自身免疫（autoimmunity）是指机体免疫系统对自身抗原发生免疫应答，产生自身抗体和（或）自身致敏淋巴细胞的现象。自身耐受（self tolerance）是指机体免疫系统对自身抗原不产生免疫应答，无免疫排斥的现象。
通常高等动物的免疫系统具有高度分辨“自己”与“非已”抗原物质的能力。在一般情况下，机体对“非已”抗原发生免疫排斥，而对自身抗原呈现自身耐受，其主要机制已如前述。