疟疾不离少阳。少阳为半表半里，邪居表里之界。入与阴争则寒，出与阳争则热。争则病作，息则痛止。止后其邪仍据于少阳之经。浅则一日一作，深则二日一作，更深则三日一作。虽有别经，总以少阳为主。故仲景以弦字该本症之脉，盖于治法只一小柴胡汤。热多烦渴，加知母、花粉；寒多身疼，加干姜、桂枝。治之得法。一二服可愈。
朱丹溪云∶无汗要有汗，散邪为主，带补正；有汗要无汗，补正为主，带散邪。大抵于小柴胡汤中无汗，麻黄可加二钱，即三解汤意也。有汗，桂枝、酒芍可各加二钱，即柴胡桂枝汤意也；如三五作不休，即于前方加常山三钱，一服即愈。俗谓常山截疟，用之太早，则截住邪气而成他病。不知常山祛痰涌吐，从阴达阳之药，正所以鼓邪气外出，何截之有？
余每合穿山甲、金银花三味，取其通达经络，又以人参、当归、白术、何首乌之类，择用一二两为君。于疟未出时，服之多愈。至于方书分定名色，多歧仅惑。而所应别者，如单寒无热为牡疟，宜理中汤、理阴煎加柴胡主之；单热无寒为痹疟，或先热后寒为热疟，宜白虎汤加桂枝主之；劳役饥饱过度为劳疟，宜补中益气汤加柴胡主之；受山岚瘴气为瘴疟，宜藿香正气散、平胃散加柴胡主之；久疟心腹有块者，名疟母，以鳖甲饮主之。只此数症，略宜分别，究亦不离少阳一经也。
若疟痢交作，只以小柴胡汤疏少阳之气，则陷者自举。加花粉三钱，滋阳明之液，则滞者自通。或即以此汤送香连丸一钱五分，挟虚者，以补中益气汤倍柴胡煎，送香连丸二钱。
此薛立斋先生之心法也。
小柴胡汤（方见《伤寒》）
男元犀按∶凡服治疟药，宜疟未至前三时服，或煎两服。一服于疟期五鼓时服，留一服于疟未至前二时服，最妙。凡治疟药，古法必露一宿，以疟为暑邪，暑气得露而消也。又近医以初疟，忌用人参、白术、茯苓，此说本之嵩崖尊生。余虽不满，亦当从众。今即照嵩崖，去人参加青皮一钱五分。寒多加干姜、桂枝各二钱；热多加知母、花粉各二钱，或加黄连、石膏。本方去人参，加常山、草果、知母、槟榔、川贝母各二钱，名清中驱疟饮。大意以无痰不成疟，此方为治症之总方也，然亦多效。
鳖甲饮
鳖甲（三钱，醋炙） 白术（炒） 黄 川芎 酒白芍 槟榔 草果（煨） 浓朴 陈皮 甘草（各一钱） 生姜（三片） 枣肉（三枚） 乌梅（一枚）
水煎服。
又有久疟流连不愈，及三阴疟三日一作者，当分五脏之虚，而施温补。宜以景岳何人饮、休疟饮常服。疟作之期，或加少阳药一二味，及常山、穿山甲、附子、金银花之类，以通经络。或用人参一两、生姜一两，浓煎服之。此不截之截法也。家贫者，以冬白术一二两代之；血虚者，以当归一两代之。
疟虽有五脏之分，而久疟证治法，只以补脾为主。盖以土为万物之母，五脏六腑皆受荫焉。况疟为少阳之邪，戊己之土，久受甲木之克，扶弱抑强之法，权实操于医者，宜于六君子汤、四君子汤、补中益气汤诸方，加之意焉。
何人饮
何首乌（一两，不见铁或生用） 人参（二三钱或一两） 陈皮（一二钱，虚者不用） 煨生姜（二三钱）
水煎服。
休疟饮
何首乌（四钱或一两） 人参（二三钱） 白术（三钱炒） 当归（三钱） 炙甘草（一钱）
阴阳水煎服。
又久疟不愈，必求之肾。如肾水不足，热多者以六味丸加味主之；肾火不足，寒多者以八味丸加味主之。
《高鼓峰医案》云∶余治一人三阴疟不愈，令吞八味丸，服人参养荣汤，冬至日再加附子一钱，至半夜汗出而愈。（汗出者阳回之兆，亦邪解之征也。愈于冬至日者以阳生而阴退也。）
疟脉自弦，浮弦表邪，沉弦里邪，洪弦属热，迟弦属寒，滑弦食积。久疟之脉，微细虚弱，渐缓则愈，弦紧则殆，土败双弦，代散莫救。
雄黄龟酒方
治三日久疟神妙。
用活大乌龟一个，连壳。左右肩上各攒一孔，以明雄黄九钱，研细末，每孔糁入三钱。外以磁黄泥包固，勿令泄气。炭火上 存性，研细末，每服一钱，空心陈酒送下二三服，即止。
香橼雄黄散(《种福堂》）
陈香橼一个去顶皮。大者，每只加透明雄黄三钱，研细末，糁入香橼内。炭火中 存性，再研极细末。每服七分，用软腐衣作六七包好，咽下，此日不可吃汤水，任其呕去顽痰。
斑蝥截疟丹（《种福堂》）
斑蝥 巴豆肉 朱砂（各一钱） 麝香（二分） 雄黄（一钱五分） 蟾酥（五分）
上用黑枣三枚，捣丸如绿豆大。贴眉心一周时，揭下投长流水中。
用绢袋盛贮，闻于鼻间，疟即止，不必煎服。
椒雄贴脐丸（《种福堂》）
胡椒 雄精上二味等分研末，将饭研烂为丸，如桐子大，外以朱砂为衣。将一丸放在脐中，外以膏药粘贴，疟即止。
术姜乌枣丸（《种福堂》）
上为细末，将黑枣一斤，煮烂，去皮核为丸。
桂麝椒雄膏（《种福堂》）
治虚寒疟，孕妇忌贴。
桂心（一分） 麝香（三厘） 雄黄（七厘） 川椒（七枚）
共研极细末，纳脐中，外以膏药贴之。
荸荠烧酒（《种福堂》）
治不论双单疟。
用大荸荠，将好烧酒自春浸至秋间。如疟至不贪饮食，食则胀满不下者，每日服荸荠两个，三日即愈。