抗感染药（即能对抗感染的药）包括抗菌药、抗病毒药和抗真菌药。这些药被制造为对感染微生物尽可能的有毒性而对人体细胞尽可能的安全。即是说它们被做成有选择性的毒性。用选择性毒性对抗细菌和真菌来生产药物是比较容易的，因细菌和真菌细胞与人体细胞有很大的不同。然而要生产一种对病毒有害而对其感染的人体细胞无害是非常困难的。因为病毒将其自身整个地溶入人体细胞，重新安排细胞制造病毒颗粒。
抗生素为一类用于治疗细菌感染的药。不幸的是，不断增多的细菌正在发展对现有的抗生素产生耐药，这种耐药性的发生部分地是由于滥用抗生素，因此，新的抗生素正在稳定地发展以克服逐渐增加的耐药菌。最终细菌仍将对较新的抗生素产生耐药性。
抗生素依据其抗菌强度被分类，杀菌性抗生素能杀灭细菌，抑菌性抗生素只不过能抑制细菌繁殖，使得机体能消除残留的细菌。对多数感染，两类抗生素似乎都同样有效，但如免疫系统受损或有严重感染者如细菌性心内膜炎或脑膜炎，杀菌性抗生素常常更加有效。
抗生素的选择
医生选择某种抗生素治疗特定的感染，主要在于他们对感染细菌的最好猜测。加上实验室对感染细菌的常规鉴定就能帮助医生选择抗生素。然而这种试验一般要用2～3天时间才有结果，故常无法用以指导最初的选择。
即使在实验室一种细菌已被鉴定并已确定了它对抗生素的敏感试验，抗生素的选择仍不是简单的事。实验室中的敏感试验并不总是与感染机体中的情况一致。治疗的有效性取决于药物被血液吸收的好坏，有多少药物达到各种体液，机体排除药物的速度等因素。还有药物的选择考虑到疾病的特征和严重性、药物的副作用、过敏和其他严重药物反应的可能性以及药物的价格。
抗生素联合用药有时用以处理严重感染，特别是当细菌对抗生素的敏感情况尚不知道时。联合应用抗生素对某些感染亦是重要的，如结核病。在这类感染中，细菌很快发生对单一抗生素耐药。有时，两种抗生素较单一药物具有更有力的作用，这种方式亦用于处理难以清除的细菌感染如假单胞菌属。
抗生素的用法
对严重细菌感染，抗生素首先以肌肉注射给予——最经典的是静脉注射。当感染被控制后抗生素可以口服。抗生素一直用到感染的微生物从机体彻底清除，这常在症状消除后数日。停药太快可能导致复发或促进耐药菌的产生。为此抗生素一般用至所有感染的证据消失后数日。
某些抗生素被用于治疗既像病毒又像细菌的微生物——立克次体（见第183节）。立克次体比细菌小但比病毒大。立克次体仅能在另一机体的细胞内存活，很像病毒，而其对抗生素敏感又像细菌。特别是氯霉素和四环素类对立克次体感染更有效。
抗生素不仅可以治疗感染，亦可预防感染。为了保持疗效和避免细菌产生耐药性，预防用抗生素应该仅仅是短程应用，抗生素应该是有力的对抗特定的细菌。预防用抗生素的一个例子是正在旅行时预防旅游者腹泻而服用抗生素。预防用抗生素还用于接触流行性脑脊髓膜炎患者有可能被传染危险的人。
有异常心瓣膜的病人在外科手术前常规地使用预防性抗生素，包括牙外科手术，这类病人有发生心瓣膜感染（心内膜炎）的极大危险，细菌可来自口腔和身体其他部位的正常菌群。细菌可在外科手术时进入血流再被带到损伤的心瓣膜。预防性抗生素也可用于免疫系统功能不完善的人如白血病患者，接受化疗抗癌者和艾滋病病人。此外，健康人做外科手术亦有感染的高度危险（如像大的整形和肠道手术），也可应用预防性抗生素。
不幸的是抗生素常常被没有充分理由下使用。例如抗生素常被错误地用于治疗病毒感染如感冒和流行性感冒。
副作用
抗生素可以引起过敏反应，正如在常用的青霉素时发生或者诱发其他的副作用。例如氨基糖甙类能对肾脏和内耳有害。
尽管有副作用，当抗生素是唯一有效的对抗机体感染的药物时可以被继续使用，医生应权衡副作用和感染的严重性。
抗感染药物：适应证及副作用
| 药物 | 适应证 | 副作用 | ||
| 抗生素 | ||||
| 氨基糖苷类 阿米卡星 庆大霉素 卡那霉素 新霉素 链霉素 妥布霉素 | 革兰氏阴性细菌引起的感染，如大肠杆菌、克雷白杆菌。 | 听力损害、眩晕、以及肾损害 | ||
| 头孢菌素类 头孢克洛 头孢羟氨苄 头孢唑林 头孢克肟 头孢哌酮 头孢噻肟 头孢替坦 头孢西丁 头孢他啶 头孢曲松 头孢呋辛 头孢氨苄 头孢噻吩 罗拉碳头孢（罗纳卡比） | 广谱抗感染药 | 胃肠道紊乱和腹泻 恶心（如同时饮酒） 过敏反应 | ||
| 大环内酯类 阿齐霉素 克拉霉素 红霉素 三乙酰竹桃霉素 | 链球菌感染、梅毒、呼吸道感染、支原体感染、莱姆病 | 恶心、呕吐、和腹泻（特别是大剂量下）黄疸 | ||
| 青霉素类 阿莫西林 氨苄西林 阿洛西林 羧苄西林 氯唑西林 美洛西林 萘夫西林 青霉素 哌拉西林 替卡西林 | 广谱抗感染药青霉素用于链球菌感染、梅毒和莱姆病 | 胃肠功能紊乱和腹泻 严重超敏反应性的过敏脑及肾损伤（罕见） | ||
| 多肽类 杆菌肽 粘菌素 多粘菌素B | 耳、眼、或膀胱感染，常直接用于眼或吸入肺内。 罕有用于注射 | 肾及神经毒性（当注射给药时） | ||
| 喹诺酮类 环丙沙星 依诺沙星 诺氟沙星 氧氟沙星 | 尿道感染，细菌性前列腺炎，细菌性腹泻，淋病 | 恶心（罕见） | ||
| 磺胺类 磺胺米隆 磺胺醋酰 磺胺甲二唑 磺胺甲噁唑 柳氮磺胺吡啶 磺胺索沙唑 甲氧苄啶-磺胺甲噁唑 | 尿路感染（磺胺醋酰和磺胺米隆例外） 磺胺米隆用于烧伤局部 | 恶心、呕吐、和腹泻 过敏（包括皮疹） 尿中结晶 肾衰竭 白细胞减少 日光过敏 | ||
| 四环素类 多西环素 米诺环素 四环素 | 梅毒、衣原体感染、莱姆病、支原体感染、立克次体感染 | 胃肠道紊乱 光过敏 牙齿染色 妊娠时对母亲和胎儿潜在的毒性 | ||
| 其他杂类抗生素 | ||||
| 氨曲南 | 革兰氏阴性杆菌感染 | 过敏反应 | ||
| 氯霉素 | 伤寒和其他沙门菌感染、脑膜炎 | 严重白细胞减少（罕见） | ||
| 克林霉素 | 链球菌感染、呼吸道感染、肺脓肿 | 严重腹泻 | ||
| 乙胺丁醇 | 结核病 | 眼损伤（如及早停药病变可逆） | ||
| 亚胺配能 | 具极为广泛的抗菌谱 | 短暂低血压、癫痫 | ||
| 异烟肼 | 结核病 | 严重但可逆的肝损害、过敏反应 | ||
| 林可霉素 | 链球菌感染、呼吸道感染 | 严重腹泻 | ||
| 甲硝唑 | 由滴虫或贾第虫引起的阴道炎 盆腔和腹腔感染 | 恶心、头痛、金属味 黑尿 | ||
| 呋喃妥因 | 尿路感染 | 恶心、呕吐、过敏反应 | ||
| 吡嗪酰胺 | 结核病 | 血中尿酸水平增高 | ||
| 利福平 | 结核病和麻风病 | 皮疹、肝炎 红-橙色睡液、汗液、泪液和尿液 | ||
| 大观霉素 | 淋病 | 过敏反应、发热 | ||
| 万古霉素 | 对其他抗生素耐药的严重感染 | 寒战和发热（当静脉给药时） | ||
| 抗病毒药 | ||||
| 阿昔洛韦 | 单纯疱疹、带状疱疹、和水痘 | 意识障碍，癫痫或昏迷（静脉注射时） 当局部用药时几乎没有副作用 | ||
| 金刚烷胺 | 流行性感冒（预防） | 神经毒性、轻度头痛、发音不清、平衡失调 | ||
| 双脱氧肌苷（ddl） | 人类免疫缺陷病毒感染 | 外周神经损害、胰腺炎症 | ||
| 膦甲酸 | 巨细胞病毒、单纯疱疹病毒感染 | 肾损害、癫痫 | ||
| 更昔洛韦 | 带状疱疹、单纯疱疹和巨细胞病毒感染 | 骨髓毒性以外周血细胞为预兆，引起贫血和凝血障碍 | ||
| 碘苷 | 单纯疱疹性皮肤或眼部溃疡 | 用于眼及眼睑时有刺激、疼痛、和肿胀 | ||
| 伊地奈维 | 人类免疫缺陷病毒感染 | 肾结石 | ||
| α-干扰素 | 毛细胞白血病、卡波西肉瘤生殖器疣 | 流感样症状（发热、肌痛、头痛、乏力），恶心和腹泻 | ||
| 拉米夫汀 | 人类免疫缺陷病毒感染 | 外周神经损害、脱发 | ||
| 利巴韦林 | 呼吸道合胞病毒感染 | 红细胞破裂引起贫血 | ||
| 金刚乙胺 | 流行性感冒（预防） | 较金刚烷胺副作用少 | ||
| 利他奈维 | 人类免疫缺陷病毒感染 | 恶心、呕吐、腹泻 | ||
| 沙奎奈维 | 人类免疫缺陷病毒感染 | —— | ||
| 司他夫汀 | 人类免疫缺陷病毒感染 | 外周神经损害 | ||
| 三氟尿苷 | 眼部的单纯疱疹病毒感染 | 眼刺激感、眼睑肿胀 | ||
| 阿糖腺苷 | 单纯疱疹和带状疱疹 眼部感染：直接应用 脑的感染：静脉输入 | 恶心呕吐、震颤（静脉输注时） 肝及骨髓损害 局部应用时，几乎没有副作用 | ||
| 双脱氧胞苷（ddC） | 人类免疫缺陷病毒感染 | 外周神经损害 | ||
| 齐多夫定（AZT） | 人类免疫缺陷病毒感染 | 骨髓幼稚血细胞毒性，导致贫血及凝血障碍 | ||
| 抗真菌药 | ||||
| 两性霉素B | 广谱抗真菌药 | 寒颤、发热、头痛和呕吐 降低血钾水平、肾损害 | ||
| 氟康唑 | 念珠菌和其他真菌感染 | 较酮康唑肝毒性低 | ||
| 氟胞嘧啶 | 念珠菌和隐球菌感染 | 骨髓和肾毒性 | ||
| 灰黄霉素 | 皮肤、毛发、和指甲的真菌感染 | 皮疹 | ||
| 伊曲康唑 | 念珠菌和其他真菌感染 | 较酮康唑肝毒性低 | ||
| 酮康唑 | 念珠菌和其他真菌感染 | 阻断睾酮和羟皮质酮的产生肝毒性 | ||
抗病毒药物可以干扰病毒复制的任何一个过程而起作用：病毒先吸附于细胞，被细胞摄入，再除掉病毒包膜释放基因物质，由细胞制造新的病毒颗粒。
因为病毒仅能在细胞内复制，它们应用正常细胞应用的相同代谢途径，抗病毒药物常常对机体细胞较之抗生素更具毒性。抗病毒药物的另一问题是病毒可以快速地发生耐药状态。
抗真菌药可以被直接用于皮肤及其他体表的感染，如阴道和口腔内，抗真菌药亦可口服或注射。
一般说来，抗真菌药较之抗生素引起更多的副作用。抗真菌药一般效果也较差，以致真菌感染难于治疗。常常成为长期持续感染（慢性）。抗真菌药常常用至数周并须重复使用。