口腔粘膜色素异常主要是色素沉着。它有内源性和外源性两种。内源性色素沉着有黑斑、阿狄森病、色素沉着-肠息肉综合征、多发性神经纤维瘤、多发性骨性纤维发育异常及Albright综合征；外源性色素沉着多由金属盐或药物吸收所致，少数可由局部浸入口腔粘膜所产生。
黑斑是指非种族性的粘膜局部性黑色素沉着，唇部尤其是下唇最常见，也可见于龈、颊、腭粘膜的其它部位。为均匀一致的片状或小团状黑色斑片，边界清楚，不突出于粘膜表面，无任何症状，全身健康状况良好，女性多于男性。病理检查可见基底层及固有层黑色素沉着增加。据报道腭、牙龈的黑斑可能癌变。应与色素痣加以区别。
色素沉着-肠息肉综合征是一种显性遗传疾病，多发于唇、颊部粘膜，尤其是下唇，色素呈淡褐色至黑色的斑点状，大小由一至数毫米不一。口周皮肤可见色素斑，位于下唇及鼻孔周围，呈椭圆形或不规则形，不高出皮肤。随年龄增加口周皮肤色素可逐渐减退，而粘膜色素持久不变。胃肠道息肉多见于结肠，可有黑便和腹痛，少数肠息肉可能癌变，但口腔病损无碍。
多发性神经纤维瘤是一种显性遗传疾病，其主要特征是皮肤大块褐色色素沉着，夹杂有黑色斑点。口腔粘膜色素沉着无特征，多见于唇部。
多发性骨性纤维发育异常及Albright综合征是骨组织的纤维化病变，可发生于颌骨，皮肤、粘膜及唇部可有大块棕褐色斑块。
阿狄森病即肾上腺皮质功能减退。
金属铅、铋、汞、砷等中毒使龈缘部位出现带状、线状、颗粒状，从浅蓝到蓝黑，不同色泽的色素沉着，是经过血液循环引起的。由于石墨(铅笔)、汞合金、铜绿，以及某些药物长期接触粘膜，也可由局部浸入，引起口腔粘膜的色素沉着，此类均为外源性色素沉着。
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