自身免疫病的治疗尚缺乏理想的方法。通常针对疾病的病理变化和组织损伤所致的后果进行治疗，也可通过调节免疫应答的各个环节阻断疾病进程来达到治疗的目的。
（一）抗炎药物
大剂量皮质激素的应用可有效地抑制一些重症自身免疫病所致的炎症反应。其它抗炎药物如水杨酸制剂、各种合成的前列腺素抑制剂等也广泛采用。淋巴因子和补体的拮抗剂亦有利于抑制炎症反应。
（二）免疫抑制剂
环孢素A（cycrosporinA）是目前一种广为推荐的免疫抑制剂，它是一种不溶性的真菌代谢产物，能有效地抑制T细胞介导的细胞免疫反应。对T细胞的作用主要是抑制某些基因特别是IL-2基因的转录，从而阻断IL-2的合成和分泌，使T细胞的扩增和分化受阻。它还能抑制c-myc和IFN-γ基因的转录，后者对于T细胞的活化和扩增也有影响。环孢素A是一种兼有抗有丝分裂和抗炎效应的免疫抑制剂。已证实它对眼色素层炎、早期Ⅰ型糖尿病、肾病综合症、牛皮癣等有较好的疗效，对特发性血小板减少性紫癜、系统性红斑狼疮、多发性肌炎、Crohn病、原发性胆汁性肝硬化、重症肌无力症、类风湿性能关节炎均有一定的治疗效果。FK-506是继环孢素A后发现的另一种真菌代谢物，其结构与环孢素A不同，但它的作用与环孢素A极为相似。FK-506应用剂量较低，故其副作用较小。其它的抗有丝分裂的非特异性免疫抑制剂如硫唑嘌呤、环磷酰胺、环磷酰胺、氨甲喋呤常与皮质激素联合应用作为常规免疫抑制剂治疗一些自身免疫病。
（三）免疫调节
它是根据调节免疫应答规律以达到阻断自身免疫过程提出的一种治疗设想。包括下列的一些措施。
1．清除或使某些免疫活性细胞失活实验研究发现，体内应用抗MHCⅡ分子与抗CD4单克隆抗体，可减轻系统性红斑狼疮和类风湿性关节炎的发展。
2．独特型的抑制
（1）抗体的调控抗独特型抗体在调节外来抗原诱发的抗体生成起重要作用，它可能对自身抗体的生成起抑制作用。
（2）T细胞疫苗 给动物注射髓鞘碱性蛋白特异的碱活T细胞克隆（亚致病剂量），能有效地预防实验性变态反应性脑脊髓炎的发生。这可能是通过诱导生成针对效应T细胞受体独特型的抑制性T细胞所致。
（3）抗原封阻或清除相应的自身反应性淋巴细胞已有实验证明，赃与自身抗原类似的多肽片段，同自身抗原竞争性地结合到抗原呈递细胞的MHC分子上，阻断自身抗原诱发的T细胞应答，达到治疗自身免疫性变态反应性脑脊髓炎的效果。也有使用导向技术，将各处毒素或放射性物质偶联到自身抗原上，以此偶联物选择性地杀灭特异的自身反应性淋巴细胞。此外，有人致力于研究出针对自身抗原特异的抑制因子提供临床使用。
（四）血浆置换
此疗法的目的在于降低自身免疫病人血浆中的免疫复合物的含量，减轻免疫复合物在组织中沉积。对于是治疗有生命威胁的免疫复合物所致的血管炎、系统红斑狼疮、肺肾出血性综合征等有一定的治疗效果。若与抗有丝分裂的药物联合应用不着，疗效更佳。
（五）对症治疗
通常在治疗某些器官特异性的自身免疫病时，祗需调整器官损伤所造成的代谢障碍，即可达到控制病情的效果。如自身免疫性甲状腺炎的粘液性水肿患者可采用甲状腺替代疗法，青年型糖尿病患者用胰岛素控制血糖，恶性贫血患者用维生素B12，甲状腺功能亢进者用抗甲状腺药物等。