台湾，自古即为我国领土不可分割的一部分。殷商时称之为岱舆、员峤，先秦称瀛洲，汉代名曰东醍，三国时期，台湾被称之为夷洲。至隋，改夷洲为流求。周煌《琉球国志略》引中山世鉴称为流虬，源于隋使依万涛间见台湾地形如无角虬龙浮水中，始曰流虬。流求一名一直被沿用至宋元时期，其间历代史书虽在流求的书写上时有不同，但字音始终未变。如：琉求、留求、琉球等。到明代中叶始改称为北港、东番，明末改为现名——台湾。
徐怀祖《台湾随笔》：“惟明季莆田周婴著《远游编》载《东番记》一篇，称台湾为台员。盖用闽音也”。台湾一名沿用至今。公元230年，吴主“遣将军卫温、诸葛直，将甲士万人浮海求夷洲……，但得夷洲数千人还”。台湾与大陆三国时代的吴国已有往来。自此之后，海峡两岸之文化交流便日益增多，卫生保健习俗之交流与相互影响也得到发展。
南宋时澎湖隶属福建晋江县，元朝在澎湖设巡检司，管辖澎湖、台湾民政，隶属福建泉州同安县(今厦门)。1624年为荷兰侵占，1661年郑成功收复。1683年，清代在台置府，属福建，1885年改建为台湾省。1895年被日本侵占，1945年抗日胜利后归还中国，虽然早期之文献记录医药卫生状况甚少，但从医药卫生民俗之关系史上调查分析，确是源远流长的。譬如：产妇自食胎盘以求保健的习俗，在台湾高山族与大陆福建、江浙一带，同样盛行，但已不如这种习俗已流传了几千年，考《隋书·流求传》所述“妇人产乳，必食子衣，产后以火自炙，令汗出，五日便平复”，清楚说明海峡两岸相同之保健习俗，其源在台湾，而且至少已有一千三百多年的历史。《隋书》所记：“候草荣枯以为年岁”，“木有枫、栝、樟……果、药，同于江表”。虽是记其岁时物产，但也充分说明其医药之相关性。以下再举数例卫生保健习俗之相关性，也是很有趣的，虽不能确定其直接的影响关系，但也有助于相关性的理解，譬如：
高山族在处理与亲属传染病的关系时，“不与之共火、共水，或家族避远之。对天花、赤痢二病，更是必隔离病于远处，或常弃村、举社化迁（杜建《台湾中医药纵览》中国中医药科枝出版社1993）。《旧唐书·李德裕》：“江岭之间，信巫祝，惑鬼怪，有父母兄弟疠者，举室弃之而去”，又如：高山族喜用菖蒲根擦拭，或服用，以开窍、豁痰、理气、活血、散风、祛湿等。《神农本草经》与唐宋本草学家、医学家，对菖蒲作用及使用法之记述，也与之基本相似，或更广泛。再如高山族在产妇饮食与护理方法方面很重视：产后必先进姜汤，然后进糜粥，数日后给以鸡蛋、鸡肉，忌食冷水、食猪肉。这种保健习俗恐怕也与大陆之习俗息息相关。李时珍《本草纲目》引用《杨氏产乳方》(按：可能系指《新唐书》之《杨氏归厚产乳集验方》)；“产后血滞，冲心不下，生姜五两，水八升，煮三升，为三服”。再看看李时珍对鸡肉入药之描述：“主治女人崩漏赤白沃，通神，辟不祥”。他还引用李鹏飞、马益卿的论述，指出“乌鸡宜产妇”，“今俗产家，每产后即食鸡，啖卵”。如此等等，十分耐人寻味。“土著族向无医药……与汉人接触，始知药效（张炳補《台湾省通志》卷八上，台北，众文图书公司，1972引自《台湾中医药纵宽》），或可视之为大陆影响台湾者多。
(一)巫医时代：
台湾巫医时代主要系指清代早期以前，虽然现代并未绝迹，但早已并非医疗之主要方面。巫医在台湾约有两类，其一是以原住民高山族之巫医，巫师之原始活动延续下来者为代表。其二是自18世纪以前陆续由大陆移居台湾之民众带去的巫医或神医习俗等派生的各神医疗活动。对于前者，即台湾固有的巫医习俗，清代乾隆进士，硫球(即台湾)副使——周煌，曾撰《琉球因志略》，引《徐葆光录》内容，叙述了当时台湾的僧、道、巫情况，指出台湾“无道士、尼姑，惟有僧，亦有男巫、女巫”。可见台湾由于汉族移住已有僧，而男巫、女巫恐多系原住民之所信奉，台湾原住民对疾病之认识，在明、清时期及其前，一般以鬼神作崇为主流，从事巫术者颇受族众之尊敬与信赖，在社会上有着崇高的地位。其除疫、医疗，甚或咒诅以使人病、伤亡者，均赖巫师、女巫为之。
黄叔璥(1662～1721)于康熙时曾奉旨巡视台湾，编撰《台湾使槎录》，其中有这样一段记叙：“庄秀才子洪云，康熙三十八年(1699)……归家俱病，医疗罔效，后始悟前曾乞火于大杰岭番妇，必为设向，适郡中有汉人娶番妇者，因求解于妇，随以口吮鸾夙脐中，各出草一茎，寻愈。番妇自言，初学咒时，坐卧良久，如一树在前，卧而诵向，树立死，方为有灵。诸罗志作法诅咒名向”。“擅其技者，多老番妇”。诅咒占卜之巫术等，曾为当局禁止者，故黄氏书称“近年附郭诸社，畏法不敢为，稍远则各社皆有”。虽然九族之巫术多有不同，但其形形色色之根本意义并无不同。哈鸿潜教授等已进行了比较系统之论述（哈鸿潜《高田原住民之医药考察》《中华医史杂志》1994，P5～8），铃木质《台湾蕃人风俗志》也明确指出：“自古以来，山胞生病或遇到灾祸的时候，都认为是神的旨意，所以一旦生病或遇到灾祸，必定请巫师厌胜……在山胞之间，医术与厌胜是无法区分的”。（铃木质原著，林川夫审定《台湾蕃人风俗志(探寻原住民的历史)》武陵出版有限公司1991，P264）。
大陆巫医、神医习俗传入台湾者，主要是福建以及沿海地区民众移居台湾省者所带入。有以医药神传入者，有以医药知识传入演变者，有与医药、巫医相兼而传者。其传入之时间已难以确考，现仅就其影响较大而持久者约有以下数则：
保生大帝：是台湾最受崇拜的医药神，传说所供以台南县学甲镇慈济宫的保生大帝像为最早，原系郑成功收复台湾时由福建将宋代的雕像带到台湾以供祭祀的遗物。还有一种说法，认为是康熙三十八年(1699)台湾发生传染病流行，群医束手无策，许多来自泉州、漳州的移民，纷纷回到故乡，将保生大帝的灵身带到台湾供人祭拜，病皆治愈。从此，保生大帝就日益为台湾人民所信奉，建庙祭祀以求保佑之风更为普遍。
保生大帝，字华基，号云冲，世尊吴真人。宋太宗兴国四年(979)，三月十五日生于福建泉州同安县白礁乡。少超悟好学，长以医济人，医术高明，医德高尚，深受民众百姓之敬重。仁宗时，皇后病，群医不效，经吴施治而愈，授御史。景祜三年(1036)逝于乡。据传著有《吴本草》。吴逝世后，屡著灵迹，乡人于白礁乡建庙纪念。《金门县志》：“明永乐太后患乳疾，甚剧，医治不痊，洪熙太子榜求名医，公化为道士，诣阙视疾……(灸治)遂愈，太子喜，以金谢公，不受，乘白鹤而去，太子知为神医，爰加封为万寿无极，保生大帝庙曰保生，概取诸此”。由此，迅速扩及厦门、漳州乃至台南而遍及全台。在保生大帝庙多设有药签，药签还分为大人科、儿科、眼科、外科、妇科等，以大人科之药签最多。
例如，如南县大人科有处方120个，其中如：永康保生宫保生大帝。第55首处方药物组成为：常山、麦冬、槟榔各一钱，柿蒂三钱，水八分煎五分。除药签外，保生大帝庙还印有《保生大帝济世真经》，以及众多的卫生保健、疾病医疗类书藉等等。例如：《保生大帝济世真经》开经偈“心是灵泉源远流，日似河池液生津，遑遑名医行天尊，古帝神农尝百草，医治众生得康宁，诸邪杂症疗疮癣，五脏六府相关连……历代先贤精医理，扁鹊华佗人所知，保生显灵中华土，闽境降生报亲恩，攻读诗书志为本，苦研岐黄又求精，替天宣化行大道，名医救世不逞能，宫中医好皇族病，世人苦痛多呻吟，贫人增药不收金，富贵人家求公平，数十年风霜星月，凭经验医好万人，名声远播在华夏，仁慈众知呼名医”。这种求签医治疾病的实质，无疑是唯心主义的，那些处方也经非保生大帝之显灵，其来源何在？日本吉元昭治先生曾向台南学甲镇慈济宫负责人询问，回答是“相传本庙药签是很久以前，本地的名医会集本宫，对各种疾病的处方进行研究，然后用药签的形式记录下来，编成号，摆在保生大帝的神像前，由求签者向保安大帝求签，祈求这一医药神的明示。据统计，在台湾各地现有大小保生大帝庙162座（吉元昭治《道教与不老长寿医学》(中文本)成都出版社1992），最有名的要属台北市大龙峒的保安宫（黄得时《保生在帝传奇》，见《民俗台湾》第一辑武陵出版有限公司P133～138引自《民俗台湾杂志》(1943～1945)，也可见吴在台湾影响之深而广泛了。
神农大帝：是中国传统医学不分地区、种族的创始者，千秋供奉的医药神。神农尝百草，一日而遇七十毒，始有医药的故事，人所共知，相信此类习俗在闽粤人等移居台湾时，也带至台湾并为其生活中所崇敬，至于建寺庙年年拜祭者似较晚。据说，在台湾现存最早者为宜兰的神农宫，始建于清代咸丰元年(1850)，此后相继建成的以神农大帝作为主神的寺庙，据统计有百余座之多，亦可见台湾人民对之信仰、崇敬之恳切。据文献载述，台北保安宫后殿供奉的神农像，每逢四月二十八日，台省粮食、台药公会、台北市商公会人员，都要聚集于此，举行盛大的祭祀活动。有病患者，也有拜祭神农以求安康。
浴于河以已疾：台湾民众在医药尚处于落后时期，多认为疾病系鬼神作祟，故多宰牛、猪以祈祷，或请响婆(即女巫)禳之，也有投河沐浴以治病者。这一习俗虽富有迷信色彩，但其传说还是有参考价值的。一说为林谦光在清朝平定郑克垓后撰辑《台湾纪略》所记：“疾病不足医，辄浴于河，言大夫置药水中，济度诸番，言冬月亦入水澡浴以为快”；一说：“或云明太监三保，航海到台，见番俗顽冥，弃药于水，浴可以已疾”。这两种传说，均说明其时其地曾有知医者企图为原住民医疗的故事，只是因为原住民怀疑其能否有效而拒绝的情况，或许有其一定的事实依据。大夫已不知何人，而三保则是指三保太监郑和而言。郑和(1371～1435)，明代宦官，航海家，回族，本姓马，小字三保，由于其祖与父曾到伊斯兰教圣地麦加，对外洋有所了解。明初入宫为宦，从燕王起兵，赐姓郑。永乐三年(1405年)率舰队通使西洋，共计28年间，七次出国，远航曾达非洲东岸与红海海口，促进了中国与亚洲30多个国家的文化交流。郑和七次下西洋，每次舰队均由宝船62艘组成，率副使、水手、官兵27800余人，其中包括保健医生百余人。这个故事至少说明人门对医药的追思与幻想，或对未能得到医药知识有悔心情的一种补偿性纪念，以求神灵的保护。沐浴虽不能治愈疾病，但作为卫生保健无疑是良好的习惯。重要的是这种信念是一种非常有效的心理治疗，其作用或不可否认。
乩童、扶鸾之神谕：台湾有关医疗保健方面的教谕，大多来自孙思邈(真人)、华佗、庄周、保生大帝、文衡圣帝(关羽)等古代名医或所崇敬的神祗。唐宋以来，闽粤沿海一带零散移居台湾者不计其数，仅就有据可考者，如明末天启(1621～1627)时，大陆流民大批移入，郑芝龙就曾有组织的将福建饥民数万人移居台湾，至公元1660年，大陆移居台湾者已达十万人。郑成功于公元1661年率令数万官兵在台南登陆，向荷兰殖民者重申：台湾一向属于中国，“自应把它归还原主”，次年2月1日荷兰投降。郑成功视台湾“以为根本之地‘安顿将领家眷”以及数万官兵与各类工艺、技术工匠、医师等，当属治理台湾意料中之事，大陆不满清朝统治者大批移居台湾。其后，清王朝为了消灭郑氏在台的统治，又于公元1683年，命施琅率战船三百、水师两万，从郑氏统治下完成了中国的统一大业。并于次年在台设一府三县，于台驻兵八千，澎湖驻兵二千。大陆民众往台经商、教育、文化交流等更趋频繁，中医学在台湾传播更加广泛。据统计，到公元1893年移穆居台湾大陆民众已达254万人。同时，民俗文化、巫术、乩童扶鸾等也迅速在澎湖、台湾等蔓延，信民也日益增多，寺庙也多有兴建，如在台南古庙内配置之道具即有大人药签筒、小孩药签筒等。由于几次数以万计的有计划移民，这些移民因原籍之不同，其文化、信仰等自然也有较大的差异。正如黄叔璥于1662～1721年间以御使巡视台湾时所作习俗调查指出：“台地民非土著，逋逃之渊薮，五方所杂处，泉之人行乎泉，漳之人行乎漳，江浙两粤之人，行乎江浙两粤，未尽同风而异俗”。由此可见，他们所带到台湾的民俗文化、医药神等等，也有所不同。因而，在其各自的扩展、影响下就形成了种种形似或有区别的民俗、风俗与医药神祗等。
(二)原住民医药
早于汉人居住在台湾的南岛民族一般分“平埔族”与“高山族”，后者又由九个民族组成，他们均有自己的生活习性与文化信仰。悠久的原居民医疗活动，也颇具特色。台湾原住民凭长年积累的经验使用青草药治病也很常见，他们用生活周围可以得到的青草药治病疗伤，外敷或饮用。文献记载原住民药用植物有300种，包括治疗头痛、眼病、牙痛、胸痛、腹痛、中毒、痢疾、驱虫、感冒、喉咙痛、气喘、疟疾、肿疮、皮肤病、毒虫咬伤、梅毒、外伤、足痛、毒蛇咬伤、关节灸、生育及传染病预防等。除了藉巫医或青草治疗一般疾病外，台湾原住民对传染病也有一定的认知，并持恐惧心理。对传染病人采取隔离的办法，不与之共水、共火或全家族远避之。遇有天花病人，更必予以隔离或举家徒迁，甚至弃村举社他迁以防止传染。
随着闽粤等沿海省市之人民出于谋生、商贸、文化教育之需要，在明清时期更大批移居台湾。他们需要医药保证其健康，特别是郑氏父子出于经济、政治、军事之需要，多次组织数以万计的民众迁居台湾。清王朝为了统一中国，以军事手段大兵压境，逼统治台湾的郑成功孙郑克垓降服。在消灭了郑氏统治集团后，为了稳定政局之需要，并驻大军保卫台湾，期间由大陆移居台湾者，与日俱增。前后数百年间，先后移居台湾的福建、广东、浙江等地人氏至少已逾10万。其中大部分长期居处台省，婚娶台省，与台原住民通婚嫁娶，最初之不睦已逐渐为和睦大家庭所取代。在这千余年间，特别明末清代中叶前，数以百计的中医、中药人员赴台，中医药学也在台湾各民族医疗保健中逐渐发挥着重要的作用，大陆中医药学者迁台与年俱增。台产中药，或经台湾从东南亚转手的中药，不断以贡、贸方式运往内地；大陆名贵药材也不时运往台湾以供中医医疗用药之需要。
清代，政府与民间设有不少“恤政”机构，其中包括诊治与救济病患者的养济院，据地方志记载，此期各地均有建立养济院。如康熙二十三年(1584)台南、凤山、诸罗各地均建立养济院。乾隆元年(1736)彰化建养济院，收养麻疯残疾之人。此外，还有在嘉庆年间凤山县、光绪五年(1879)台北、光绪六年(1880)新竹县也均建立养济院。除了养济院以外，自乾隆后，台湾尚有普济堂、养留局、棲留所等之建置，目的也在于收养社会上无人照顾的孤老残疾者。如道光二十九年(1849)谈水厅治东门内(今新竹市)设有回生洞(后改为回春院)，收留无亲属可依之四方行旅病人。除供养外，并加以医治，死后则为之收埋，中医药学在台湾取得了空前的发展，仅据日本占据台湾后，公元1897年统计，台湾中医药人员共有1070人。其中博通医书、讲究方脉，有良好的声誉者29人，以儒学而兼施医者91人，自称祖传世医97人，其他则为稍有文字素养的一般时医，占绝大多数。四年后，日本当局于1901年举办了中医考试，申请者更多达2126人，经考试及格者有1097人；还有未经考试而有许可证者650人，以及考试虽不及格而给予同情许可者156人。当时台湾共有行医执照的中医1903人，足可证明台湾中医发展之一斑。
大陆中医赴台与台湾中医：由于历史的原因，譬如最初赴台之中医，多出于谋生，或寻求出路，其技术水平并不高明。虽能在台立脚，而学术未必能使社会注目，故文献未见有记述者。因此，对早期赴台行医者，已很难知其名氏。仅就有关文献记述，赴台中医之最早者可能是沈佺期与沈光文二人。他们于明末在台的医疗中虽不甚广泛，但影响不小。
沈佺期(1608～1682)，字云佑，号鹤斋，福建南安人。崇帧十六年(1643)进士，授以吏部郎中，精医药。明亡南下，经厦门抵台湾，“监军曾公从龙，劝其挽成功而卒不见，及成功卒”，以医术济台人，对疾病者不分富贵贫穷，治愈者颇众，为民众所敬重。
沈光文(1611～1685?)，字文开，号斯庵，浙江鄞县人。少时以明经贡太学，南明福王元年(1645)曾授太常博士。次年闽师渍，闻桂王立粤中，乃走肇庆，累升太仆少卿。南明桂王永历三年(1649)，由潮州航海至金门入泉州，遇飓风飘至台湾。居台三十余年间，初为郑成功以客礼见，不署其官。郑成功死后，子郑经继位，光文以赋寓讽，几遭不测，乃变服为僧而入山，寄寓于高山族人之目加溜湾社。以教读为生，同时用自己的医术为当地民众诊治疾病。光文在与当地群众之相处中，关系十分融洽。”与诸罗(今嘉义)令李麒光辈结社联诗，著述甚多”，季麒光撰有《台湾杂记》一书，由于沈光文为避郑经之迫害，入山教读，并为民众医治疾病，深得群众的敬重。
如果台湾之中医在明代，其知名者尚少，那么到清代已大量增加，医疗水平也不断提高，而且出现了医方著作，考其原因，除移居台湾之民众大量增加(其中包括中医)外，与明、清重视在台湾兴办教育，提高台湾民众的文化知识，鼓励高山族上层子弟赴中央攻读各种文化知识息息相关。所谓：“天子思磨钝振聩，乃设岁科二试以鼓励之”，“渐有彬彬文学之风矣”，文化知识的提高，就为学习中医创造了较好的基础与客观条件。同时，由于海峡交通的改善，两岸医药交流也日趋发展，也是台湾中医大量增加，医疗水平不断提高的重要因素。据日本占据台湾时1897年统计之1070名中医药人员分析，认为讲究方脉有良好声誉，或有儒学基础之医师，或俱祖传世医资格者，共计217人，占20%以上。又据台湾地方志等所收载之清代至民国初名医也多达80余人。
胡焯猷，字瑞铨。少时以家累，弃儒业医，康熙(1662～1722)间，渡台至台湾淡水，以医为业，求者颇众。乾隆时于淡水创建“西云崖”，后改名“明志书院”，广施义学，开台北之文风。
吴沙(1731～1798)，福建漳浦人，善医擅长痘疹。中岁来台，寄居淡水，性侠，与高山族交往密切。嘉庆二年(1797)，高山族三十六社天花流行，死亡甚众，按其习俗，阖社迁徒。吴沙为其传授方药，病者疑而不敢服用，有的病者服用后，痘病多愈，经他治疗而痊愈者百数十人。由此，高山族人视之为神，纳土谢之。
徐麟书（1781～1849），原籍广东蕉岭。他出身于六世医药世家，从祖上起代代均以经营中药材商为业，同时以精通医道为人治病为专长。麒书继承祖上，对医药知识、技术之钻研勤奋，造诣很深，独具匠心，对妙剂良方积累发明尤多，颇受世人好评。清道光年间曾被证为太医院御医。徐氏因亲眼所见清廷腐败，不愿立身其中，决意远离京都而赴台。于台湾新屋后源柯悬壶行医，以其高效而医名渐盛。一时以“和扁再世”之誉而闻名遐迩。他除了忙于诊秀外，还将所用妙剂良方编撰成书，名《秘传医书》。该书是为后代子孙继承其医业而撰，故多经验心得以及临证时诸种诊疗等要点，或可视之为传世之作，故其子孙世代均继承其学，名于时。
范元成(1844～1922)字瑞嘉，自幼随父由泉州渡台，居基隆，潜心于医术之学习，尤擅外科，名闻遐迩。光绪十年(1884)，法国军舰侵犯台湾，台胞被炮伤者甚众，元成一一为之悉心救治，被治愈者不计其数，一时医名鹊起。基隆海防分府局知林源荣，聘元成为官医；有海军舰长颈部患奇疾，群医束手，命在倾刻，经元成诊治而愈，船长誉“华佗再世”，欲以重金酬谢，元成拒收。且曰：“乘危取财，甚于盗贼，吾平日引以为戒，予救君岂为是哉”。为此，舰长特聘元成为军医，随舰游历各埠，及壮年而归，隐居故乡，求医者益众，名噪一时。惜以“谋生多术，奚必歧黄，非有德者，不可为医，吾所以不轻授人者，恐乘危取财也”之理论，不原授生带徒，使其医术未能传至后世。
防治霍乱、鼠疫等传染病与黄玉阶的贡献：黄玉阶(184～1910)台湾台中人。先习汉学，年二十跟随中医师李清机学习医学，后即为人诊治疾病，边学习边诊治疾病，医术进步很快，约于光绪八年(1882)由台中迁居台北悬壶，医术精良，求诊者日众，加之每多免费施舍，为民众所敬重。公元1884年台北地区霍乱流行，死亡甚众，黄氏精选良方，独创合剂，诊治施药，治愈者达七、八百人。公元1895年台北再次霍乱流行，黄氏除施济合药诊治外，并印发《霍乱吊脚痧》医书千册分送全台。据称经他治愈者千余人。其后，台湾鼠疫流行，蔓延数年，其间斑疹也流行很盛，黄氏更加繁忙于诊治，均取得显著成绩。特别鼠疫蔓延之势甚猛，民众缺乏防治知识，他请求当局准予成立“黑死病治疗所”，自任该所主任，号召社会捐款，他自己以身示范捐款500元，对防治工作进行全盘计划，并编撰《黑死病疙瘩瘟治法新编》，印刷数千册以遍赠全台各地，为阻遏疫症之传染流行发挥了重要作用。由于他医术高明，疗效显著，热心防治等社会公益事业，在民众中与社会高层均有很高的知名度，为人们所崇敬和尊重，许多医疗机构聘请他作顾问、会长、主任等。例如，台北县黑死病治疗所医务嘱托、仁济医院嘱托、检疫委员、传染病预防委员、医生会会长、艋舺保安医院传染病隔离所医务主任等等。他在如此繁忙的治疗与社会兼职中，任劳任怨，勤恳奋进，作出了重大贡献。与此同时，他还很重视学生培养，跟从学习者甚众，其中尤以叶炼金、尤子樵、王成渠、周仪垲等最为出色。
中医界参与防治台北十九世纪鼠疫的医师，还有黄守乾，台北人，本名鹿港，人称鹿港乾，是当时台北又一名知名中医师，人们誉为台北中医界之翘楚，门庭若市，疗效卓著，处方用药只是聊聊数味，且附有药论，并兼用针灸。日本侵占之初，台湾地区鼠疫流行，死亡枕藉，他被聘为艋舺(今台北)传染病院(今仁济院)中医部主任医师,被他治愈的鼠疫病人甚众。鼠疫平息后，他仍回寓所行医，求诊者更多。于民国初卒，年近60岁。关于医学著作，此期尚少。《台湾杂记》载有：清·黄逢昶《医方》一书，据称“台湾横山跨海，烟瘴迷漫，忽雨忽睛，湿热又相乘为患，内地人不合水土，致病亡，爱拟医方。壬午三月禀请岑宫保刊行，医人多资调治，板藏台北府考棚内，后为滇军取去”，未见。
台湾中医药学之发展与普及：明清时期台湾中医学虽有显著进步与发展，而且普及较快，但因医家忙于诊务而很少著作留传，对其实际状况也难以得到确切的依据。黄叔璥(17世纪)，清大兴人，康熙进士，曾奉命以御使巡视台湾，撰《台湾使槎录》八卷，详述了他在任职时对台湾史、地、政治、经贸、民俗等等的调查情况。该书有鲁煜序曰：“煜闻先生之言曰：余之订是编也，凡禽鱼草木之细，必验其形焉，别其色焉，辨其族焉，察其性焉，询之耆老，诘之医师，毫厘之疑，靡所不耀，而后即安……先生必务详审精密。”由此可见黄氏在其著作中关于药物、医疗病症的记述当是十分认真的，有着很高的可信性。现将其所述摘引如下，从而可以了解当时台湾医药学发展水平的一个侧面。黄叔璥述说：“志载药材，有内地所不经见者：如斑节草、柏菰、蒜茶菰、穿山龙草、土木瓜、风藤、水烛；亦有志所不载者：如金锁匙治疳；铃草、茶匙草、虎咬黄、龙鳞草、四时春、马蹄香(一名一枝香)、金剑草、龙舌黄、羊耳草、治黄姜、蔚子黄、金子龙、船花、正埔姜、鱼签草、苦麻草、鸡骨黄等去风解热；乌甜叶(一名对面乌)止血；柏子草、半天飞凉血；鸡卵藤、宜梧草、万年薯、撮鼻草治疯，鸭嘴黄(一名定经草)调经；千里光治目……等。
所记述之中草药共计133种，所治病证种类共计27种。分析27个病种，属内科杂病者8种，属外科(包括骨伤、肿瘤)者15种，属妇科者1种，属儿科者2种，其他为眼科、喉科各1种。可知台湾当时依靠中医药治疗的疾病群状况，医师们医疗病种之特点与水平。所记述之药物绝大多数有台湾特色或仅只产于台省者，而病种名目则与内地十分相似，或完全一致（清，黄叔璥《台湾使槎录》卷三，丛书集成本，商务印书馆1936年），如果将黄氏所记述之药物，与赵学敏《本草钢目拾遗》所收录者作一比较研究，虽然还缺乏完全对应之依据，但也有脉络可寻，因为，赵氏自称编撰中主要“参以旧存江闽秘书”。如斑节草，赵氏记述为斑节相思，注明来自《诸罗(今台湾台南市之佳里镇)志》药用也相仿。又如：猪母菜，《台湾青草药》指出即马齿苋，其药用也与黄氏所述相同。考黄氏所述虎咬黄、茶匙黄，《台湾青草药》认为两者均是连钱草之别名，实为一物。当是黄氏调查时所误作两药，药用相当。
台湾在清代已有药物栽培。周煌《琉球国志略》卷15引蔡文溥《同乐苑八景》之一的“种药堤”，诗曰，“闻道仙家延寿草，移栽堤上自成丛，莫教刘阮（刘阮：相传东汉时人，阮肇二人,同入天台山采药遇仙人者）长来采，留与君王佐药笼”。《台湾青草药》载：“延龄草，乃因传说陷人延年益寿”故名。“古时以地下茎煎汁，用以治疗胃肠疾病”。
此外，黄氏在他的著作中还零星提到一些医药知识，例如：“夙山县有姜，名三保姜，相传明初三保太监所植，可疗百病”，“水沙连荼，在深山中……性极寒，疗热症最效，每年通事于各番议明，入山培制”，等等。可见黄氏对医疗经验调查之重视与态度之认真，他或许是一位精通医药的官员。
隋代派员多次至台“求访异俗”，如其“药同于江表”，并详记台民“妇人产乳，必食子衣，产后以火自灸(炙)，令汗出，五日便平复”风俗习惯。此俗收入《隋书》、《杜祐通典》等，并由唐·陈藏器正式收入《本草拾遗》，此后多为历代本草学者所肯定，从而得到广泛流传与发展。
唐宋时期，有关医药交流疏于文献记载，但官府的、民间的以及酋豪尝串众至福建沿海互市或杀掠者时时有之。继元之后，往来者日众。公元1372年，明太祖命杨裁以即位建元诏告台之中山王，中山王派遣弟泰期等随杨载入朝贡方物，明太祖喜赐大统历等。从此，中山王多次遣弟向明朝贡物，除马匹外，多有硫黄、各种药材等，逐渐扩大到南山王与北山王，均与明朝建立了密切的关系，并各贡方物、药材等，文化交流日益密切。其间除官府之药物交流外，1390年还曾发生翻译屋之结等人私带乳香十斤、胡椒二百斤被查获之事，部门官要求“当入官”，明太组则“诏还之”，而且“赐屋之结等六十人钞各十锭”。可见明朝当局对与台交往之重视。
永乐间(1403～1424)，大陆去台之百工技艺日新增多。其中自然包括医师、药工人员在内。黄叔璥《台海使槎搓录》记述此期“百工技艺，有挟一拉以往者，虽徒手无不得食，民争趣之，永乐间，先后招来”。可见大陆技术人员曾相继往台以谋生计与出路。民间商贸也日渐频繁，而且远航山东、关东者。例如：“海船多漳、泉商贾，……至山东贩卖(台湾之)粗细碗碟、杉、糖、纸、胡椒、苏木，回日则载白蜡、紫草、药材……，至关东贩卖乌茶、黄茶……回日则载药材……”等等。由此可见，两岸之药材已互通有无了。
郑和出使西域，随从费信，曾撰《星槎胜览》(1436)，他们所记述之台湾“酿甘蔗为酒。煮海为盐，能习读中国书，好古画、铜器，作诗效唐体”。这是由于明代台湾之陪臣子弟与凡民之俊秀者，已习读中国书以备他日长史、通事之用。同时也说明台湾知识界、官方与大陆几无差异，公元1591年，台湾礼官以日本方侵噬邻境，台湾不可无王(尚永王卒)，乞令世子速请袭封，于1595年尚宁请袭得皇上仁覆封王。郑和船队在台期间，还将姜移栽夙山(今高维)，故有“夙山县有姜，名三保姜，相传明初三保太监所植，可疗百病“之说，林谦光《台湾纪略》记述台湾当时居民“疾病不足医，辄浴于河，言大士置药水中，济度诸番，云冬月亦入水澡浴以为快”。有传大士为郑和者。
陈侃，嘉靖进士，奉旨使台，由于台海风浪，随从溺死者数而未果。嘉靖十一年（1532），封尚清为中山王，特遣正使科左给中陈侃，陈侃居台多时，回来后于1534年撰《使琉球录》，载乘之船长15丈，阔2.6丈，深1.3丈，分为23舱。其驾舟民140余人。护送军百余人，翻译、礼仪、医生及各色匠役百余人，可见阵势之壮观，医生人等之多，必对台有较大影响。接待也以“洪武礼制……数代相承，不敢违制”。
清代与台地之文化交流，更加广泛。特别在18世纪前后之百余年间，礼尚往来、贡物遣使者年年不断，台湾已成为福建省的一个府。顺治年间，张学礼曾使台湾，在其《使琉球纪》中说：“补差天文生李光宏、太医吴燕时，聘请从客陈翼等”、“船上下三层，阔2.2丈、长18丈……兵丁250余名，长随50余名”，比之明代之乘船更加安全，人员中已不是一般医生，而是太医，可见人员索质已有明显提高。在药材等交流方面更强调实际需要，康熙五年(1666)，对并非台湾之土产者免其进贡。康熙二十五年(1686)，台地向中央贡物中有：丁香30担，冰片32斤，甜肉豆蔻四瓮。镶金小箱内，装有丁香油、蔷薇油、桂花油备一罐，知其香料药物之档次也进一步提高了。台地之医疗技术，如“台地村舍后每广植(蕉)之”指出“性寒，妇人产后，每以蕉果少许，置儿口中，谓能清热”，“用火炙椰，其油自出，疗齿痛冻疮极放”，也相继为大陆学者所沿用。如《本草纲目拾遗)引《台湾使槎录》资料等，以“椰油”入药。又该书列香蕉为药。称《本草纲目》“于香蕉独未明晰，今依《粤志》补之”。虽然赵氏叙述香蕉条源于《粤志》，但所述内容与台地相似，亦可说明其源渊关系是密切的。
荷兰人于1624年侵入台湾，为了驯服当地土著居民，协助其开发、掠夺岛上资源，借传教从事其抚化政策，并以医疗作为传教的先导。荷兰人入台之后，修筑热兰遮城为己用，城内设有总督官邸、士兵营房、教堂、监狱、库房和医院。这个医院主要从事驻台荷兰人的保健医疗。翌年，荷兰人又在赤嵌(今台南市一带)建立市衔、名普罗民遮，将中国人迁往该地，建民居住，并建立仓库与医院。西班牙人窍据台湾仅16年(1626～1642)，在此期间，天主教神父在传教的同时，以医学作为接近原居民的工具，为当地人治疗疟疾与天花。这种以商业掠夺为根本目的的医疗事业，随着荷兰人及西班牙人撤出台湾而消失。
台湾如中国本土一样，现代医学的开端系来自西方基督教士的医疗。诚如上述，17世纪荷兰人曾带进了西方医学，但当郑成功驱逐了荷兰人。西方医学也随之消失，至1865年英国医师马雅各来台从事医疗传教，才将西方医学再次植入台湾。19世纪最后的30年是台湾近代医学史的关键时期。马雅各、马偕、兰大卫是三位最重要的早期教会医师，他们的医疗活动不限于这时期内，与他门相关的三所医院，至今仍在为台湾患者服务。
(一)马雅各和新楼医院
马雅各医师(Dr.James Laidlow Maxwell，?～1921)是英国基督教长老会外国宣道会派驻台湾的第一位宣教士和医师。其毕业于英国苏格兰爱丁堡大学，获文学士又医学博士学位。1865年5月与另一牧师偕同中国助手吴水文、黄嘉志等人抵达台南，在台南府城西门外设布道所。于6月16日开始传教及医疗工作。后因故移至打狗旗，设立礼堂及医馆，继续行医，并扩充了病房，可容纳10名左右住院病人，是为台湾设立医院的滥觞。1868年底，马雅各医师返回台南，租借二老街口许宅设立医馆，就是后来的旧楼医院，此时，马雅各医师已谙台语，并热心医疗工作，深受患者信任，名声远扬，上门求治者很多。
(二)马偕博士与马偕纪念医院
马偕博士(Rcv.GcorgeLeslie Mackay，1844～1901)是加拿大人，毕业于美国普林斯顿神学院。1873年作为加拿大长老教会第一位海外宣教师来到台湾，1872年挑选淡水作为传教的根据地，先租用了一间民房，医疗工作即在家里进行。当时疟疾在台湾肆虐，罹此病者死亡众多。最为人所恐惧。马偕当时主要是免费为患者提供治疗疟疾的特效药——奎宁，被当地人称为“马偕白药水”。各地民众慕名前来求诊者日众。因房子狭小，不能变付，遂另设医馆。马偕虽原来并非学医，但深知医疗对于传教的重要性。他除了自修医学以外，邀请淡水五洋行的驻诊医师来医馆协助诊疗，并传授医疗技术，在医疗实践中逐渐积累丰富的医药知识和临床经验：
马偕博士在医学上的贡献除了施疗治病，为患者解除病痛之外，最值得一提的是他在林格医师(Dr.B.S.Ringer)发现人的肺吸虫后，推定了肺吸虫的传染途径。林格是淡水五大洋行的驻诊医师，也是对马偕博士医疗工作帮助最大的医师，曾在马偕的医馆中服务了7年。林格医师于1879年在淡水解剖一因主动脉瘤破裂而死的葡萄牙人尸体时，在其肺脏组织中检出一圆形“豌豆状”的寄生虫。该葡人原为厦门曼松医师(Dr.manson)的病人，遂将该虫送去求证，曼松认为是吸虫。翌年，曼松在来自台湾之福建人患者咳出的红色痰中检出虫卵，因此一并将成虫与虫卵送往伦敦之Cobbold请求鉴定，Cobbold认为该虫为未知之新虫，在1880年命名为Distomaringeri即今之Paragonimuswestrmani。林格医师发现首例寄生于人体的肺吸虫后，马偕博士便开始寻求“肺吸虫”侵入人体的原因。发现台湾民众嗜食淡水螃蟹而感染的事实。近代寄生虫学研究证实马偕博士当初的推断是正确的。
(三)兰大卫医师和彰化基督教、医院
兰大卫医师(Dr.David Lansborough，1870～1957)是英国人，1890年于格拉斯哥大学毕业，获文学硕士学位。因立志从容医疗传教，又送入爱丁堡大学学医，1895年毕业，获医学士学位，同年受英国基督教长老会海外传道会派遣赴台湾从事医疗传教。抵台之初，兰大卫在台南旧楼医院协助安彼得院长看病，并施行大、小手术。1896年10月前住彰化，会同梅甘雾牧师(Rev.Campbell N.Moody)等设医馆。11月29日即以教会作为诊所开始医疗及传道。当时，医院没有固定名称，彰化地区的人称之谓“兰医馆“，外县市的人则称它为彰化医馆。医馆的设备极为简陋，遇到需要开刀的病人，也仅能以竹床当做手术台，施外科手术。因为没有护理人员，兰医师还要彻夜照顾病人，天又要看门诊或骑自行车出诊，工作非常辛劳。于兰大卫医师手术高明，病人愈来愈多，兰医师一人实难付，遂聘请自大社前来协助，还收了五位学生帮助医疗护理工作。此后，每天晚上医疗工作结束后，还要教导学生学习解剖生理等医学知识。因为受当时社会观念的限制，不可能解剖尸体，只能用猴子代替，这是台湾现代医学教育的开端，他的学生中不乏日后成为一代名医者，如高在得、颜振声、林进生、王光胆等人。
1912年，已在彰化渡过了17个寒暑的兰大卫医师与英籍女宣教师连玛玉(Miss Majrie Learner)结成连理。婚后，夫妇二人同心协力，不辞劳苦地服务于众多中国患者。兰夫人曾有为中国患儿捐献皮肤的感人事迹。1936年兰大卫医师年届65岁，退休离开了他服务40年的彰化基督教医院返回英国。
(一)日本占领时期之中医药学
日本汉方医学源于中医药学，中医药学传入日本已有干余年历史，在日本曾有过巨大的发展，为日本人民的保健医疗作出了卓越的贡献。公元1868年，天皇睦仁实行明治维新，在医药卫生方面，祟尚追求西方医学，轻视排斥汉方(即中医)医学，取缔已有百年历史的江户医学馆，停办汉医学校、医学馆与医学所，用西医课程考试汉方医师之执业资格。汉方医界虽尽力进行救亡抗争，但终因政府支持灭汉兴洋而成效甚微。虽然汉方医界前仆后继，持续不断斗争了半个多世纪，也未能争取一个合法的地位。
日本于1895年占领我台湾之时，正是日本汉方医学在政令和法律的强制下，已经失去了继续公开抗争的余力。从而步入日本汉方医学发展史上最黑暗的历史时期。台湾中医界在日本的殖民统治下，虽然也多次请求，但终难逃免被公然取缔的命运。台湾之中医药学步入了医师逐年减少，而药店、药业人员逐年增加的畸形发展。本世纪二十年代台湾，可以执业的合格医师数虽有上升，这与昭和年间日本汉医团体之再度崛起，其活动也波及台湾，有着比较密切的关系，然其最重要的因素还是中华民族对自己传统医学信赖的社会基础。现将日本统治台湾的三次有关中医药统计情况列下：
1897年日本占领台省之统计：当时有中医1070人，据当局分析，富有声望者29人，通儒施医者91人，自称祖传者97人，其他均为一般时医，占80%左右。
1901年，日本占领者对台湾中医进行考试(按：日本明治维新对其本土之汉方医生举行考试，主要考西医，其目的是将中医改造成为西医，为消灭取缔中医的一种手段)，然而申请报考者竟多达2l26人，经过考试及格者仍有1097人之多，可见我台省中医界求生存竞争之烈。加上未经考试而有许可证者650人，以及考试不及格但给予同情许可证者156人，因此，台湾本世纪初，有合格中医师1903人。此后，日本为了在台湾推行其消灭中医的政策，不再举办中医考试，从此，中医绝了后来者，三十多年间，中医师只能年年减少，乃至完全消灭。
1931年，日本昭和六年末，当局对我台省各地之医药情况进行了比较系统的调查统计，有医药人员共3l61人，其中本岛人之医生325人，经营中药者2519人，经营洋药者112人；内地人之经营中药者17人，经营洋药者179人；外国人之经营中药者9人，医生共计325人，仅占药物经营者2836人的11.5%，而且这些医生均集中在台北、新竹、台中、台南，而澎湖、花莲港与台东竟无医生，这完全是日本占领者在台推行其消灭中医政策的典型恶果。到1945年台湾回归时，台省持有许可证的中医仅存10人，台湾中医濒临被消灭的境地已可见一斑了。《台湾皇汉医界》第51期编后记称：“查去年台湾总督府所谓之全岛汉药业者，有2545人之多，而洋药业者才有291人也。由是观之，足悉我台民之信用汉药者较之洋药者尚众，然与药最有关联之医生，据同年所调仅残325人而已。灵效之汉药，鉴近虽有中兴之势，而汉医竟归于衰落之途，良可慨也”。
台湾中医药界之救亡斗争：如果说日本占领台湾之初出于政治之考虑，在消灭中医方面尚不如在其本土那么明目张胆，台湾中医所感受的压力还不迫切。然而30年过去了，老年中医相继离世，而不能有任何后继者补充，中医界终于感受到形势之严重，在昭和初日本汉医学界又一次组织学会，与当局进行救亡斗争的影响下，也开始组织学会，创办杂志，动员社会力量，与当局进行说理斗争，争取中医后继人才的培养与合法地位。
在日本统治下的台湾，约与日本“东洋医道会”“皇汉医道会”创立同年，台湾陈茂通氏等，联络东京之医道会，在台创设支部，陈任支部长，由东洋医道会台湾支部发行《台湾皇汉医界》月刊，现仅摘其若干论文之要略，可知台湾中医救亡斗争之状况与结果，林彭辉以《论汉医药将来当有发展可观》为题指出：汉医被日本国法禁止，“然岛民久信汉医，惯用汉药。……”并对当局请愿运动，靡不竭力奋斗，“废餐忘寝，以期保存国粹”。“所最憾者，政府无设汉医学校”，”切望当局诸公，早鉴现代之趋势，俯察下情，急筹设法，俾国粹昌明，共登寿域”。然而终未能对日本当局消灭中医之既定政策产生任何影响，我台省中医因在日本近半个世纪的殖民统治下，已基本上破取缔消灭了。
随着时间的推移，中医已日渐减少，西医之培养由于受到当局的支持，毕业者渐多，加之日本学者到台，关注中药研究者渐多，对于中医或有倡导中西汇通之研究者，则续有发展。然亦议论多而甚少实际研究者。例如，陈寄生以《汉西医药均须研究说》为题，叹“吾台精于汉医者固多，然能取西法参而用之者，寥苦辰星”，他佩服陈好敕“先生不但汉医精微，对西法之潜心研究，实有出人意外者”，他希望“人人能如好敕先生，则吾台皇汉医道之发达，定能昌大其将来世”，在这一思潮影响下，一些中医由于当局限制消灭中医的政策所迫，由钻研中医学问转而学习西医，以谋出路。史实说明，由于当局并无支持之意，这种希望只能成为学者们不能实现的幻想。
日据时期台湾著名中医师：台湾在日本侵占之初，中医队伍还很壮大，且不乏医术高明之士。据有关文献收载综合其知名者约60人，比明清之知名者高出倍余。现仅举其代表人物简介如下：
吴得福(?～1895)，台北大安庄人，吴氏崇尚道教，兼通医药，治病多效，名闻乡里。公元1895年日本派军侵占台湾时，他便参加了抗日运动，不幸于同年8月31日为日军所俘，竟公然被判处死刑。吴得福不堪狱中虐待而自杀。
丁宝鋆(1874～1911)，字锡奎，号士庄，赋性聪敏，为人厚道忠诚，勤于攻读，博采群书，年21岁因反抗日军占领台湾，随兄到泉州避难，适逢晋江科期，乃报名应试，及第庠生。不久，于光绪二十四年(1898)回到台湾，此时台湾鼠疫流行，死者甚众，他触景伤情，发奋攻读医书，得张仲景《伤寒论》与《金匮要略》朝夕诵读以求明医之理，其后又钻研《黄帝内经》与《难经》等经典医籍，对医理与临床诊治经验的积累日丰，治疗效果也不断提高，人谓“手出药方，多见奇效”。他医德高尚，不收谢礼，惜年仅37岁而终。
黄瑶琨(1874～1925?)，号青华，著名中医黄玉阶之介弟，少时学习岐黄之术，年长后医术更精，1897年毕业于国语学校第三附属速成科。后入“本省人医师养成所”肆业，适逢该校改为医学校，成为该校的第一届毕业生，是为台省人最早的西医师，任台北医院医务助手，工作三年后辞职，自己开设“日新医馆”。后又任台中厅员林公医，于1914年返回台北，再次在大稻埕悬壶问世，并对地方公益事业多所贡献。
杨棕(1881～1932)，彰化街(今彰化市)人，字炳棕，其高祖于清代中期迁居台湾鹿港棋盘厝，1888年移居彰化街西门。祖父杨地富，父亲杨安坐，均以医为业。杨棕为安坐之长子，继承父、祖之遗志，在彰化悬壶济世，很受群众敬重，1900年杨棕创办“杨棕医院”，求医者日众。杨氏医德高尚，若有贫寒者就医，不但不收药费，有时还自备出诊轿车往治，甚至遇有不治之病患，死后无力埋葬者，他还赠予棺木等费用。1930年为了满足需要还扩建贫民病房10余间，收治贫民患者住院治疗，改“杨棕医院”为“璜溪医院”，扩大了诊治范围，由此名闻遐迩，北至新竹，南到嘉义，叩门求医者络绎不绝。
尤子樵，台北人，初学儒，后跟台湾著名中医学家黄玉阶攻读岐黄之术，特别对慢性疑难病症颇多治验，与当时名医鹿港乾、叶炼金齐名。尤以妇科、伤寒之病症，每因中西医诊治罔效者，经他施治多转危为安，被誉为台北首屈一指的中医。
许一壶，原籍海南，移居嘉邑之竹林庄。名如栋，早年父母双亡，稍长即外出游浪，为人司会计事，其间多与方技家交往，虚心请教学习。凡葛洪《肘后方》之书，华佗五禽戏之术，都勤学博采，极意搜寻，务得其要领而后罢。多年的积累，使自己医疗技术日益丰富，求其诊治者接踵而至，时人以董奉杏林誊之，医名大振。由于台地山岚瘴气严重，谋财之奸商庸医不少，劣药充市，许氏对此十分愤慨。他常说：“人命非可草荐视者，……吾其为韩伯休乎”。对自己所用之药“非地道者不采置”，更加勤奋情考《神农本草经》、《雷公》遗法，尊古炮制，作到药精而价廉，颇为人们所崇敬，晚年入山林隐居不出，享年七十有四。
(二)日本据台时期的现代医学(1895～1945)
1894年日本发动对华侵略战争，即“甲午战争”，迫使清朝廷签订了丧权辱国的《马关条约》，从此台湾和澎湖列岛不幸沦亡，被日本侵略者占据。从1895年开始，台湾人民在日本殖民者统治下生活了半个世纪。日本统治者出于其殖民利益的需要，对台湾医学显示了一定的关注，形成此时期医学发展的某些特定环境与状况。
1、医疗卫生行政
日本占据台湾后，设总督府于台北。在卫生行政方面，分设中央及地方卫生行政机关。初置卫生事务所于台总督府官房，主管台湾卫生事务，由民政局内务部警察课掌管保健卫生，由军部办理医事卫生。因官制改订，几经变革后，设卫生课隶属总督府警务局，为中央卫生行政机关，掌管岛内一般卫生行政。其主管业务包括：传染病及地方病、卫生保健、海港检疫、上水(饮用水)及下水(水沟)和市区及港湾之卫生计划、医制及药制、官公立医院、取缔鸦片及其代用品，有关济生会及其他施药事项。地方行政机关有台北、新竹、台中、台南及高维五州及台东、花莲港、澎湖三厅，各州警务部置卫生课、各厅警务课置卫生系，以分掌各地方之卫生行政事务。
2、医学教育
日本据台后，总督府于1895年6月20日在台北大稻埕千秋街创立了台湾病院(后改称台北病院，再改称台北医院)。两年后，即1897年4月，台北医皖院长山口秀高在院内设立医学讲习所，集台湾子弟约30名施以近代医学教育，入学者多为日语传习所毕业生、医生(中医师)，及药店弟子，初期由台北医院派医师四名，药局人员两名担任教学，教授一般课程(物理、化学、数学、地理、历史、动植物学等)及医学，此为日本据台后医学教育之开始。此试办之医学讲习所颇具成效，乃于1899年制定总督内医学校官制，4月正式成立台湾总督府医学校。1902年5月11日第一届本科学生3名毕业。第二届仅有毕业生1名。第三届10名。第四届9名。第五届增加到23名。其后，年有所增，医学教育逐渐步上轨道。早期的医学校没有属于自己的医院，而基于日本殖民主义者对台湾人的歧视，以日本病人为主体的台北医院不开放给台湾学生做临床学习，只能由日本教师率领台湾学生远路到台北仁济院或行旅病人收容所做临床实习。
日本统治台湾时期所设之最高学府为台北帝国大学。该校开设之初，只设文政、理农两学部，至l936年始设立医学部，以台湾总督府台北医学专门学校校舍改充医学部之用。1936年1月7日，制定台北帝国大学医学部规程，3月23日任命三田定则为该学部第一代部长。台北帝国大学医学部的教授多由日本本土各大学教授、副教授中选拔，一部分由台北医学专门学校或台北医院主任级医师转任。杜聪明为台北帝国大学医学部中唯一的台湾人教授，1937年三田定则升任台北帝国大学总长，由东京帝国大学名誊教授永井潜接任医学部长。台北医院移管，成为台北帝国大学附属医院，小田俊郎任初代院长。
1945年8月15日日本投降，10月2日台湾终于光复。台北帝国大学由国民政府派员接收，改为“国立台湾大学”，医学部改为“医学院”，由原台北帝国大学医学部教授杜聪明任院长。附属病院改为“附设医院”，由大陆来台的陈礼节任院长。
3、有关疾病
日本占据台湾后迄大正年代初期，台湾地区死亡率最高的疾病是疟疾，每年因疟疾死亡的人数高达1万人。其后，逐渐减少。1907年前后，死于肺炎的比率逐渐升高，至1917年肺炎已占台湾本岛死亡原因的首位。其次是下痢肠炎和肺结核。
(1)急性传染病
台湾的急性传染病有鼠疫、肠伤寒、赤痢、霍乱、天花、流行性脑脊髓膜炎、疟疾、恙虫病等。
①鼠疫：日本占据台湾初期，急性传染病中以鼠疫最为猖厥，1896年台湾有鼠疫大流行，系由厦门进入安平之帆船带来此病。安平发生病人40～50名，台南也有救十名，稍后又经淡水侵入台北。最先发现此病者为日军驻台南部队二等军医村上弥若。他将从病人腺肿液培养出的检体送往东京军医学校教官冈田国太郎请求判定，结果证实此乃Yersin鼠疫杆菌(Yersinia Pestis)，这是首次给日本人检出之Yersin杆菌。当时尚不明确鼠疫流行与鼠的关系，但鼠疫流行前后老鼠大量死亡这一事实已引起了台湾和香港的有关人士的注意。同年11月，鼠疫流行仍无止息迹象，也缺乏有效的预防办法，遂邀请东京帝国大学教授绪方正规、山极胜三郎来台做细菌病理和临床研究。在台北小南门外设立了鼠疫研究室，堀内次雄辅佐工作。他们证实了鼠和人类之鼠疫为同一病原体Yersinia Pestis，而附着于老鼠的吸血昆虫跳蚤为传播媒介。于是，遂加强灭鼠以防止鼠疫蔓延。然而，贸易船只的往来，使台湾的鼠疫一直继续不断，流行达22年之久，患者总数达301901人，死者达24104人。
②疟疾：自古以来，台湾被视为瘴疫之区，人临其境，多罹病而死。这种情形即使到了19世纪末仍未有改善。其中威胁岛民健康最为严重者就是疟疾，当时尚不知疟疾系由蚊虫传播，而相信是由地面升起的瘴气所引起，故西人来台者常将睡床架高以防瘴气。直至1898年，日本占据台湾的三年后，才由Ronald Ross和Manson证实疟疾由疟蚊(Anopheles)蚊传播。此后一时期内，对Anopheles蚊的研究很多。木下嘉士朗1901年最先报告台湾有疟蚊存在。羽鸟重郎在台北搜集调查蚊虫并羽化出新种，命名为台湾疟蚊。1902年发现四日热疟疾原虫。其后，经研究确定的蚊种类达14种之多。
1913年开始防疟工作，制定了防疟规则。在特定地点依据实验资料检出疟原虫保有者，对Anopheles蚊孽生之沼泽、水池、排水沟等撤药灭蚊。并对全岛采血验出之原虫保有者，予以奎宁内服治疗，1919年在台湾总督府中央研究所设置了疟疾治疗实验所。诚如前述，疟疾曾经是台湾省死亡率最高的疾病，后因防疫奏效，死亡人数显著降低，但仍未能根绝。在二次大战结束之前，疟疾仍高居台湾地方病之首。
③霍乱：1895年日军侵入台湾时，正值霍乱流行，当时澎湖诸岛亦有流行。此后，于1902年、1919年及1920年均有大流行，尤以1920年之流行为烈，流行于台北、台南及澎湖诸岛，病人3836名，死2693名。翌年疫情再燃，流行于台中以南之西部地区，其后迄1941年有6次局部流行。
④天然痘(天花)：与霍乱同样主要由境外传入，1906年一月颁布台湾种痘法后，每年定期施行一次种痘。有发生天然痘的地区，则实施临时种痘。后仿效日本本土，达十岁时第二次种痘，预防的效果较为显著。超过500人的流行只有1920年1次而已。所使用的疫苗最初由日本输入，大正时代由台湾总督府中央研究所卫生部制造，自给自足，热带医学研究所成立后，使用台湾水牛制造痘苗以供岛内需要。
⑤肠伤寒及副伤寒：1905年堀内次雄首次在台湾本岛检出B型副伤寒杆菌，1907年黑川嘉雄检出了A型副伤寒杆茵，台湾的肠伤寒流行迄1905年，每年发生数均在200名以下，但由1912年以后急剧增加，超过1000名。好发于都市、日本人之罹病率高是其特征。总督府卫生课技师下条久马一与曾田长宗分伤寒杆菌为12型，追究菌型以探讨此病感染途径，有助于防疫。
⑥痢疾：台湾有阿米巴痢疾，称台湾痢疾，常会引起肝肿疡。1905年海军军区田代丰吉郎在澎湖岛马公首次检出痢疾杆茵。总之，痢疾在台湾未见大流行。自1904年至1941年之间，细菌性痢疾和阿米巴痢疾合计每年有100～600名病人，年间死亡人数最多不到200名，杜聪明及邱添贤研究中药发现木瓜叶中富有对阿米巴有强烈毒杀作用的有效成分。
⑦流行性脑脊髓膜炎：堀内次雄、蒲池佐太最先报告本病。1918年1月，在台北及各地发生流行，其后20多年间，发生若干散发病人。1923年间，有较大的流行。
⑧恙虫病：根据1911～3943年间的报告，台湾的恙虫病人共计3921人，分布于台北、桃园、新竹、台中、南投、嘉义、台南、高雄、屏东、台东、花莲、宜兰、澎湖等13个县市、兰屿及澎佳屿，1908年在花莲港厅辖山地发生类似肠伤寒之热性病人，俗称木瓜热。其后在各地发现此病。1914年太鲁阁山地日军讨伐队员多数发病，卫生班之羽鸟重郎进行本病之流行病学及临床观察，于1915年在台湾医学会杂志上发表文章，称之为“发疹性腺肿热”，酷似日本新泻地方之恙虫病。1920年新泻医科大学之川村麟也和山口正道来台确认新泻系恙虫病毒与台湾系恙虫病毒之间成立交叉免疫。台湾恙虫病之死亡率为10.7%，远较日本本土之31.5%～36.8%为低。
(2)地方病、寄生虫病与毒蛇咬伤
①甲状腺肿：此为台湾广泛分布的地方病之一，其病因与饮水中钙含量过高和碘含量过低有关，甲状腺肿在台北州浊水溪上游、新竹州大溪一带、台中州埔里地方、高雄州、台东及花莲港山地均有分布，山地人发生率最高，台湾本岛人次之。
②寄生虫：在台湾最早发现报导的寄生虫病为肺吸虫。英国医师林格于1879年在淡水发现首例人体肺吸虫患者，1915年中川幸庵在台湾新竹发现竹东郡山地部落溪流中的赤蟹及毛蟹为传染肺吸虫的第二中间宿主，1917年横川定证实了淡水螺为肺吸虫的第一中间宿主。
其他一般肠寄生虫病之感染率很高，蛔虫、钩虫、鞭虫及蛲虫最为普遍。
③毒蛇咬伤：台湾岛跨热带及亚热带，四时气温高，雨量丰富，草木郁葱，适合蛇类栖息生长。迄1941年台湾已发现蛇类51种，其中有15种为毒蛇。岛民被毒蛇咬伤，屡见不鲜，因而致死者亦为数不少。根据总督府的调查，1897年至1903年间，全岛遭毒蛇咬伤人数为1853人，1901年至1938年间，毒蛇咬伤人数为12645人，死亡者为839人。
在台湾最早开始从事毒蛇之研究者为羽鸟重郎(1904)和山口谨尔(1921)，后来台北帝国大学药理学教研室以杜聪明教授为主所展开的蛇毒之药理学及毒物学的研究为蛇毒之研究开创了新的领域。他和门生的实验归结出蛇毒可分为出血性蛇毒与神经性蛇毒。
4、医学人物
这一期间，台湾医界最杰出的人物是杜聪明博士，杜聪明(1893～1986)，号思牧，生于台北谈水三芝乡北新庄子，祖籍福建泉州，17岁考入台湾总督府医学校，1914年以首席毕业，1916年东渡日本，入京都帝国大学药物学教室，接受森岛库太教授的指导。于1922年获得医学博士学位，为台湾有史以来获得博士学位的第一人。1925年12月以台湾总督府在外研究员身份派赴美、加、英、德、法、意六国进修。1937年任台北帝国大学教授，担任药理学讲座。
杜聪明教授一生以“乐学至上，研究第一”的精神，专心致力于台湾的医学研究，在台湾产毒蛇及蛇毒之药理学、鸦片烟及吗啡类慢性中毒及中药药理学的研究等方面，成绩卓著，获得国际声誉。1939年第13回日本药理学会在台湾举行，由杜聪明任会长。在杜先生领导的台北医学专门学校及台北帝国大学医学部药理学教室里培养出很多杰出的药理学家。1945年日本投降，结束了对台湾的统治，台北帝国大学医学部改称台湾大学医学院，杜聪明出任首任院长，并一手创立了高雄医学院，为台湾培养了无数医学人才，誉为台湾医学之父。