机械屏障和免疫系统都能防御机体免受能引起感染的微生物侵犯。机械屏障包括皮肤、泪水、耳道蜡样分泌物、粘膜（如鼻腔中）和胃酸，以及正常的尿流冲刷出上行到尿道中的微生物。免疫系统则较复杂和高级，它的组成成分中有白细胞和能识别和清除微生物的抗体（见第167节）。
各种各样的疾病、药物和其他治疗措施均可能导致机体的自然防御功能的破坏，进而导致感染，这种感染可由体表或体内原本无害的正常存在的微生物群引起（见第171节）。
【危险因素】
严重烧伤患者由于损伤的皮肤形成可供有害微生物入侵的开放性创面，而具有高度的感染危险。同样地，施行能减弱防御屏障的操作，同样也增加感染的危险。这种操作包括尿道插管、血管插管和肺内插管。许多药物也能抑制免疫系统，包括抗癌药物（化疗），移植后预防机体排斥的药物（如硫唑嘌呤，甲氨蝶呤或环胞菌素）及皮质类固醇类药物（如强的松）。
艾滋病患者对某些感染的防御能力显著下降尤其是在疾病晚期，这些患者具有易患机会性感染的危险，这种感染在免疫系统功能正常者一般都不会发生。一些很常见的感染如疱疹对他们也会造成严重的威胁。
感染通常在老年人较年轻人更易于发生也往往更严重，这可能系随着年龄增高，机体的免疫系统功能也在下降所致。许多慢性疾病也更常见于老年人，如慢性阻塞性肺炎、癌症和糖尿病，这些病症同时也使感染机率增加。此外，老年人更易入住医院或疗养所，而在这些地方发生严重的感染的危险较高。在医院内，由于广泛使用抗生素而使得耐药性微生物泛滥，这些微生物导致的感染比在家中获得者更严重也更难以治疗。
使用抗生素清除致病微生物实际上有可能增加患者发生感染的危险。有时抗生素不仅杀死有害细菌，也会杀死皮肤正常菌丛或肠内对人体有用的菌群，之后真菌或耐药菌会使机体发生第二次感染。二重感染更易发生于幼小或年老患者以及有慢性疾患或不治之症的患者。二重感染也可发生于使用多种抗生素或广谱杀菌抗生素的患者。
【预防和治疗】
有一系列的措施可被用来保护感染的高危人群，洗手就是最有效的方法。防止交叉传染的另一种措施则是：易感者可被隔离于医院中一间有密闭门的私人病房。为进一步减低感染危险，探视者在进入患者病房之前需更换清洁的外套，洗手，戴面罩和手套。
抗生素除了能通过抑制某些细菌生长和促进另一些更快生长而增加感染的危险外，如果能正确使用也能显著降低感染的危险，被称为预防性使用抗生素。在许多手术前，尤其是腹部手术和移植术前，均要预防性使用抗生素。
疫苗也能预防感染（见第172节）。感染的高危人群尤其是老年人和艾滋病患者，应接受所有需要的疫苗以降低这种危险。在自动免疫中，通过口服或注射疫苗，使机体产生抗体（即特异制造的蛋白质以清除特异的致病菌）。疫苗也用来预防或减轻一些疾病的发作，如流感、肺炎双球菌感染、水痘、带状疱疹、甲型肝炎、乙型肝炎、麻疹和风疹。在被动免疫中，通过注射抗体建立起及时的短时的保护。当免疫系统不能产生足够的抗体以保护机体免受感染时，或需要及时的保护时如暴露于肝炎病毒之后，被动免疫就特别有用。
由于二重感染或机会性感染常常对大多数抗生素耐药，因此治疗可能非常困难，需要给予长期治疗。采集感染者的血液或组织标本送往实验室进行分析，鉴别感染的微生物，以协助医生确定哪种药最有效。直至最有效的药物被识别出来后，医生才进行最佳的估计并开始用抗生素进行治疗。对严重感染，常多种抗生素联合应用。极少数白细胞水平极低的患者需要输注白细胞。
特殊感染
防御功能损害的患者为多种感染的高危人群，包括（但也不仅限于）诺卡放线菌病、曲霉菌病、毛霉菌病和巨细胞病毒等特殊的感染。
诺卡放线菌病是由诺卡放线菌引起的一种感染，通常始于肺部然后向皮肤和脑部播散。
诺卡放线菌通常生活于泥土中的腐败物中，由被污染的尘土经空气携带而被吸入肺部。罕见病例则是通过吞咽或经皮肤入侵的。慢性病患者及使用免疫抑制剂者对放线菌病的感染危险增高但约半数的诺卡放线菌病患者，通常是没有其他基础疾病的老年人。目前，放线菌病是艾滋病的一种不常见的并发症。
【症状】
放线菌病通常始于肺部感染如肺炎，能经血液传播在全身各处形成脓腔（脓肿），包括脑部，其次是肾脏。约1/3病例有脓肿发生或出现于皮下。
放线菌病性肺炎最常见的症状是：咳嗽、全身软弱无力、寒颤、胸痛、气喘、发热、食欲减退、体重减轻、胸腔积液。这些症状同结核及其他细菌性肺炎相似。
约1/3的病例出现脑脓肿和剧烈头痛，感觉减退或异常。根据脓肿的不同部位，机体的不同部分出现功能减退。
【诊断和治疗】
诺卡放线菌病诊断取决于在感染者的血和／或组织标本中发现诺卡放线菌。
治或不治本病都是致命的。如果感染仅局限于肺部而未传播到机体的其他部位如脑部，则预后较好。而接受免疫抑制剂治疗者预后较差。
约40％的病例对青霉素有效。磺胺可能有效，但必须服药数月。有些患者对阿米卡星有效。
曲霉菌病是由真菌曲霉菌感染所致，主要影响肺部。
曲霉菌通常见于房屋周围的一堆堆混合肥料，食物和体表。有些人甚至会对停留于其体表而尚未入侵体内的曲霉菌产生过敏反应（见第39节）。
曲霉菌病发生于曲霉菌由体表侵入深部组织时，如耳道、肺部，尤其是有结核病或支气管炎的患者。曲霉肿（曲霉菌瘤）可在肺内形成，它由真菌纤维、血凝纤维及白细胞混合缠绕而成。随着它逐渐增大，而逐渐破坏肺组织。当机体的防御功能受抑制时，如进行了心脏或肝脏移植术的患者，曲霉菌能随血液传播到脑和肾脏。这是一种在艾滋病患者中已被认识的但不常见的感染。
【症状】
耳道曲霉菌病能引起瘙痒和反复疼痛，耳内整夜流液并在枕头上留下印迹。
曲霉肿在肺内可不引起症状，仅能通过X线检查而被发现；它可引起反复咯血，但很少见严重的甚至是致死性流血。
深部感染会使病情加重，症状包括发热、寒战、休克、谵妄、血液凝固。患者可能发生肾衰竭，肝衰竭（导致黄疸）和呼吸困难并很快死亡。
【诊断和治疗】
仅凭症状就可对病情诊断提供有力的提示，如果可能的话，可取被感染组织标本到实验室进行培养。真菌要生长到足够进行鉴定需要几天时间，但治疗必须立即进行，因为这种疾病能很快导致死亡。
醋酸铝被用于清洗感染的耳道。曲霉肿通常采用手术摘出。抗真菌药物如两性霉素B常是通过静脉给予。酮康唑和伊曲康唑则是口服的替代药物用以治疗深部组织感染。但曲霉菌的一些株型，对这些药物耐药。
毛霉菌病（藻菌病）是由属于一个庞大的微生物家族，毛霉菌目的真菌所引起的感染性疾病。
皮下毛霉菌病是见于东南亚和非洲的一种感染类型，通常可不治而愈，但可导致颈部和胸部皮下不规则肿胀。
头鼻部毛霉菌病则见于美国，是一种严重的，通常是致死性的感染。这种形式的毛霉菌病通常发生于由疾病导致机体防御系统削弱的患者，如未控制的糖尿病患者。症状包括疼痛、发热、眼眶感染（眶周蜂窝织炎）伴受染眼球突出，鼻腔流脓，鼻中隔、口腔顶部（腭）或面部眼眶的骨骼或窦道均可能遭破坏。脑部感染可导致惊厥、失语、不完全瘫痪。
【诊断和治疗】
由于毛霉菌感染的症状可能与其他感染相混淆，医生不能立即做出诊断。取被感染组织进行培养可能没有帮助，因为此种真菌在实验条件下很难生长。医生需结合患者的症状、背景状况包括免疫力低下状态或未经控制的糖尿病。
毛霉菌病患者通常被予以两性霉菌B经静脉或直接注射入脑脊液中进行治疗，被感染的组织可能要经手术切除，如果患者有糖尿病还应将血糖水平控制到正常范围内。
巨细胞病毒（CMV）感染是一种病毒感染，可由出生时获得或出生后任何年龄被感染。
巨细胞病毒随处可见，现症感染患者可能经他们的尿液或唾液排出病毒。病毒也能通过宫颈粘膜、精液、大便和乳汁被排出。在各种机构如学校中，日托中心等内的儿童，常相互传播这种病毒。病毒也能在男性同性恋者中经由不洁性交传播。也可因接受被感染的血或器官如肾脏而传播。
当巨细胞病毒进入机体内，它可能会或不会引起活跃的病症。但一旦进入机体内可潜伏数年之久，并可随时活跃而引起疾病。有60％～90％的成年人在某些时候感染了巨细胞病毒，尽管他们通常没有什么症状。严重的感染通常仅发生于有免疫系统损害的人，如那些接受了骨髓移植的人或艾滋病患者。
【症状】
巨细胞病毒感染发生在出生前则会导致流产、死产或新生儿死亡。死亡的原因是流血、贫血或肝脏肿大或脑损害。
绝大部分人出生后获这种感染，携带病毒而没有症状。一个被感染的健康人可能感到不适和发热。如果一个人接受了被CMV污染的输血，2～4周后才会出现症状。这些症状包括长达2～3周的发热，及有时肝脏发炎（肝炎），并可能伴有黄疸，淋巴细胞减少，有时出现皮疹。
免疫系统受损者感染CMV特别易于发展为严重感染，患者病重而死亡。在艾滋病患者，CMV常侵犯视网膜，并导致失明，也可能发生脑部感染（脑炎）和食管或肠道溃疡。器官移植的受者感染CMV后极易死亡，因为他们接受了作为移植过程必需的免疫抑制剂。
【诊断和治疗】
CMV感染可缓慢进展而不易很快察觉，患者的症状和受损的免疫系统有助于诊断。一旦怀疑有CMV感染，就需对尿液或其他体液进行病毒检测。由于在感染消失后几周或几年内，都可能有病毒潜伏于体内，故发现CMV病毒并不能确证为现症感染。数天内分别检测发现有血清抗CMV抗体升高，则强烈提示是该病毒引起的感染。有眼后或视网膜感染（视网膜炎）者，医生可由检眼镜发现异常症状。对新生儿，则要通过出生后头3周的尿液培养来进行诊断。
轻度的CMV感染通常不需治疗而可自行缓解，当感染威胁到人的生命或视力时，就需用更昔洛韦或膦甲酸进行抗病毒治疗。但这些药物均有严重的副作用，并且它们并不能治愈这种感染。不过，进行治疗至少可以减缓病情的进展。