小儿腹泻可由非感染和感染性原因引起。
(1)非感染性原因有：生理性腹泻，母乳的营养成分超过小儿的生理需要量和消化功能的限度时，便会使小儿发生腹泻；喂食不当可引起腹泻，多为人工喂养儿，由于喂养不定时、量过多或过少或食物成分不适宜，如过早喂食大量淀粉或脂肪类食物、突然改变食物品种或断奶；个别小儿对牛奶或某些食物成分过敏或不耐受 (如乳糖缺乏)，喂食后可发生腹泻；气候突然变化，腹部受凉使肠蠕动增加；天气过热使消化液分泌减少，而由于口渴吃奶过多，增加消化道负担，均易诱发腹泻。
(2)感染性原因：分为肠道内感染和肠道外感染。
肠道内感染可由病毒、细菌、真菌及寄生虫引起，以前两者多见，尤其是病毒。常见病毒感染为：
①人类轮状病毒：是婴幼儿秋冬季腹泻的最常见病原；
②诺沃克病毒：多侵犯儿童及成人，与婴幼儿腹泻的关系不密切。
细菌感染主要为大肠杆菌和痢疾杆菌引起的感染。病原微生物随污染的饮食或水进入消化道，也可通过污染的日用品、手、玩具或带菌者传播。如牛奶污染，牛奶未经煮沸，奶具(奶瓶、奶头)未能每次清洗或煮烫，食用白糖污染以及小儿吮吸手指等。由于夏季气候湿热，细菌容易繁殖，牛奶、水和奶具均容易受到细菌污染，因此夏季发生细菌性腹泻的机会就多。
另外，患中耳炎、上呼吸道感染、肺炎、泌尿系感染、皮肤感染等或急性传染病时，由于发热及病原体的毒素作用使消化道功能紊乱，可伴有腹泻。有时，肠道外感染的病原体可同时感染肠道(主要是病毒)。
总之，小儿腹泻是由多种原因引起的一种综合征，面对小儿腹泻，首先应当查明原因，然后针对病因进行处理，如果是由喂养不当引起，就应该及时调整喂养，而不必使用大量抗菌药物治疗，病毒引起的腹泻也不例外，只有当细菌引起时，才应该使用有效的抗菌药物治疗。
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