1990年Ehrlich提出，在正常情况下，机体对自身抗原不产生免疫应答（即自身耐受性），只有当自身耐受遭到破环时才发生自身免疫。他曾认为机体一旦对自身抗原发生免疫应答，即将对机体造成严重的危害称之为自身中毒恐怖（horrorautotoxicus）。这个观点长期统治着免疫学领域，使自身免疫与自身免疫病两个概念等同起来。现代免疫学观点趋向于将这两种概念分开，对自身免疫的生理意义有许多崭新的认识。
现知自身免疫现象在正常人体内可起维持机体生理自稳的作用。正常人血清可以测得多种天然自身抗体，诸如抗肌动蛋白、肌凝蛋白、角蛋白、DNA、细胞色素C、胶原蛋白、髓鞘碱性蛋白、白蛋白、铁蛋白、IgG、细胞因子、激素等抗体，但这些抗体起着维持机体自稳的作用。体内产生的自身抗体有助于清除受损伤组织及其分解产物。
不同淋巴细胞克隆间的相互识别，在体内可构成独特型免疫网络，亦属于自身免疫现象，它在通常情况下起生理性免疫调节作用，使机体对外来抗原的应答有一定的自限性。
1975年Opelz等报道的自身混合淋巴细胞反应（autologous mixedlymphocytereaction,AMLR）是一种典型的自身免疫现象，已得到较深入的研究。AMLR系统中，自身的DR+细胞作为刺激细胞，CD+自身反应性T细胞（auto-ueactive Tcell）作为应答细胞被刺激而分裂增殖。早期增殖T细胞是TH，能分泌IL-2、B细胞生长因子、B细胞分化因子。晚期增殖细胞是TS或TC细胞。AMLR系统表明，机体在无外来抗原刺激下，自身反应性T细胞能识别自身抗原而产生辅助、抑制和杀伤效应。其中早期生成的TH细胞为诱导晚期TS，TC提供条件，而对被生物或理化因子作用而改变的自身细胞以及衰老蜕变的自身细胞有杀伤和清除作用。由此可见，AMLR对维持免疫自稳、自身耐受也有重要生理意义。
免疫应答过程各时相中自身MHC的限制作用更是说明机体在对外来抗原的识别和排斥时，均须以对自身抗原识别为基础。换句话说，在许多情况下，免疫细胞若不能识别自己，也就无法识别异已。
当自身免疫表现为质和量的异常，自身抗体和（或）自身致敏淋巴细胞攻击自身靶抗原细胞和组织，使其产生病理改变和功能障碍时，才形成自身免疫（autoimmune disease）。自身免疫与自身免疫病的关系可能有三种性况，①自身免疫引起疾病；②疾病引起自身免疫；③某些因素同时引前两者。