发病学是研究疾病发生的原因、条件及其发病规律的一门学科。
中医理论认为，机体与外部环境之间，机体各组织结构之间，机体内部各种功能活动之间，都处于和谐、协调、“阴阳匀平”的平衡状态，如果由于各种内外因素的作用，这种平衡状态受到破坏，机体不能发挥正常的生理功能，则发生疾病。内科疾病发生与否以及发生的形式等，取决于正气与邪气盛衰以及邪正相互作用的结果。即正能胜邪，病邪难以侵人，机体的阴阳平衡得以保持，则不发病，若病一般也很轻浅，易于康复，此即《素问遗篇·刺法论》所谓“正气存内，邪不可干”；正不胜邪，邪气乘虚而人，机体的阴阳平衡遭到破坏，疾病发生，此即《素问，评热病论》所说“邪之所凑，其气必虚”，若邪气较盛，正气较弱，则发病较重。
疾病的发生形式、轻重缓急、病证属性、演变转归等，往往也受到下列因素的影响或制约。
1、体质特殊性个体脏腑组织有坚脆刚柔的不同，由于体质的特殊性，往往导致对某种致病因素或疾病的易感性。如《灵枢·五变》说：“肉不坚，腠理疏，则善病风。……五脏皆柔软者，善病消瘅”，“小骨弱肉者，善病寒热”。临床上常可见到肥人多痰湿，善病胸痹、中风；瘦人多火热，易患痨嗽、便秘；年迈肾衰之人，易患腰痛、耳鸣、咳嗽；阳气素虚者，易患寒病；阴气素衰者，易患热病等，这些都是体质的特殊性导致对某种致病因素或疾病的易感性。
2、体质差异邪气总是作用于人体后才能发病，由于体质的差异性，邪正之间的相互作用也就有差异，决定了其发病及疾病的发展变化有不同的趋势。清代医家章虚谷指出“六；气之邪，……随人身之阴阳强弱变化而为病”。《医宗金鉴》亦说：“人感邪气虽一，因其形脏不同，或从寒化，或从热化，或从虚化，或从实化，故多端不齐也。”临床常见同一种致病因素作用于不同的体质，其发病也不同。如正气较强之人感受寒邪，可出现发热、头痛、恶寒等御邪于肌表的太阳证；而阳气素虚之人感受寒邪，则出现不发热但恶寒、四肢逆冷、下利清谷的邪陷三阴证。
1、影响病怔属性除少数由于先天因素和因虚致病外，邪气是绝大多数内科疾病发生的重要条件，有时甚至是发病的决定因素，而且邪气还影响所发病证的病理属性。一般来说，阳邪易导致实热证，阴邪易致虚寒证。邪气影响病证的属性具有一般性的原则。例如湿热致病，常以热证为多，寒证较少；寒邪致病常以寒证为多，至于化热则大多数需要经历一定的过程。
2、影响发病形式一般来说，感受风燥暑热、酸疠之邪，或食物中毒，或强烈的精神情志刺激，往往可使气血顿生逆乱，故发病较急；而饮食失调、情志抑郁、劳倦过度等，大多是逐渐引起脏腑气血失和，所以一般发病较缓慢；外感寒湿之邪，因其性质属阴而沉滞，故发病也多缓慢。可见病邪对于发病的形式有重要影响。
3、影响发病部位六淫之邪；病，多从皮毛而人，其发病多在肌表；情志致病、饮食所伤，发病多从气血和脏腑开始。《灵枢·百病始生》云：“清湿袭虚，则病起于下；风雨袭虚，则病起于上”；“忧思伤心，重寒伤肺，忿怒伤肝；醉以人房，汗出当风，伤脾；用力过度，若入房汗出浴，则伤肾”。说明邪气对发病的部位有重要影响，即不同的病邪致病，其首发病位各不相同。
情志是机体对外界刺激的客观反应，当喜则喜，当怒则怒，正常的情志反应不仅不为病，反而有益于身心健康。因情志是以脏腑的功能活动为基础，过于激烈的、持久的情志活动，则往往引起脏腑功能紊乱而发病。暴发性的情志障碍如暴怒、暴喜、暴忧、暴恐，气血突然逆乱，常可引起眩晕、心痛、中风、癫狂等疾病发生；长期忧思不解、情怀抑郁，常致气结不行，气血“一有拂郁，诸病生焉”（《丹溪心法》），如出现噎膈、呕吐、郁病、心悸、失眠、胸痹等病证。
良好的行为习惯，是健康的重要保证。《素问·上古天真论》云：“食饮有节，起居有常，不妄作劳，故能形与神俱，而尽终其天年”。“逆于生乐”，不良的行为习惯，即不良的生活方式是内科疾病发病的重要因素，例如嗜食肥甘厚味，加上贪逸少动，容易发生胸痹心痛病；不吃早餐，或长时间紧张工作，就容易发生胆胀、胃脘痛病；性生活不节或不洁，可导致阳痿、早泄；长期过量吸烟与肺癌发病有关，等等。行为因素对发病的影响，越来越被人们所认识，国际上已将行为因素引发的内科疾病，归属于不良生活方式影响的疾病，以提示人们对不良生活方式可以引发疾病加以重视。
内科疾病的发生及其演变，与年、季、月、日、时的阴阳盛衰消长变化和五行生克规律有着一定的内在联系。按运气学说观点，每年运气的太过或不及影响着发病，如《素问·气交变大论》云：“岁木太过，风气流行，脾土受邪，民病飧泄食减，体重烦冤，肠鸣腹支满。”四季气候主令不同，每季的常见病也不一样。春季多风、气温转暖，多发风病、热病；夏季炎热多雨，多病湿热、泻痢；秋季多燥、气温转凉，多发燥病、咳喘；冬季寒冷，多病肾虚、痹病。又如月相的周期变化也影响着人体的生理和发病，月满时血气充实，皮肤腠理致密，一般不易发病；月亏时人体气血较虚，体表卫气较疏薄，则邪气较易侵害肌体而发病。近年来，随着中医时间医学研究的深入，发现许多内科疾病的发病、转归、病死的时间分布有着明显的规律性。如肺胀发病或病情变化的高峰时间在冬季。就一日而言，大多疾病一般有旦慧、昼安、夕加、夜甚的变化规律。有些疾病则有特殊的变化规律，如哮喘发作的时间多在寅时。寅为肺经主时，此时足厥阴之气交于手太阴肺经，又为少阴肾经对应时。肺肾气虚，阳不能制阴，故哮喘患者多寅时发作或病情加重。
内科疾病的发病与地域有密切的关系，不同地域的自然环境可使某些疾病的发病率不同。如通过全国流行病学调查，中风病发病率有从南向北逐渐增高的趋势。再如，我国北方高寒地区，气候寒冷，多病痹痛、哮喘等病；南方湖泊地区，气候炎热多雨，多病湿热、温病。久居潮湿之地，易患风湿、湿阻等病证。《诸病源候论·瘿候》说：“诸山《黑土中，出泉流者，不可久居，常食令人作瘿病”，指出瘿病的发生与水土有关。疾病发生以后，不会停留在一种状态，而是要发生传变，其传变规律除伤寒按六经，温病按卫气营血或三焦，内伤杂病按脏腑病机规律传变外，还存在“久病人络”、“久病人血”、“久病及肾”等传变规律。疾病发生以后，病理性质也会发生转化，如寒热转化、虚实转化、阴阳转化；疾病的转归有病情好转、痊愈或迁延、加重、死亡等多种形式。疾病的传变、转化、转归等病理变化，同样取决于正气与邪气之间的相互作用，一般规律是正能胜邪，疾病由里出表、由阴转阳、由虚转实，由重转轻，向着痊愈的方向转变；若正不胜邪，疾病则由表人里、由阳转阴、由实转虚，由轻转重，向着迁延不愈甚至死亡的方向发展。