肛门直肠周围脓肿的发生发展一般有以下几个过程：
①肛隐窝炎(肛门腺炎)阶段：由于肛隐窝形似漏斗，口向上朝向直肠开放，底部与肛腺管相连。在排粪时，隐窝关闭，粪便不易进入；腹泻时，稀便极易进入积存，引起肛隐窝感染，使之失去收缩力，病菌侵入肛腺管，引起肛门腺炎，从而导致肛门直肠周围炎症。
②肛门直肠周围炎阶段：由于内、外括约肌间隙中有丰富的淋巴组织和静脉，是感染向肛管直肠周围扩散的门户。经肛隐窝侵入的病菌，经肛腺管穿过内括约肌侵入内、外括约肌之间的空隙，形成括约肌间脓肿，形成原发性炎性病灶。
该病灶向上可达直肠周围，产生高位肌间脓肿；向下可穿过括约肌皮下部，形成肛周脓肿；向外穿过外括约肌达坐骨直肠窝，形成坐骨直肠窝脓肿。肌间脓肿除辐射状蔓延外，还可沿括约肌间隙呈环状扩散至肛管或直肠的一侧或两侧，形成肛提肌上或肛提肌下蹄铁型瘘。
③肛瘘阶段：肛门直肠周围脓肿破溃后，长期反复流脓而未作彻底根治，则会形成肛瘘。
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