手术对解除疼痛，促进生育功能效果较好，所以仍为治疗子宫内膜异位症的主要措施。保守性的手术主要为切除病灶，分离粘连，重建卵巢，修复组织。
(1)保留生育功能手术：适用于年轻有生育要求的妇女，特别是采用药物治疗无效者。手术范围为尽量切除或灼除内膜异位灶，但保留子宫及双侧、一侧或至少部分卵巢。手术可经腹腔镜或剖腹直视下进行。①腹腔镜手术：在腹腔镜下即可确诊内膜异位症，也可进行多种手术，包括病灶切除、粘连分离、卵巢巧克力囊肿穿刺抽液后注入无水酒精、卵巢囊肿剔除和卵巢成形术以及卵巢切除术等。一般术后妊娠率可达70%以上，但仍有复发可能。②剖腹手术：适用于粘连广泛，病灶巨大，特别是巨大的卵巢巧克力囊肿患者。
(2)保留卵巢功能手术。将盆腔内病灶及子宫予以切除，但要保持一侧卵巢或部分卵巢以维持患者卵巢功能。此手术适用于45岁以下，且无生育要求的重症患者。应警惕少数患者在术后复发。
(3)根治性手术：即将子宫、双侧附件及盆腔内所有内膜病灶予以切除，适用于45岁以上近绝经期的重症患者。
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