预防菌群失调症的关键在于合理使用抗生素，避免滥用或长期使用，可用可不用者不用，可用窄谱则不用广谱。对年老体弱、慢性消耗性疾病者，使用抗生素或者激素时，要严格掌握适应症。最好能作药物敏感试验，选择最敏感的抗生素。
在用抗生素的同时，可口服乳酶生和维生素。老幼病后衰弱者，在用抗生素的同时，可口服乳酶生、维生素B族及维生素C等，以防肠道菌群失调。在大手术前，应注意配合全身支持疗法，如给予高营养、服维生素类药物及输血等。
关于正常肠道菌群的恢复，轻型病例停用抗生素后任其自行恢复即可。严重病例可口服乳酸杆菌制剂 (如乳酶生、乳酸菌素片)、维生素C及乳糖、蜂蜜、麦芽糖等以扶植大肠杆菌；口服叶酸、复合维生素B、谷氨酸及维生素B12以扶植肠球菌；亦可用健康成人粪滤液保留灌肠，以引入正常菌群。
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