羊水抽取术一般会安排在怀孕周数15～18周之间。因为这个时候子宫够大了，羊水够多了，技术上比较容易一些。如果更早一点想知道染色体的情况，可以考虑「绒毛膜采样」。
实际操作时，孕妇平躺在检查台上，不必麻醉。先做个腹部超音波，确认胎儿的心跳正常、周数大小符合、胎盘位置适宜、羊水分布适宜、是否有明显胎儿异常，以上一切都没问题后，就可以选定一处腹部，做为待会儿下针的位置。
接着开始消毒孕妇的腹部，换穿无菌手套及衣服。一切准备就绪后，就一边看着超音波的影像，一面由肚皮下针。针尖会穿过孕妇的肚皮、肌肉、子宫，最后进入羊膜腔内有羊水的地方。一般抽取约15～20㏄的羊水后，针头就抽回出体外，顺利的话，5分钟内就完成抽取的步骤。少数情况下，第一次抽不到羊水，必须再抽一次。只有当针刺入皮肤的时候会痛，抽完以后，会再次确认胎儿心跳正常，原来的扎针之处覆盖一小块胶布，就完成整个步骤。
安全性及后遗症
依照国外的研究报告，做此穿刺术的孕妇，比一般孕妇约多增加1%的流产机率。当然，在有经验的医师及具规模的医院内做，危险性可以再降低。有极少数病例报告，手术后发生羊水持续渗漏或羊膜腔感染的情况。
取出的15㏄羊水，占当时羊水总量的1∕10不到；大约2、3天的时间，就可以补充回来，不致使羊水太少。
孕妇应注意事项
一、羊水针刺入的时候，肚皮会短暂疼痛，就像打针的痛一样；此外，针尖穿过子宫的时候，有些人会有子宫收缩的感觉。但通常休息一、两个小时后，不舒服的感觉会逐渐退去。
二、手术后当天，最好休息，不要操劳活动，直到隔日，没有不适后，才恢复一般日常作息。
三、如果回家后数日内，出现发烧、持续腹痛、阴道出血、阴道持续水样液体渗漏时，不论任何一种不适，应速回医院诊治。
四、绝大部分的羊水，都可顺利培养出染色体，但约有1%的羊水，细胞培养失败，医院会通知你回来重抽一次羊水。
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