虽然流产的原因主要是在女方，但是有不少流产，特别是每胎必流的习惯性流产，往往与男方有关。其较常见的有以下几种：(1)染色体因素：染色体异常的精子因为质量欠佳，即使有幸使卵子受精，也必然以流产而告终。
(2)免疫因素：胚胎对母体来说也是异物，因此必然要遭到母体的免疫排异。但由于受孕后母体中存在着阻断抗体，因而可保护胎儿免遭排斥。如果抗原不足，阻断抗体也就缺乏，使流产的机会增多。
(3)感染因素：在微生物的家族中，有一种比细菌小而比病毒大的支原体常在男性生殖器内引起感染。当这种支原体随精子进入女方子宫内，就可以使胎盘组织产生炎症反应，从而导致流产。
(4)精子因素：质量不好的精子(如畸形或受精功能不良)，本身具有某些缺陷，虽然使受孕的机会减少，但也有可能怀孕，不过受孕后往往坚持不到分娩就早早地流产了。
除此之外，怀孕期间的房事可对受孕的子宫产生机械刺激，而精液中的前列腺素又可使子宫收缩，男方工作、生活环境中的某些有害因素损害了生殖细胞，以致诱发精子染色体的畸变等，都是可能造成流产的原因。
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