学习和研究病理生理学，如同学习和研究其他学科一样，必须自觉地以马克思主义哲学即辩证唯物论的宇宙观和方法论作为指导思想，运用唯物辩证法的最根本的法则，即对立统一的法则或矛盾的法则，去研究疾病中的各种问题。唯有这样，才能更客观、更全面的认识疾病，才能避免唯心主义和形而上学，才能避免机械地片面地理解疾病。
结合本学科的特点，应当特别注意下述几方面的问题：
（一）必须辩证地认识病因中原因和条件的应用
例如，就肺炎球菌性肺炎的病因而言，在肺炎双球菌侵入呼吸道后，还不一定能引起肺炎。只有当机体因受寒、饥饿、疲劳或醉洒等因素使呼吸道的防御屏障包括免疫功能遭到削弱，以致机体在与病菌的相互作用中不能排除或消灭病菌时，才会发生肺炎。在这里，肺炎双球菌是疾病的原因，而受寒、饥饿、疲劳或醉洒等因素则属于疾病的条件。可以看出，原因是引起相应疾病并决定疾病特异性的必不可少的因素，而某些条件则是在原因作用于机体或侵入机体的前提下，决定某些疾病是否发生的因素。正确认识和区分原因和条件在疾病发生发展中的作用,对于正确进行疾病的防治，有很重要的意义（参阅第二章）。
（二）必须认识疾病是一个运动、发展的过程
例如，在肺炎双球菌侵入肺泡引起肺炎的最初阶段，患部肺泡壁毛细血管显著扩张，血管内液体进入肺泡而形成水肿液，继而红细胞和纤维蛋白原亦从血管内渗出而进入肺泡，纤维蛋白原在肺泡内转变为纤维蛋白而使肺泡陷于实变；最后，由于大量白细胞实变肺泡并释出蛋白水解酶而使纤维蛋白溶解，肺泡内液体继而被吸收或咳出，患部肺泡的呼吸功能乃得以恢复。与在许多其他疾病时一样，推动肺炎不断运动发展的动力是损害同机体的抗损害反应之间的矛盾斗争：肺泡内纤维蛋白的形成可以阻止肺炎双球菌继续蔓延，白细胞大量进入肺泡，可以消灭病原菌并有助于肺泡恢复通气，这些，再加上特异性抗体的形成等等，无疑都是重要的抗损害反应。正确认识疾病的运动发展，正确区分许多疾病中推动疾病运动发展的损害与抗损害的反应及其相互斗争的规律，往往是正确处理疾病的重要基础。此外，也应当认识，正确而及时的治疗措施也可以能动地改变疾病的自然发展过程。例如，在肺炎的早期，可以通过抗菌素的抑菌作用和杀菌作用来消灭病原菌，通过一般支持疗法来协助和加强机体的抗损害反应，从而可以使肺炎的发展过程大大缩短，患者乃得以更快地恢复健康。
（三）必须正确认识形态、机能和代谢变化的辩证关系，正确认识全身和局部变化的辩证关系
辩证唯物论的基本观点之一就是各种事物都是互相联系、互相制约而不是彼此孤立的。正常器官、组织、细胞的形态结构、机能和代谢是密切相关不可分割的统一体。没有正常的形态结构和代谢过程，便不可能有正常的机能；反之，没有正常的代谢过程和机能活动，细胞和组织将不可能不断地自我更新，其正常结构也将不能维持。结构破坏或代谢异常的肌肉固然不能正常地收缩，而缺氧所致的代谢障碍也将引起肌肉组织的结构破坏；长期瘫痪的肌肉也将发生萎缩。在所有疾病中，形态、机能和代谢的异常变化是互相联系、互相制约的。例如，肺炎球菌性肺炎时，患部肺泡由于充满纤维蛋而无气实变，这种形态结构的变化就使患部肺泡丧失通气功能，其结果可引起全身缺氧和代谢变化。
无论是在正常或患病时，机能的任一局部与全身之间，以及各个局部之间，都是通过神经和体液的途径紧密地联系在一起的，孤立地看待疾病时的局部变化或全身变化，否认它们之间的相互影响相互制约的观点，都是错误的。前文已经提到，肺炎时患部的肺泡实变，可以引起全身缺氧，炎症区代谢产物吸收后对骨髓的刺激，是使全身血液中的白细胞增多的重要因素，而全身血液中白细胞的增多又有利于白细胞更多地进入肺部炎症区，从而起吞噬、杀菌、溶解肺泡内纤维蛋白等作用，使病变趋向愈复。