复方除在临床上观察研究、总结疗效外，用现代科学方法的实验研究已引起多方的关注，复方的研究可以有多种途径，而各种途径又相互联系相互促进。
（1）选方原则
选方应以临床疗效为基础。选择临床常用、组成简单的复方，先进行实验研究，制定药理指标，观察对动物离体及整体的反应及对病理模型的作用。也可先研究“药对”的基本作用，为了解复方的作用原理奠定基础。如当归与川芎、芒硝与大黄、天冬与麦冬伍用等都是重要的“药对”。由于他们组成简单，作用方向一致，故研究较易。也可从基本方着手。基本方一般疗效较好，组成比较简单，许多方剂都以此为基础再加味组成，开展研究较易，理论意义及实用价值较大。且研究了一个基本方的药理作用就可为研究与此有关的一类方的药理作用打下基础。如桂枝汤（桂枝、白芍、甘草、生姜、大枣）是桂枝汤类的基本方，能解肌发表，调和营卫，用于外感风寒表虚证。
可设想研究其对感冒及流感病毒的抑制作用，对免疫、血液循环系统（主要是微循环）、胃肠道平滑肌及对环磷酸腺苷/环磷酸鸟苷的影响，以及解热镇痛作用等。本方重用桂枝成了桂枝加桂汤，治“气从少腹上冲心”的奔豚证，显示了桂枝的心脏作用；原方重用芍药成了桂枝加芍药汤，适应证增加了“腹满时痛”，突出了芍药治腹满痛的作用。桂枝加附子汤，治证有“手足冷，身痛不仁”，显示附子有镇痛作用和改善微循环作用，原方加葛根称为桂枝加葛根汤，治桂枝汤证有项背强痛者，提示葛根能治项背强痛等，说明研究了桂枝汤一方后可为研究这一类的许多方子奠定基础。
方剂来源广泛，有历代医方书中的老方，也有现代临床报道的新方，还有经方、时方；不论什么方，总以有无疗效为依据。张仲景的《伤寒杂病论》方，多数是方简效高，故可以选作研究课题。但汉唐以后的方，也有很多屡经验证卓有成效的名方，特别是解放以来中医院校设立后的一些新方，病例多，验证广，符合当前防病治病需要，作为研究课题更切合实际些。另外有一些为人民群众喜用而方便有效的中成药，也是研究的重要对象。总之，选题应以疗效为基础。
（2）指导思想。
药理研究应在中医药理论指导下，与中医的理论和临床相结合。中医诊病处方要辨证， 故中药复方研究，也必须与“证”相结合。注意那几味药怎样配伍，才能解决某“证”，从而有可能阐明该味药或几味药在复方中所起的作用。如对血瘀证，应首先研究活血化瘀治则。须针对“证”的治疗，考虑复方药理研究中的病理模型问题。
根据过去几年对冠心2号方、通脉灵及其他有关活血化瘀方的研究，初步认为该类药物具有改善微循环、抗炎、抗变态反应、促进骨折愈合、抗癌等作用；可解除平滑肌痉挛，扩张毛细血管，改善组织缺氧，增加脑血管、肾血管及冠脉流量，抑制血小板聚集，增强纤维蛋白溶解活性，抗血栓形成等，此类药物的作用对用于血瘀证的治疗已提供了相当有说服力的药理依据。又如通过桂附八味及六味地黄丸治疗阴虚阳亢、肾阴虚型和肾阳虚型高血压，分别相当于神经原性、肾性和内分泌性高血压病，也促进并沟通了中西医结合研究工作。
（3）研究方法
针对复方的多效性，复方药理研究的指标也相应要多样化，动物也不能限于一种，应根据复方要求选择实验动物，给药途径也要多种方法，先口服（灌胃）粗制剂，观察临床疗效的重现性，再适当提取，制备各种剂型，供多种途径给药，进一步探索其作用。制剂从粗到细，给药方法从口服到注射，在肯定作用的基础上进行作用机制分析。多效性不一定要求各种作用的研究全面铺开，可攻其一点，突破某一方面而打开全方作用研究的大门。
其具体的方法，要按课题的目的、要求而设计。首先要分析该复方的适应证，设计几项指标，除研究该方对正常机体的作用外，还要制造相应的病理模型，来验证复方的作用或疗效。药理作用不但要研究复方对整体的作用，而且还要用离体器官进行研究分析。
其次，在全方研究的基础上，进行拆方研究，以便进一步了解哪一味药或哪几味药在该方中对某项指标起决定性作用，拆方的方法可以根据中医药理论将全方药物分成几个组，也可利用优选法、正交试验法以筛选有效的单味药。
再次是在研究时，尽可能采用现代科学新成就、新技术、新方法。至于实验设计的要求、剂型、剂量的选择，观察时间、间隔和时程的安排，结果记录和分析等，都和合成药的实验设计与研究方法近似，同时也应熟悉毒性及安全试验方法及生物统计知识。
（4）与其他学科的关系
存在与植化提取协作和精粗制剂两个争议问题。复方药理研究中应与植化提取协作，如同单味药的化学提取与药理作用探索相结合，相得益彰，对发生药理作用的物质基础，可以较易搞清。复方的成分复杂，药理反应更复杂，如何协作，需要在实践中找办法。复方配伍后，特别是炮制后进行配伍煎煮，成分之间相互作用，可形成新的成分或出现一些络合物及沉淀物，这方面问题已被学者所注意。几年来对中药复方的化学研究，已有长足的进展。
麻黄的研究己有几十年，称得上中药研究中较成熟的一味，但化学成分和药理作用还在不断有新的报告。单体左旋麻黄碱只是麻黄中有效成分之一，但它不能代表麻黄。麻黄汤中的麻黄也不能以麻黄碱来代替。麻黄中的其他成分各有其用，在复方中各扮演了不同的角色。为了搞清作用机制及受体部位，成分一定要纯。研究中药复方的作用，特别是其临床药理，在现阶段尚需多多进行粗制剂的实验研究工作。