Friou等（1957）首先用免疫荧光细胞化学技术检查系统性红斑狼疮病人血清中的抗核抗体后，随后，在多种自身免疫性疾病的诊断中，广泛应用了免疫细胞化学方法，为这类疾病的诊断和研究提供了重要的依据。
所谓自身免疫性疾病是指自身免疫反应引起组织损伤的疾病。在临床方面，有的自身免疫性疾病已明确是自身抗体直接作用于自身抗原产生的自身免疫应答所致；有的则难以证实自身免疫应答是组织损伤的原因。但是，在自身免疫疾病患者中能查出自身抗体，这一点却是一致的。至今，已无人对自身免疫现象及自身免疫性疾病的存在发生怀疑。
Mackay 和Bune从临床角度提出六点作为自身免疫性疾病的特征：①血清免疫球蛋白在1.5g/100ml以上；②有自身抗体；③病变部分有免疫球蛋白的存在；④病变部位有淋巴细胞和浆细胞浸润；⑤用肾上腺皮质激素治疗有效；⑥在同一个体与其他自身免疫疾病共存。
根据上述标准将自身免疫疾病归纳为如下三类：①全身各脏器组织发生广泛性进行性病变，并可查出自身抗体的疾病，如系统性红斑狼疮（SLE）（抗核抗体），类风湿关节 炎（类风湿因子）等；②对特定脏器发生局限性自身免疫疾病，并可检查出特定脏器组织细胞抗体的同时，出现局限性病变的疾患，如自身免疫性溶血性贫血（抗红细胞抗体），桥本氏病（抗甲状腺抗体）等；③一过性自身免疫疾病。如咽喉，扁桃体感染在远离病灶的器官，由于自身免疫机制而引起一过性病变，如肾小球肾炎，风湿热等。
不论从临床诊断，治疗和预后随访，或是对自身免疫疾病的机理研究，自身抗体及其检查方法的研究是一个重要的问题。目前，对于自身抗体的研究越来越广泛，现在已有多种自身抗体被发现。用免疫荧光细胞化学方法，检查自身抗体已广泛应用于临床检验中，并已列入某些疾病的常规检查项目。用免疫荧光技术间接法检查病人血清中对自身某种成分的抗体，其突出的优点是抗体和相应组织成分结合后，通过观察发现明亮荧光的组织成分的形态特征而直接查出相应自身抗体，对于自身抗体的定性和定位同时进行，这种准确简便和快速性是其它方法难以达到的。早年在报告检查自身抗体多用人体组织作抗原切片，后来发现一些动物组织如小白鼠和大白鼠的器官组织，也可以和人血清中某些自身抗体结合，用动物组织代替人类组织作抗原更有利于这一检查方法的开展。现在，更进一步制备多种器官和组织的复合抗原切片标本，可以同时检出数种自身抗体，如慢性肝炎病人血清同时查出抗核抗体（ANA），抗平滑肌抗体，抗线粒体抗体等自身抗体。这样更有利于过筛初检，方便病人和检查人员。
在荧光抗体检查阳性结果的基础上，许多实验室进一步作自身抗体的滴度检查，对诊断和鉴别诊断，疗效和病情随访都有一定的意义。荧光定量法可能具有更好的效果。目前，少数报告用显微分光光度计测定细胞的荧光量获得成功，这项技术和设备将促进荧光抗体技术向更精确的新阶段发展。
用荧光抗体法检查自身抗体的免疫球蛋白属性的工作已较普遍开展，对于所得阳性结果多数实验室是先用人γ-球蛋白或IgG荧光抗体检查所得，随后再分别用抗人IgA、IgM、IgD、IgE等单价荧光抗体检查，鉴别确定自身抗体免疫球蛋白属性。