祖国医学认为，小儿腹痛的病因病机可分为以下几个方面：
(1)腹部中寒
由于护理不当，衣被单薄，脐腹受风冷寒气侵袭；也有因小儿饮食不知节制而过食瓜果生冷，寒邪损伤中阳(脾胃阳气)，阳气不足，又感受外寒。因寒主收引，收引则拘挛疼痛；寒性凝滞，凝滞则气机受阻，血行不畅，气血壅遏而经脉不通，不通则产生腹痛。
(2)燥热内结
邪热传里，或燥邪侵入人体，或过食辛辣香燥之物，以致肠胃积热，腑气不通，燥热闭结而腹痛。
(3)乳食积滞
如果乳食不节，或饱食强食，或临睡前多食，或乳食杂喂，食停脾胃中焦，运化失常而腹痛。《素问·痹论》中所谓“饮食自倍，肠胃乃伤”即是这个道理。
(4)气血瘀塞
气血流通，则周身安和。若小儿跌仆损伤，或外科手术之后，损伤经络，瘀血停留，而致腹痛。
(5)肝木乘脾
小儿若遇所欲不遂，情志不舒，肝气郁结，肝气失其条达之性，克侮脾土；或进食时啼哭，气与食相结，以致肝脾不和，气机阻滞而发生腹痛。此类腹痛于小儿中少见。
(6)蛔虫内扰
小儿不懂卫生常识，喜食生冷瓜果或不洁之物，使虫卵经口入肠，滋生成虫。虫居肠中，夺取小儿摄入的营养物质而致小儿身体虚弱。其间寒温不适、脏腑不和，均可引起蛔虫动扰不安，致小儿绕脐腹痛。
(7)脾胃虚弱
小儿身体素虚，脾阳不振，或因饮食停滞而过用消导药物，或因蛔虫内扰及用驱虫药物，损伤小儿脾胃，气血生化无源，身体虚弱，导致小儿腹痛绵绵。
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