根据《规划目标》的规定，农村初级卫生保健分两个步骤三个阶段。第一步，在1995年以前有半数县达到最低限标准；第二步，到2000年再有半数县达到规定的标准。具体分三个实施阶段：第一阶段（1989～1990），即规划试点阶段。第二阶段（1991～1995），即全面普及阶段。第三阶段（1996～2000），即加速发展、全面达标阶段。
依据上述《规划目标》中关于1989～1990年规划试点阶段的任务和1989年在天津蓟县召开的全国初级卫生保健合作中心、试点县工作会议的决定，卫生部于1990年3～4月间对全国29个省、自治区和直辖市的225个初级卫生保健试点县，采取分层整群随机抽样的方法，抽取了其中30个县进行了试点工作的中期评价。考评的结论是：试点工作推动了农村初级卫生保健的发展，各试点县的初级卫生保健工作都在原有的基础上获得了不同程度的进步，取得了预期的进度和效果。全国农村初级卫生保健规划试点中期评价是世界上首次进行的国家级初级卫生保健评价，极大地推动了我国初级卫生保健工作的全面展开，受到了WHO的高度赞赏。
1992年6月～7月，国家五部委再次联合组织全国复核主审组对全国的377个试点县进行终末评价。分别复核审评了30个县、90个乡、270个村13项指标的落实情况。这次复核审评的结果是：达标县162个，基本达标县131个。合计293个县，占试点县总数的77.72%。占全国总县数的13.24%，超过规划试点阶段计划数（10%）3.24个百分点。卫生部组织国内专家对我国“2000年人人享有卫生保健”规划试点阶段377个试点县的审评结果作了描述性统计分析和讨论，对达标情况、达标的影响因素进行了初步研究。研究结果认为，规划试点阶段的目标已经达到，达标县的成功经验是重视支持指标；加强初级卫生保健工作的管理、投入和基层卫生组织建设；狠抓工作指标的落实，脚踏实地做好基础工作；应在全面普及阶段推广达标县的成功经验。
初级卫生保健的实施是一项系统工程，关键在于组织领导，动员社区参与，做好组织资源保障。
1991年，我国卫生厅局长会议讨论通过了《中国卫生发展与改革纲要》，提出：要把卫生工作纳入社会大系统，加强各级政府对卫生工作的领导，促进有关部门协调配合，动员全体社会成员共同参与。为领导并推动初级卫生保健工作，县、乡应在同级政府领导下建立及健全初级卫生保健管理机构。各县（乡）应成立以县（乡）长或分管县（乡）长为主任，卫生、环保、文教、财政、农业、水利、工商、民政等部门参加的县（乡）初级卫生保健委员会，统一领导，推动、组织和协调本县（乡）的初级卫生保健工作。
社区是由居民、家庭和各种单位组成的，包括生产、生活、文化、娱乐、治安、行政、卫生、福利等各种活动的一个整体，是社会的基层组织，如农村的乡和自然村，城镇的街道、里弄或居民区。社区参与卫生保健（community involvement in health）指社区组织和社区成员参与卫生保健的调查研究、决策、实施、评价以及卫生资源的筹措等全面的保健活动，它有利于针对社区居民健康状况特点，依据影响居民健康的主要因素，有目标、有计划地把卫生保健纳入社区行政计划，开展符合社区具体需要的保健活动。社区参与卫生保健是推行初级卫生保健的基本保证。在我国，动员与组织社区参与卫生保健的组织，除了各级初级卫生保健委员会以外，主要有爱国卫生运动委员会、中国红十字会、中国农村卫生协会及工矿企业保健协会等。
我国农村卫生机构，依据县、乡、村三级行政体制，设立三级机构，即县、乡、村三级机构；三种组织，即卫生行政、卫生业务和群众卫生组织；三条系统，即医疗康复、卫生防疫和妇幼保健系统，它们之间实行纵向逐级领导或指导，横向相互联系或协作，现已初步形成了一个机构健全、职责分明、协调配合、运转有效的卫生组织体系，即三级医疗预防保健网，是我国农村开展各项医疗卫生服务的组织基础，是实施初级卫生保健的重要支柱和组织保障。
三级医疗预防保健网，覆盖了农村绝大部分居民群众，为农村居民提供就近、方便、合理的基本医疗服务。据1985年全国农村卫生服务调查，农村97.8%的病人在本县范围内得到医疗服务，其中在乡、村两级就诊的病人占76%，只有2.2%的病人在县以上医疗单位就诊，为农村居民的医疗服务提供了便利，且减轻了经济上的负担。
在三级医疗预防保健网中，乡、村二级卫生组织最接近农村居民，是关键性的组织保障。
农村初级卫生保健的卫生人力是指农村有关初级卫生保健工作的各级各类工作人员。初级卫生保健人员有专职与兼职之分，一般把县、乡、村三级的卫生人员，视为农村初级卫生保健专职人员。据1990年底统计，农村共有卫生技术人员1712636人（不含乡村医生和卫生员），平均每千人口1.86人（城市每千人口10.15人）。其中医生（含医士）0.82人（城市4.49人）；医师0.54人（城市3.37人）。要顺利实施初级卫生保健，除专业卫生技术人员专职队伍以外，还需要有一支群众卫生队伍，作为卫生机构、专业卫生技术人员与群众间的桥梁与纽带。在我国农村主要是乡村医生和农村保健员。全国749963个村中，设卫生室或医疗点的有646529个，有乡村医生和卫生员1231510人，其中经过考核已领取乡村医生证书的776859人，占总数的63%。
建国以来，我国农村卫生技术人员有很大增长，但从实现人人享有卫生保健目标要求，仍有差距。卫生人员数量不足，分布不合理，卫生队伍素质不高，不稳定且来源困难。因此，必须重视初级卫生保健人力开发，多层次、多渠道、多形式培养或培训人才，并采取相应的稳定和发展农村卫生队伍的政策。
实现“2000年人人享有卫生保健”目标的首要问题之一是对现有财力资源的估计，确定可以用于改善卫生项目的全部财力与资源。我国卫生事业费占财政支出比例，90年代已由70年代的2%增长到3%。按国际经验，国家总卫生费用，一般应占国民生产总值的5%，我国政府提出的初级卫生保健经费应占县（市）及乡（镇）两级财政支出的8%。经费的分配应按国家卫生战略重点，体现“三个为主”，即城乡之间，应以农村为主，特别要加强乡（镇）卫生机构和村卫生室建设；预防与治疗之间，应体现预防为主，保证和促进预防保健机构的建设；标与本之间，应以治本为主，抓好农村改水、改厕和环境卫生治理，开展健康教育。
在我国现行的四种医疗保健制度中，在农村享受公费医疗和劳保医疗制度是少数，多数为集资医疗。集资医疗制度是在一定社会群体内，多方集资，费用分担，互助共济的集体医疗保健制度。它有合作医疗、医疗保险、单项医疗保偿制等多种形式，是组织动员广大农民参与初级卫生保健的好形式，有利于推行初级卫生保健，保障农民得到基本的医疗保健服务，减轻患重病农民的经济负担。
提供适宜技术和基本药物是初级卫生保健组织实施的重要条件。所谓适宜技术是指既合乎科学，适应当地实际需要，为初级卫生保健所必需的，且为初级卫生保健工作者容易掌握和运用；为广大居民乐意接受，又为国家、社区及个人经济上能负担得起的卫生技术，例如，控制传染病的各种疫苗接种等。基本药物是指为保障大多数人卫生保健服务所必需的药物，即为人群中大多数疾病的合理防治所必需的，安全有效、使用方便、价格便宜、可能提供的药物。WHO研究提出了包括200种药物的清单。我国卫生部已于1981年颁布了《国家基本药物目录》（西药部分），共28类、278种药物。