肛门直肠周围脓肿，其发生的具体部位不同，在症状上略有差别，但总的来说，有以下临床特征：
一般情况下，先感到肛门周围出现了一个小硬块或肿块，继则突然剧烈疼痛，红肿发热，坠胀不适，坐卧不安，夜不能眠，发烧，倦怠无力，口渴烦躁，大便秘结，小便难通。若是深部脓肿，还会引起会阴及尾骶部胀痛，出现发冷、发热的中毒症状。感染后一周即可发生脓肿，在肛门周围或直肠内指诊时可以摸到波动、柔软的脓腔，用注射器穿刺可抽出脓汁。可切开排脓或等自行破溃后排脓，疼痛会缓解、消失，体温下降，全身情况也会好转，但伤口不会愈合，暂时愈合后，也会复发流脓，经久不愈，从而形成肛瘘。
而结核性肛门直肠周围脓肿，病程长，经数日数月后才形成脓肿，疼痛不剧烈，伴有低热，局部红肿，高突不明显，破溃后流出清稀脓汁，脓口凹陷，周围皮肤发青或呈青白色，常有数个流脓的外口，经久不愈。全身检查可发现肺部、大肠及或其他部位有结核病灶。此外，脓汁培养可见到结核杆菌。
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