中医药学典籍，先秦到两汉时期已经相当丰富。三国两晋南北朝时期，不少医家对《黄帝内经》、《八十一难经》、《伤寒杂病论》、《神农本草经》等医药经典文献进行了整理研究或注释阐发。
（一）吕广注《八十一难经》
三国时吴国赤乌年间（公元238～250年），太医令吕广注《八十一难经》，启注疏经典理论医著之端，也是已知的整理研究古典文献之最早著作，惜已亡佚。作者吕广，字博望，隋代因避国讳，又转称吕博，吕氏长于脉学，还著有《玉匮针经》、《金韬玉鉴经》等书，均佚，《太平御览》中保留有《玉匮针经序》。
（二）王叔和整理《伤寒杂病论》
张仲景《伤寒杂病论》问世后不久，即因战乱动荡或传抄讹误而残损不全，因此极有必要对该书进行整理。首次从事此项工作的，是著名医学家王叔和。
他在《伤寒论》中说：“今搜采仲景旧论，录其证侯、诊脉、声色，对病真方有神验者，拟防世急也。”表明其研究《伤寒沦》是从脉、证、方、治几方面着手，亦即按照张仲景辨证论治的精神进行的。现行《伤寒论》本，一般认为卷一、二《辨脉法》、《平脉法》、《伤寒例》三篇及卷七《辨不可发汗病脉证并治》以下八篇，为王叔和所增。从《辨太阳病脉证并治上》至《辨阴阳易差病脉证并治》共十篇，保存了张仲景对伤寒病辩证论治的主要内容，也是现行《伤寒论》的主要部分。《辨不可发汗病脉证并治》以下八篇，主要是王叔和从仲景治法研究《伤寒论》的思想，启以治法分析《伤寒论》之端。
对王叔和整理《伤寒杂病论》一事，后世医家议论褒贬不一，指责者以方有执、喻嘉言为代表，明代方有执作《伤寒论条辨》，认为《平脉》乃王叔和赞经之词，又说叔和伪作《伤寒例》，使仲录之道反晦，“究其叛乱，则叔和亦罪之魁”。因此，他把《伤寒论》原文不易讲通之处，说成王叔和编次该书时造成的错简。但是，历代多数医家对王叔和整理《伤寒论》的评价，还是较为客观的，宋代林亿说：“自仲景于今八百余年，惟叔和能学之”；金代成无己说：“仲景《伤寒论》得显用于世，而不堕于地者，叔和之力也”；明初王安道说：“叔和搜采仲景旧论之散落者以成书，功莫大矣”，同时也批评了王氏于书中杂以自己的言论；有玉石不分，主客相乱之嫌；总的来看，由于王叔和距离张仲景生活年比较近，故其编次整理之书，应较接近仲景书原貌。不但传书之功应予肯定，且将仲景汗、吐、下、温、刺、灸、水、火诸法，分类进行比较分析，亦切合临证运用，较勉强定为397法，更为符合实际。
（三）全元起注《黄帝内经》
南北朝时期，出现了校注《黄帝内经》的书籍，即齐梁间人全元起所著《内经训解》，这是已知有关《黄帝内经》的最早校注本。
全元起校注的《素问》本，北宋时尚存，以后便散失不见了。今从林亿等所校订的《重广补注黄帝内经素问》中，尚可看到全元起编排的卷目次第和少量注文。例如，他在解释《素问·生气通天论》“风客淫气，精乃亡，邪伤肝也”时说：“淫气者，阴阳之乱气，因其相乱，而风客之，则伤精，伤精则邪入于肝也。”把“淫气”解释为内在因素，“风客”为外在条件，合理地阐析了病变机理。再如对《素问·热病论》中“三阳经络皆崇其病，而未入于脏者，故可汗也”一句，全氏以“脏”为“腑”，并解释说：“伤寒之病，始于皮肤之腠理，渐胜于诸阳，而未入府，故须汗发其寒热而散之”，亦甚合理。现在虽不能看到全元起校注《素问》的全貌，于此亦可窥视其学术造诣之一斑。
（四）《神农本草经》的注解
陶弘景作《神农本草经集注》，除保存《本草经》原有药物365种外，复增补东汉以降名医所用药365种。
以上四部典籍文献，经过吕广、王叔和、全元起、陶弘景的分别整理注解，得以保存流传，对中医药学发展和后世文献研究，有着深远影响。
三国两晋南北朝时期，中医脉学诊断学研究出现高潮，产生了大量专著。其中王叔和所撰《脉经》10卷，全面系统地总结了当时的脉学知识，并有许多创造发明，是中医脉学诊断学的奠基之作。除此之外，《梁七录》、《隋书·经籍志》等尚著录十余种脉学著作虽已亡佚，但亦可窥见当时脉学研究的兴盛状况。
王叔和《脉经》对脉学的总结
王叔和所撰《脉经》，是我国现存最早的脉学的专著，全书共10卷、98篇、约10万字。王氏结合临床实践，首次对中医脉学理论进行系统全面的论述，奠定了脉学基础。《脉经》的学术成就和贡献，主要有以下几方面：
1、确立脉象指下标准《脉经》以前的古典医籍和历史文献，如《内经》、《史记》、仓公诊籍、《难经》、《伤寒杂病论》里，虽各有二、三十种以上脉名，但缺乏脉象的指下标准，没有明确概念。
《脉经》第一次系统论述各种脉象，总结归纳脉象为浮、芤、洪、滑、数、促、弦、紧、沉、伏、革、实、微、涩、细、软、弱、虚、散、缓、迟、结、代、动24种，并准确描述了各种脉象的不同指下感觉。如谓：
“浮脉：举之有余，按之不足”；
“沉脉：举之不足，按之有余”；
“促脉：来去数，时一止，复来”；
“结脉：往来缓，时一止，复来”。（王叔和：《脉经》，卷一，脉形状指下秘诀第一、二页，清光绪辛卯（1891）池阳周氏校刊本）
这几种脉象中，浮与沉相对，举按之有余不足迥然相反；促与结相对，脉虽同具“时一止”之象，但是有脉率数与缓的明显区别。寥寥数语，就把脉象特征描述出来，可谓言简意赅，标准明确。
24脉象奠定了诊脉指下标准的基础，使之规范化。《脉经》后历代中医著述对脉象的描述，均未离开《脉经》的基本概念。
2、奠定脉名种类基础
《脉经》在古代医学文献散载的30余种脉名基础上，整理归纳为24种脉象名称，奠定了脉名种类的基础，成为历代论脉书籍中脉名及其分类的基本准则。
3、首开脉象鉴别先河。
《脉经》卷一开篇提出24脉象后，紧接着提出浮与芤、弦与紧、革与实、滑与数、沉与伏、微与涩、软与弱、迟与缓八组相类脉，对脉象的鉴别有着重要意义。如沉与伏相类，二脉均重按乃显，然伏脉须“极重指按之，著骨乃得”（王叔和：《脉经》，卷一，脉形状指下秘诀第一、二页，清光绪辛卯（1891）池阳周氏校刊本），较沉脉重按，又更甚之。迟脉“呼吸三至，去来极迟”，与之相类的缓脉“去来亦迟”，然又“小驶于迟”相类脉揭示学者注意脉象的区别对照，以免混淆不清，否则，“谓沉为伏，则方治永乖；以缓为迟，则危殆立至”（王叔和：《脉经》，卷一，脉形状指下秘诀第一、二页，清光绪辛卯（1891）池阳周氏校刊本）。这对后世辨脉有很重要的启示作用。
4、确立三部脉法和脏腑分候定位
诊脉独取寸口首倡于《难经》，但《难经》并未解决寸口切脉的寸、关、尺分部等关键问题。直到东汉末年，张仲景仍推崇人迎、气口、趺阳全身三部脉法，反对诊脉“握手不及足，人迎、趺阳三部不参”（张仲景：《伤寒卒病论》，引自成无己《注解伤寒论》，人民卫生出版社1956年）。《脉经》解决了两手寸口脉的寸、关、尺分部和脏腑分候等问题，为寸口诊脉的临床普遍应用铺平了道路。
《脉经》确立了寸口的寸关尺三部脉法，不仅在于提出三部之说和各部脉位，也在于确立了寸关尺脏腑分候，并从临床应用方面加以系统总结。《脉经》的脏腑定位，历代除大小肠、三焦脉位略有歧议外，一直沿用至今，成为中医脉学诊断学的重要组成部分之一。
5、总结脉象临床意义
对不同脉象的临床意义，《脉经》也作了大量论述：一是对脉象主病进行原则概括，如谓：“迟则为寒，缓则为虚，洪则为热”；二是结合脉、证、病机、治疗进行综合总结，如“寸口脉滑，阳实，胸中壅满吐逆，宜服前胡汤，针太阳巨阀泻之”之类的大量条文。其中有许多脉象主病的可贵认识，如“寸口脉芤吐血，微芤者衄血。空虚血去故也。宜服竹皮汤、黄芪汤，灸膻中”指出失血者血脉空虚，故见芤脉，并治以黄芪汤等补益气血。“疟脉自弦，弦数多热，弦迟多寒，微则为虚，代散则死”，说明疟疾患者发热期脉博弦数，退热后脉率减慢呈弦迟。如见代散不齐之脉，则为病危之象。《脉经》中类似这样的大量论述，对脉象临床意义作了较为系统的专门总结，不但反映出当时的脉象病理研究已达到较高水平，今天在临床上仍有参考价值。
总之，《脉经》对当时的脉学成就作了全面系统的总结，奠定了中医脉学的脉象、脉名基础，在脉象主病和相类脉象鉴别上，也作出了重要贡献。《脉经》确立的寸口诊脉分寸关尺三部脉位和脏腑分候原则，解决了寸口切脉的关键问题，推进了独取寸口脉法的临床普遍应用。这些成就奠定了我国脉学诊断学的基础。
魏晋南北朝时期，针灸科取得了显著进展，主要表现在针灸学科的确立。
针灸学科确立的显著标志，是针灸学大师皇甫谧根据《灵枢》、《素问》与《明堂孔穴针灸治要》三书，参考《难考《难经》等古代医学文献，总结了春秋战国以来针灸学的经验与成就，撰成《黄帝针灸甲乙经》十二卷，一百二十八篇，集针灸学之大成，为中国现存最早的全面系统的针灸学专著，为我国针灸学的发展奠定了坚实的基础。
这一时期的针灸学，大致有以下几个特点：
（一）针刺治疗的成就
1．发展腧穴理论：皇甫谧《甲乙经》在《黄帝内经》130多个穴和《脉经》基础上，对十四经穴，作了全面系统的归纳整理，增加到349个，将每个穴位的别名、部位、取法、何经所会，针刺深度、留针时间，禁针穴误刺后甲等，皆具体载述。穴位排列的次序，按头、面、耳、颈、肩、背、胸、腹、手三阴三阳、足三阴三阳经，由四肢至头面、躯干、依次向上向心排列；虽还没有完全与十四经结合起来，但却为腧穴经络相结合，开辟了新途径。
《甲乙经》记述有别名的穴位70多个，都形象而准确地概括了穴位的位置与功用的特点。
《甲乙经》对349个穴位的位置与取穴方法，都有具体准确的记叙，有的根据患者口腔活动取穴，有的根据患者体表静脉分布取穴等，对提高穴位定位的准确率，具有重要意义。
《甲乙经》载有80多个会穴，后世极少增减。这些会穴，大多分布于头面躯干部，如大椎为三阳经与餐脉之会，不但能治督脉本经“脊强反折”等病证，且能治疗所有三阳各经的病证，其交会穴理论，不仅为后世考察和确定穴位提供了依据，对扩大穴位的主治范围，亦有重要意义。
2．针刺操作方法进步：《甲乙经》对每个穴位的针刺深度，都作了说明、规定。对200个常用穴位留针时间，亦作了说明和规定。对误刺禁针穴位所能造成的后果，作了具体阐述，对禁针穴误刺所生后果，已有具体分析。
（二）灸法的成就
魏晋南北朝时期，灸治疗发展迅速，成就显著。其中，以葛洪《肘后备急方》和陈延之《小品方》较为突出。
在葛洪前，王叔和首倡灸治疗，其所著《脉经》，即提出“灸百壮”之说。
皇甫谧对灸治疗的发展，亦作出评著贡献。《甲乙经》对施灸壮数，一般每次为3～5壮，其中，头、面、颈、肩、背等处，多为灸3壮；脑、腋、腹部，多为灸5壮；最少者为井穴，只灸1壮；最多者为大椎穴等，灸9壮；个别穴位如环跳等，灸50壮。《甲乙经》还提出禁灸穴位，并指出误灸的不良后果。
葛洪倡导以针灸救治急证，为其突出特色。《肘后方》共收录针灸处方109首，其中，灸外方99首，广泛应用于内、外、妇、儿、五官等科，三十多种病证，其对灸作用、效果、操作、技巧、忌宜等，都作了全面的阐述其主要成就，大致可归纳为以下三点：
（一）急证用灸：《肘后方》提出以灸法救治卒中、恶死、昏厥、寒湿、霍乱、吐泻、痈疽、狂犬咬伤、蝎螫等卒发急证。甲穴较少，记忆方便，施灸方便。
（二）以灸补阴：《肘后方》以一壮、三壮、五壮、七壮为基数。然后以七为倍数加壮，为二七壮、三七壮、四七壮等，以七为阳数的代表，加倍翻番。其先阳后阴，从阴到阳，以阳治阴等灸治疗原则，亦无不体现了其以补阳为主的学术见解。
（三）灸不固定用艾，灸亦可隔物：《肘后方》为便于急救，除应用艾灸外，在仓卒无艾时，亦用竹茹、黄蜡、纸屑等为代用品。其中，竹茹、黄蜡，既有艾炷的温熨作用，又有艾炷所没有的清热开窍，通经活络等特点，所以，它们是艾炷的理想的代用品。《肘后方》还以隔蒜、隔盐、隔面、隔瓦甄等施灸为灸治疗的多样化发展，开辟了新途径，成为隔物灸的最早文献。
葛洪以上建树，对后世灸治疗的发展，影响极大。
继葛洪之后，陈延之《小品方》重视灸，并灵活应用，他认为灸具有简便易行、应用范围广泛、效果良好等优点。
《小品方》认为，只有恰当地掌握火量，才能使火气沿着经络达到病变部位。火量过大，易燃伤机体；火量过小，火气不能抵达病变部位，不易发挥治疗效果。对用灸壮数，中有一般要求，但主张就根据地域、气候、体质的不同，分别对待。其用灸壮数，多至100，少仅14，即同一种病，也有100壮、50壮、随年壮，或一日三次用灸的区别。取穴特点是少而精。