恶性贫血起病缓慢。症状开始出现时患者大多已年逾40岁，30岁以下者罕见。临床表现主要包括贫血，胃肠道症状及神经系统症状。
贫血：表现为软弱无力，体重减轻但不消瘦。面色苍白，皮肤及巩膜常有轻度黄疸。体力活动时常见气急、心跳、头晕、耳鸣、脉搏加快。极少数病人初诊时可以没有贫血或仅极轻度贫血而先有其他症状。
胃肠道症状：舌痛或烧灼感是常见的症状，最早出现于舌尖及边缘，有时可以满口及咽部疼痛，吞咽时有烧灼痛感。这种症状可在贫血出现前数月至数年即已存在，可以间歇发作。大多舌光无苔，乳头消失，舌质绛红如瘦牛肉，偶见浅表白色小溃疡。食欲不振，上腹部有不适感。腹泻较多见。
神经系统症状：约70%～95%患者迟早会出现这些症状。神经系统症状可以是少数病人最早出现的症状，偶尔可有神经系统症状而无贫血。
常见的神经系统症状和体征：知觉方面有感觉异常，最常见者有手足麻木、刺痛感，下肢较重；下肢震颤和位置感觉减低以至消失，大趾和食指被动动作的位置不能辨别。运动方面可见步履不稳、行走困难，在黑暗处尤甚。手指细小动作笨拙。如果累及脊髓侧索肌肉可引起紧张、痉挛，如果累及末梢神经则可见肌肉软弱、松弛。最严重时可发生瘫痪，大小便失禁。腱反射亢进或减弱以至消失，伸跖反射阳性，闭眼倾跌征阳性。这些症状、体征在各病例中轻重很不一致，但都是由于脊髓后索、侧索及末梢神经的变性所致，基本的病理改变是神经轴索的退行性变性和脱髓鞘。精神症状也可出现，较多见的有妄想狂、烦躁不安或忧郁等表现；记忆力和智力减退。性功能减退。
其他：皮肤可有色素沉着。血小板减少时，皮肤和粘膜可以出现少数出血点，贫血严重时眼底常有出血。少数病人可有轻度肝、脾肿大。感染时可有低热。贫血严重者可发生心力衰竭。女性病人常有闭经。
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