂蛋白结合，低胆固醇血症可以加重环孢素的毒性，特别是其血清浓度低于1.2g/L时。当低胆固醇血症同时伴环孢素浓度大幅度波动时，容易出现脑桥中央髓鞘溶解[15.16]。
如果病人出现持续性头痛，应该进行更详细的神经系统方面的检查，包括头部CT或MRI、腰穿、以排除中枢神经系统的真菌、病毒和细菌感染，以及淋巴瘤和其他肿瘤。在排除器质病变后，可以用非激素类抗炎药物、钙离子通道阻滞剂和β受体阻滞剂进行对症治疗。
五、皮肤粘膜病及其他并发症
由于环孢素和皮质激素的应用，一半以上的肝移植病人出现多毛症，主要表现在脸部、手臂、肩膀和背部，一般不需特殊治疗。
鼻腔益液和湿疣也是环孢素的一个常见并发症，但无需特殊处理。牙龈肥大往往需要口腔专科治疗。
肥胖会引起脂肪肝、加重高血压和糖尿病，所以肝移植病人的体重控制十分重要。另外，环孢素和强的松会引起糖尿病，甚至是胰岛素依赖型的。同时环孢素可以促使胆固醇的生物合成，使血清胆固醇含量升高。但FK506可能降低血清胆固醇水平。