《中国医学通史简编》经过医史学家们长期的学术酝酿、研讨，筹划，最终在卫生部和老一辈医药卫生工作者的关怀下，动员组织了全国医史界（包括台湾和香港在内）的专家学者，于1987年正式开始编写工作，《中国医学通史简编》各分卷历时八个春秋，经多次审阅、修改而初具规模，下面谨就有关编写与研究中的一些学术和技术问题，作以下必要的说明。
（一）体例与分期问题：在编撰《中国医学通史简编》这部巨大著作的酝酿过程中，考虑讨论了该书的分期问题，最后确定为四巨册，即古代医学分卷（远古～1840）、近代医学分卷（1840～1949）、现代医学分卷（1949～1995）与医史文物图谱卷。为首先给人以清晰的时间概念，并能体现医学发展的规律，古代卷分中国原始人类的医药卫生活动等10章，在编述上以时系事，联系医家、医著、学术、体现了中国医学通史纵不断线，从古通今的连贯性特点。在每章中，又吸取了志书体例，先概述、医事制度、律令、医学教育；次医，药卫生保健等学术；再医药文化交流，医家传记、医籍评介；其它较独特的专节一般放在最后。
医学史分期，是否切合历史实际，是测量一部医学史学术水平的重要依据之一。因为，切合中国医学发展历史实际的分期法，不但在宏观上给人一目了然、纲举目张的效果，而且透过分期的微观上还能得出医学发展在各个时期的实质内函，《中国医学通史简编》总结多年的理论研究和多部专著分期的实践，使我们认识到在科学的分期上应注意以下三个不同层次的要求，这就是首先必须充分反映出医学在各个不同时期的不同实质和特点；其次，要考虑到中国科学技术史和文化史特点的相对一致性；再次，是在前二者的基础上，注意社会政治、经济发展的相关性等。这个层次是不能倒置的。由于中国医学史是一个网络状的结构，这种纵横交织、纲举目张的史书体例，能比较全面系统地容纳中国医学史的基本内容，虽在形式上比较固定少有变动，但每章节的内容则各不相同，然而却能从中看出上下的衔接与发展变化。
（二）关于医学起源问题。中外医史界、科技史界历来对此意见分歧、见仁见智，往往使人莫衷一是，无论是巫源说、动物本能说、圣贤创医说等等。均不无道理，但又各有偏颇，通过综合分析，本书在编写中主张以实践为主体的多源综合说，其间有一个内在的逻辑发展过程，人类医疗活动的历史比巫出现要早，所以单纯强调医源于巫的观点是站不住脚的。动物越高级，其本能越减退，所以以动物本能为医的唯一源泉是难以成立的。圣贤创医说则是复古思潮的产物。所以说医学起源问题绝非某一单纯观点所能圆满解释清楚的。
（三）中国古代医药学的形态结构。中国古代医学是传统医学的发展范式，是把人放在天地与社会心理中去考察，具有宏观整体性，是个多源一体化的结构。在中华民族医药文化形成的过程中，集中了各民族各地区的医疗学术经验在内。
而居住在中原一带的医家在总结各地各族医药经验时“杂合以治，各得其所宜，故治所以异而皆愈者，得病之情，知病之大体也。”因而，当中国古代医学体系形成和发展过程中，包括民族医药在内，在以后的历程中，以汉医为主体的传统医学不断地吸收各少数民族医药的新鲜经验，另一方面各少数民族又逐渐结合本地区本民族的医药经验，形成了各具特色的民族医学，这是中国古代医史上汉医与少数民族医，其共性与个性、整体和部分辨证的统一。
（四）中国古代医药与人文地理和文化传统。环境是对中心而言，背景是对主题而言， 近几十年来，医史教研工作者在此方面进行了广泛深入而有成效地探索。中国传统医药学产生于中国，是中华民族长期以来与疾病作斗争、诊疗保健的经验总结和理论概括。一方面，从远古以来中华民族祖祖辈辈就在自己的国土上生活、生产，进行各种社会文化活动与创造发明，本民族的文明一直未曾中断。另一方面，又是处在一相对封闭的自然地理环境中，在整个古代，受外来文化的冲击较少，而有兼收并蓄外域文化的博大气势，往往为我所用。中国医学之外传，影响着朝、日、越等国的医学发展，成为这些国家传统医学的主要组成部分。鸟瞰中国的地理环境，背依欧亚大陆，西北方横亘着戈壁大漠，西南方耸立着青藏高原天然屏障，东面是浩淼的大海，直到十九世纪中叶以前，中国人还把自己的国度当作天下的中心，自视为“天朝上国”。以农业为主的物质生存方式，还有采集、捕鱼，狩猎，畜牧和手工业等，医药文化莫不受这种客观存在的影响。民族心理的务实精神，是中国农业社会导致的一种心理趋向，铸造了中国人“重实际而黜玄想”的民族性格。世俗的、入世的思想一直压倒出世的、超世的宗教神学思想。当西方在漫漫的中世纪黑暗时代——只有神学而无科学的地位，科学只是神学婢女的岁月，中国的医药文化一直以其科学与文明的风姿在世界医林中占居领先的地位。中国传统医学并不仅仅是历史上的医学，它有着更光明远大的前景，它是中华民族创造发明的，它又是属于全人类的，是中华民族对人类医疗保健事业的一大贡献。从中国人文地理看，中国传统医药学文化中心，开始在黄河中下游一带经济发达的平原地区，从秦汉到隋唐仍在陕西、河南、山东及长江以北地区，北宋到南宋金元，中国医药文化中心呈东迁南迁之势，明清之际，中国医药文化的中心转移到江浙一带。如果说中国古代医学最早的起根发苗和发展在黄河中下游流域，那么它的相对成熟和开花结果则在江南人文荟萃的地方。
（五）对医药学家评价。医史是医药学家活动的舞台，医家的传记、著述、学术思想、医事活动等，牵扯到医史的每个纲目与网络。本编对医史人物的评价，着重强调：
①研究医学家的学说和学术思想，要求研究者所作的结论必须确切，必须符合实际，能反映其特点。
②研究医学家学说和学术思想，必须严肃认真，要从全面系统的调查研究入手，作深入细致的分析，千万不要单凭序跋、小传或二三手资料作结论；
③医学家学说和学术思想的研究，不要回避矛盾。在研究过程中，只要结论符合实际，能代表其学术思想核心，虽然它不符合潮流，或与多数学者的观点相反，也要敢于提出自己可供借鉴的意见或结论；
④研究医家学说和学术思想，要不为前人的结论所惑，避免人云亦云；
⑤研究历代医学家要予以历史评价，有褒有贬，一分为二，防止绝对肯定或全盘否定的结论，对医学发展有促进作用的就褒，有阻碍作用的就贬。只有做到这一点，既知其进步性之所在，又注意到消极性之可能危害，才会对现代有更多借鉴；
⑥研究医学家学说和学术思想要抓注主流。医学家的学术见解、经验和论述，多是各式各样的，兼杂并列的，由于历史条件的局限，少有本人对自己的学说予以明确的、系统的论述，这就要求我们通过深入钻研，分析综合，从错综复杂的大量资料中，理出一个切合实际的头绪；
⑦研究医学家学说和学术思想，要探讨医学发展的历史经验和规律性问题。
（六）医药学史料问题。研究医药卫生发展，史料是基础，大量掌握和研究、鉴别史料是医史研究的基本功。没有史料尤如无米之炊。由于医学发展与社会的政治、经济、哲学、历史、文化、军事、体育、交通、宗教等等人文现象和天地间各种自然环境有着直接和间接的多种联系，所以医史研究中不仅仅局限于医、药、卫生，保健学术本身，还广泛深入地涉及到医药文化的各个方位与层面，医史史料的来源是多途径的。古代医学史料以文献和文物史料为主，同时还包括一些医药卫生民俗史料。
文献史料除历代医籍和医史专著外，广泛地涉及到正史、野史、笔记、地方志、少数民族有关的医药文献。这是本书史料的主要来源，其间有大量、细致的文献学研究，鉴别真伪、考证史源等工作。
文物史料多借助已往的金石、甲骨、简帛，以及现代的考古发掘资料，实际上一些文物史料已经变成文献资料。我们将比较全面系统征集历代医药卫生文物图片，将收入医史文物图谱卷，作为比较直观的素材，将对文献发挥有说服力的科学的互证。
关于民俗，自古以来，民俗和医药卫生就结下了不解之缘，逐渐地形成了丰富多姿的医药卫生民俗，发挥过或正在发挥其应有的作用，作为医史的一个载体，民俗史料不可忽视，往往可补充文献史料和实物史料不足而造成的医论苍白和史实的匮乏，特别是原始社会医史，秦汉以至先秦医史，少数民族医史，没有自己民族文字、文献的民族医史，以及社会医学和医学社会学等领域的许多学术问题，医药卫生民俗史料的价值显得尤为珍贵。