真菌是一种微生物，亦可称霉菌。往昔认为它系属于一类低等植物。嗣后，鉴于真菌既不含叶绿素，又没有根、茎、叶之分，故当今倾向于从植物中分离出来。但目前，关于真菌在生物界中的地位和起源问题，意见尚有分岐。有人主张，真菌可以和动物、植物相并立为所谓第三界，即真菌界。
真菌界可分成真菌门和粘菌门二大类。所谓真菌门便是平时说的真菌。它又可划分为鞭毛菌、接合菌、担子菌、子囊及半知菌等五个亚门，而其中半知菌亚门与医学联系最密切，因该亚门是产生疾病最多的菌种。
真菌的基本结构是孢子和菌丝。孢子是繁殖器官，而菌丝则为生长器官。孢子又分无性孢子和有性孢子；菌丝自身有分隔的，也可不分隔。由此可见，真菌主要是通过孢子进行无性或有性繁殖。在适宜环境中，自孢子发芽发展成菌丝，从菌丝未端再长出孢子，如此循环不已、而不断繁殖后代。
真菌种类十分复杂，在自然界里，大约有十几万种，但大多数是不致病的。然而有些真菌又成为各种动植物的病原菌。据估计有100种左右的真菌可引起人类发病。这种可致病的真菌，则称为致病真菌；而不产生疾病，如夏天可招引食物发霉的真菌谓之污染菌。但污染菌，象青霉菌、曲菌等在条件适宜时，也可引发疾病。
所谓真菌病乃由于人类感染致病真菌而发生的疾病。一般按其侵犯部位不同将真菌病分为浅部真菌病和深部真菌病两大类：侵犯表皮，毛发和甲的称为浅部真菌病；侵犯皮下组织和内脏器官的叫做深部真菌病。此外，还有少数真菌，如念球菌，则皮肤和内脏皆可累及。