肛门内括约肌是直肠壁横肌纤维延续到肛管部增厚变宽而成，属平滑肌，受植物神经支配。
内括约肌上起肛门直肠环平面，下至括约肌间沟，包绕肛管上三分之一，高1.72±0.01cm，厚 0.48±0.004cm，下缘在肛缘上0.9±0.01cm，其下部1.5cm被外括约肌所环绕。肌束呈椭圆形，乳白色，如覆瓦状连续重叠排列。上部纤维斜向内下，中部呈水平，下部稍斜向上。在最肥厚的下端形成一条环形游离缘，指诊括约肌间沟可触及此缘。
内括约肌的作用主要是参与排便。当直肠内粪便达到一定量时，通过直肠内的压力感受器和齿状线区的排便感受器，反射性引起内括约肌舒张排出粪便。排便中止时，内括约肌收缩，可使肛管排空。排便结束后，内括约肌维持在收缩状态，保持一定的张力。
内括约肌属不随意肌，保持平滑肌特性，受到刺激容易痉挛。所以肛裂患者大便时可致内括约肌痉挛，产生排便困难和剧痛。切断内括约肌可解除痉挛，切断后不会引起排便失禁。
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