无论体液免疫应答与细胞免疫应答，都不能无限制的发展下去，在免疫系统内存在着复杂的调节机制，以控制免疫应答的发展，这是一种对生理功能的保护作用。
一、抗体的反馈调节
当抗体产生后，可不断与抗原结合，并被清除。这是抗原被清除的原因之一，因此可终止免疫应答发生。
二、免疫抑制细胞的作用
免疫系统内已证明有抑制性细胞存在，特别是抑制性T细胞，即TS细胞，对免疫应答有重要调节作用。当免疫应答发展到一定程度时，即能诱发抑制性T细胞的作用。其作用机制可能是它分泌的特异性抑制性因子（TSF）和它参予的网络调节。
三、免疫网络调节
现已证明每一种特异性抗体分子（Ab1）都具有其独特型决定簇，并具有自己抗原性。当抗体分子产生至一定量时，其独特型决定簇可激发其自体产生抗独特型抗体（Ab2），并可连续发展下去。此种抗独特型抗体可促进或抑制免疫应答。其后证明独特型决定簇除存于B细胞的抗原受体外，也存在于TH和TS细胞的抗原识别受体分子上，因此抗独特型抗体亦可通过TH及TS细胞的作用发挥免疫调节作用。Jerne根据抗独特型诱发的免疫调节作用，于1974年提出了他的独特型免疫网络学说（immune network theory）。