小儿肠道的相对长度较成人长，即新生儿肠道为身长的8倍，婴幼儿肠道为身长的6倍，成人肠道为身长的4.5倍；大小肠的长度比也不同，新生儿为1∶6，婴幼儿为1∶5 ，成人为1∶4。所以小儿肠管的面积相对较大，有助于肠道摄取营养。
乙状结肠和直肠相对较长，粪便中的水分容易被过度吸收，所以小儿容易便秘。
小儿肠壁肌层较薄，粘膜血管丰富，屏障作用差，消化不全毒物和病原微生物容易透过肠壁进入血流，所以小儿患肠道感染时容易出现中毒症状。
小儿和成人一样，肠壁运动有三种方式。蠕动：驱使食糜下移；摆动和分节运动：使食糜混合，并进入肠道，随之肠运动加强，回盲瓣括约肌松弛，肠内容物进入结肠。因为小儿的胃结肠反射较活跃，所以小儿易在饭后排便。
年长儿和成人仅胃和结肠有气体，而新生儿、婴儿整个肠管都有气体，所以这些孩子腹部经常饱满，有时能看到肠型。
小儿肠系膜较长，活动度较大，容易发生肠套叠、肠扭转。直肠也相对长，粘膜、粘膜下层和肌层发育不良，直肠固定不牢，容易脱肛。
婴儿阑尾开口大、容易排空，所以阑尾不易发生炎症，但阑尾壁薄，阑尾发炎时容易穿孔。
新生儿出生前消化道内无细菌，哺乳后肠道内才出现细菌，小肠远端的结肠含菌多。母乳中碳水化合物较多，所以母乳喂养的孩子肠道内乳酸杆菌占优势。牛乳中蛋白质含量多，所以人工喂养的孩子肠道内大肠杆菌占优势。这些细菌参与部分食物分解过程，并能合成维生素K和B族维生素，对身体有益。
另外，母乳喂养的孩子肠内容物呈酸性，钙、磷容易吸收。
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