第一级预防是防止社会-心理因素长时期反复刺激并导致心理失衡的主要措施。培养比较完整的健康心理素质，提高应付危险因素的能力是预防心身疾病的基础。《内经》素问篇中提出的“精神内守，病安从来”的著名论点即反映了祖国医学很早就阐明了讲究心理卫生，加强自我保健的深刻意义，即在社会-心理因素刺激的情况下不断进行自我调适，保持心理平衡，增强对社会的适应能力，不仅注意躯体健康，还应保持心身健康和社会适应能力的统一。
培养健康的心理素质应从儿童时期开始。家长和老师应注意培养、教育儿童乐观向上，关心他人，互相爱护等健康心理，耐心纠正可能产生的偏离心理，对防止儿童时期情绪障碍和成人期的心身疾病都有重要意义。
第二级预防是防止社会-心理因素导致的心理失衡阶段发展成为功能失调阶段的重要措施，因而早期诊断、早期治疗是第二级预防的核心。祖国医学重视对心身疾病的早期诊断和治疗。在华陀的《青囊秘录》中早有记载：如“医者先医其心，而后医其身，其次医其病”的论述，又如《汉书.昭明文选七发》中记有吴客只以要言妙道劝导生病的太子，使之幡然悔悟，放弃了骄奢淫逸的生活方式，端正了思想，使身体恢复了健康。这些记载表明祖国医学在心理卫生和心理治疗方面早已是源远流长了。
接受心身疾病患者就诊的第一位医生往往不是心理医生，因此要求现代临床医生必须了解社会-心理因素可以引致心理失衡，进而导致功能失调，最后发展为躯体疾病的心身疾病规律，积极采取第二级预防措施。通过心理咨询（psychological counseling）和治疗，及早帮助的指导患者恢复失衡的心理，及早调整患者的功能失调，阻断病情向躯体疾病方向转化。
第三级预防是针对患者在经历心理失衡、功能失调进入躯体疾病阶段情况下防止病情恶化的重要措施。这个阶段不仅依靠有效的药物，还应充分估计心理咨询和心理治疗的作用。心理咨询和心理治疗工作要求医生有较高的医德修养，较广的医学知识，较娴熟的医学技能，医患之间建立起相互信任和相互合作的亲密关系。
现代医学对心身疾病的治疗大致分四方面：
（一）心理治疗
应在比较充分了解病人的病史及心理状态下再对病人进行解释、指导和鼓励等，使病人逐渐树立信心，处理好心理刺激和心理矛盾。某些人格特征（如坚韧性格）能够减轻应激性生活事件对健康的有害影响。如患早期乳腺癌而后来未复发的存活妇女中，对疾病采取否认或斗争态度的明显多于默认事实，忍受痛苦或感到无助及绝望的患者。
（二）生物反馈和行为治疗
如我国的气功疗法、印度的瑜伽（Yoga）疗法者是利用自己的意志去控制或调整内脏的活动以达到治疗强身的目的。有人对50例A型性格的冠心病患者进行10周有规律的运动训练，发现A型行为有明显的转变，体重、血压和血脂均有不同程度的下降。
自我训练控制自己的情绪，如每天有一定时间松弛紧张情绪，听轻音乐、练书法、画画、栽培花草以及运用生物反馈（biofeedback）疗法等。生物反馈疗法指通过学习来改变自己的内脏反应，使通常人们意识不到的生理活动如血压、心率、胃肠蠕动、皮肤温度等，通过灵敏的电子仪器予以显示，如此反复进行，使患者学会在某种程度下调节这些功能，以达到预防发作和治疗的目的。
（三）环境治疗
对病人的社会-心理因素——家庭、邻里或工作单位作适当的调整，通过解释、指导以解除矛盾，协调关系，必要时可考虑请病人短期住院或更换环境。
（四）精神药物治疗
在对患者进行心理治疗的同时，可根据病情，配合用一些抗焦虑药，如安定、利眠宁等，或抗忧郁药，如阿密替林或多虑平等药物。