应在全身系统检查的基础上，对泌尿及男性生殖器官进行系统而细致的检查。
（一）肾脏
1．首先应观察两侧肾区是否对称，有无隆起，脊柱是否侧弯等。
2．肾脏触诊，可取仰卧位，屈髋曲膝，使腹肌松弛。采用双手合诊，左手置于腰背脊肋角区，右手置于腹部肋缘下，嘱患者深呼吸，亦可采用侧卧位、坐位或立位。正常情况下，肾脏常不能触及，偶可触及右肾下极。当肾脏肿大、下垂或异位时，则可被触及。应注意部位、大小、质地、活动度及表面情况等。
肾区叩诊可了解有无叩击痛，以左手掌贴于脊肋角区，右拳叩击左手背，如叩痛明显，常有临床意义。
听诊不常用，肾动脉狭窄者可在腹部或下背部听到血管杂音。
（二）输尿管
由于位置深，于体表不能触及， 很少有阳性发现。如果患者消瘦，输尿管有较大结石或肿物，则偶可触及。输尿管在跨过骨盆缘处，距腹壁最近，被称为输尿管点，其体表的投影相当于脐与髂前上棘联线内中三分之一交点下内1．5厘米处。输尿管点压痛，提示输尿管病变。输尿管下端病变可通过肛指或阴道指诊进行检诊。
（三）膀胱
膀胱充盈时可于耻骨上触及，疑为耻骨上肿物时，应在导尿后再行检查。检查时触诊和叩诊可联合应用之。
（四）外生殖器
应注意阴毛之有无及其分布情况；阴茎发育情况，有无畸形、包茎或包皮过长，阴茎头或冠状沟有无溃疡、肿物，尿道外口有无狭窄、炎症及分泌物，阴茎海绵体有无硬结。注意两侧睾丸之大小，形状，硬度，重量及有无压痛；注意两侧附睾大小，有无结节 、肿物、头体尾情况；注意两侧精索有无结节 、肿物，有无蚓状曲张物；并注意检查两侧输精管的情况，注意粗细及有无结节 等。
（五）前列腺和精囊
肛门指诊可了解前列腺之大小、质地、表面情况、中间沟深浅、有无结节 及压痛等。精囊在正常情况下触不到，如精囊增大或有肿瘤、炎症时可触及，或可有触痛。
（一）尿液检查
1．尿常规检查
包括颜色、透明度、酸硷反应、比重，蛋白、尿糖及显微镜检查。
不离心的尿液标本，每个高倍镜视野可有红细胞0～2个，白细胞0～3个。超过此数，表明有泌尿系疾患。
2．尿液细菌学检查
尿标本采集方法：（1）消毒尿道外口，收集中段尿；（2）无菌导尿；（3）耻骨上膀胱穿刺抽取尿液（需在膀胱充盈时）。
普通细菌培养，细菌计数每毫升10万以上为尿路感染，应同时做药敏试验，供临床用药参考。检查结核杆菌需收集24小时尿，浓缩后抗酸染色，应连续作三天。
3．尿的细胞学检查
应收集新鲜尿液的沉渣，涂片染色，镜检查肿瘤细胞。肾盂癌或膀胱癌常可查见瘤细胞。采用荧光显微镜检可提高检出率。
4．24小时尿中内分泌物质测定
尿内儿茶酚胺及其代谢产物3－甲氧基4－羟基苦杏仁酸（VMA）、醛固酮、17－羟类固醇、17－酮类固醇等的测定对诊断肾上腺疾病有重要意义。
（二）前列腺液检查
用前列腺按摩法采取前列腺液。正常前列腺液为稀簿乳白色液体，镜检：有很多卵磷脂小体，每高倍视野白细胞数在10个以下，偶见精子。前列腺炎时，白细胞或脓细胞每高倍视野10个以下，有的成堆，卵磷脂小体减少，偶可查到滴虫。前列腺液亦可做细菌培养。急性前列腺炎或疑有前列腺癌时，不宜做前列腺按摩。
（三）精液检查
了解男性生育能力或输精管结扎术后的效果。一周内没有排精，用手淫方式采取精液标本，立即送检或保存在体温下半小时内送检。正常精液量3～6毫升／次，乳白色粘稠液体，5～30分钟后开始液化。精子计数每毫升6000万以上，精子活动率应在60％以上，畸形精子少于10％。精子总数减少、活动力降低，以及畸形增多均影响生育。
是泌尿生殖系疾病的重要诊断手段，检查前需进行肠道准备。
（一）尿路平片
可了解肾脏的位置、大小、泌尿系有无结石、钙化阴影、脊柱及腰大肌情况。
（二）尿路造影
常用的有静脉尿路造影（排泄性尿路造影）及逆行肾盂造影（逆行性尿路造影）。静脉造影方法简单，患者痛苦少，可同时了解双肾功能，但有时显影不满意，对有机碘造影剂过敏的患者不能进行此种检查；逆行造影需做膀胱镜检查及输尿管插管，有一定痛苦，但影像比较清晰。两种造影方法各有优缺点，可互为补充。
其它的尿路造影还有膀胱造影、尿道造影、肾盂或肾盏的穿刺造影以及精路造影等等。是通过不同的途径将造影剂注入尿路的各个部分，拍摄X光以片以了解泌尿及男性生殖系统的情况。通过造影检查，可以显示病变的部位、性质、损害程度并可藉以了解泌尿及男性生殖系统的功能情况，从而对许多泌尿生殖系疾患的诊断和治疗提供重要的依据。
（三）肾动脉造影
经股动脉穿刺，将导管导入腹主动脉，必要时可插入一侧肾动脉，注入造影剂行肾动脉造影或选择性肾动脉造影。对肾血管病变、肾肿瘤，肾创伤等均有重要诊断价值。近来还可作为治疗手段如肾动脉扩张成形术治疗肾动脉狭窄所致的肾血管性高血压；肾动脉栓塞术治疗肾创伤和肾肿瘤以及对肾肿瘤进行化疗等。
此外，经过隐静脉将导管插入下腔静脉作腔静脉造影，对腹膜后肿瘤，腔静脉内癌栓等也有诊断价值。
（四）腹膜后充气造影
将气体注入腹膜后间隙进行摄片，可使肾、肾上腺、腹膜后肿瘤等获得清晰显示。但近来由于B超、CT、NMR（核磁共振）等的应用，此种侵入性造影检查已少用或不用。
（五）淋巴造影
经足背、阴茎或精索的淋巴管注入专用造影剂可显示腹股沟、髂部及腹膜后的淋巴管和淋巴结，对泌尿生殖系肿瘤有无淋巴转移以及对乳糜尿的诊断都有帮助。还可做为选择手术方法，判断疗效及予后的参考。
（六）电子计算机断层扫描（CT）
为非侵入性检查，对泌尿生殖系肿瘤、囊肿、肾上腺肿瘤等占位性病变诊断准确率很高。对恶性肿瘤的早期诊断、肿瘤分期等均有较高价值。它的分辨率高于B超，在临床已获得广泛应用。
此外数字减影动脉造影术也有其特定优点，但目前尚未广泛应用。
（一）膀胱镜检查
为泌尿外科的基本检查手段，应有广泛。但检查时应掌握好适应征和禁忌征，严格无菌操作，防止并发症。膀胱镜可以用来直接观察膀胱内情况，可以通过输尿管插管、造影、进一步了解肾脏及输尿管的情况。膀胱内结石、炎症、肿瘤、异物、憩室、前列腺情况、血尿、乳糜尿的来源等可以清楚地观察。还可以进行取活检，取异物、电灼、电凝止血等诊疗操作。近来又有可曲式软性膀胱镜问世，可以更灵活地对膀胱进行更全面地观察及诊疗性操作，并可减少检查时的不适感。
（二）尿道镜检查
对尿道疾患有重要的诊断治疗价值。可以确定尿道炎症、溃疡、新生物等疾患，还可同时进行电灼、切割及取活检等。
（三）前列腺电切镜
是在膀胱镜和尿道镜基础上发展的新型经尿道电切除镜，主要用于经尿道切除前列腺（TURP），治疗前列腺增生症。还可用于膀胱内肿瘤电切（TURBT），尿道电灼及膀胱颈尿道内瘢痕切除等。
（四）输尿管肾盂镜
经尿道、膀胱插入输尿管以至肾盂来进行观察、取石、碎石、活检、电灼肿瘤等。需在X线荧屏监视下操作。
（五）经皮肾镜
经皮穿刺、扩张，将肾镜插入肾盂或肾盏，进行取石、碎石、活检及肾造瘘等，也需在X线荧屏监视下操作。
（一）B超检查
对泌尿生殖系疾病有重要诊断价值。对肾上腺肿瘤、肾占位性病变、肾积水、肾囊肿、尿路结石、磅胱肿瘤，前列腺、睾丸疾患等均有重要诊断价值，它对病变的分辨率较CT为低，但其探查方向灵活，操作简易，价廉，可多次重复检查，临床应用极为广泛。彩色多普勒B超显象可以清楚地显示肾血管灌注情况，可以监测肾移植术后移植肾的血液灌注情况。
（二）同位素检查
1．同位素肾图
系通过静脉注入同位素示踪剂，通过仪器监测示踪剂在肾脏的分布来检查分侧肾功能的，可以直观地显示出肾功受损及尿路梗阻的程度。
2．ECT
系应用放射性示踪剂经静脉注入后，进行闪烁性照像或扫描，影像经电子计算机处理，显示肾脏的形态、位置及占位病变的情况等，也可以了解肾功能，对移植肾的肾功能情况亦可予以监测。
（三）核磁共振CT（NMR－CT）
核磁共振现象是1964年发现的。核磁共振成像是一种利用生物磁自旋成像技术。原子核有自旋运动的特点，在外加磁场内，经射频脉冲激发后产生信号，用探测器探测并经过电子计算机处理而产生断层图像。还可以利用高磁场使人体少量元素成像并进行频谱分析，反映出受检器官的代谢功能、生化和生理信息的空间分布。可用于疾病的早期诊断以及予测疾病过程等。与CT比较，它无电离辐射损害，可做横断、冠状、矢状等任何方向的扫描，具有多个成像参数如质子密度，T1、T2弛豫时间和流动效应等。不用造影剂可以显示血管结构，不受骨和空气人工伪影的影响。其缺点是成像时间长，对钙化不灵敏。
核磁共振CT对肾实质性疾病的诊断价值大，可检测出软组织成分的改变，对肾上腺疾患，对肾肿瘤及其分期，对膀胱，前列腺肿瘤及其分期，对隐睾症等均有很高的诊断价值。目前价昂，不能普遍应用，也不能替代基本的诊断手段。