近年来发现支原体肺炎可引起很多并发症。
(1)7% 有神经系统并发症：如无菌性脑膜炎、脑膜脑炎、颅神经麻痹、小脑共济失调、周围神经炎等。多数病例先有呼吸系统症状，7～14天后出现神经系统症状，约1/5的病人，直接以神经系统症状起病。
(2)4.5%有心血管系统并发症：如心肌炎、心包炎、急性心力衰竭、房室传导阻滞。上述并发症中约70%的患儿表现为一过性或症状轻微，或仅有心电图改变，少数患儿可发展为严重的心血管损害。
(3)12%～44%有消化系统症状：大多为非特异性表现，如食欲不振、恶心、呕吐、腹痛、腹泻、便秘等，常发生在疾病早期。此外可并发肝炎、肝肿大、血清转氨酶升高，但大多数患者的肝功能随肺部炎症的痊愈而趋于正常。
(4)25%有皮肤损害：并发皮疹，皮疹形态多样，有红斑、斑丘疹、疱疹、荨麻疹及紫癜等，多发生在发热期。男性为多。
(5)15%～45%有肌肉、关节损害：可出现关节痛和非特异性肌痛。在关节炎及关节痛中，主要是多个大、中关节如膝关节、踝关节、肩关节的多关节症状，多呈游走性。肌肉的改变如一过性肌肉酸痛等。
(6)30%并发耳痛。
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