宋代，特别是北宋，由于政府的关注与重视，造纸术和印刷术的进步与推广，大批知医儒臣的参与，以及宋以前本草文献极待整理，药物的新发现和用药新经验亟需总结的客观要求等等内外因素，促使本草的研究和编纂工作空前繁荣，先后问世的多种本草学著作及药学事业的发达，是我国的药物学发展到新的高度鲜明标志。
1、药性理论的新发展：“药理”一词首见于《圣济经》。这一时期解释药效的主要方式和依据是“性味”和“法象”。《本草衍义》、《圣济经》对药物“气臭”进一步发挥，创立“气臭学说”，沈括、寇宗奭、钱乙等部认识到药物作用部位具有一定选择性，对归经理论已开始探索。
2、药品种数的增加及鉴别：现在可知宋人各种药物著作收药达1883种，较唐代《新修本草》增加了1033种，宋代新增加的药品299钟；大多为常用药，如秋石、樟脑、银杏、炉甘百、胡萝卜、曼陀罗等。药材的鉴别和药物基原的实际调查是宋代本草著作的重要内容，两宋留存下了1000余幅药物写生图；沈括、郑樵、初虞世、陈衍、范成大等都对药物名实问题进行了文献整理或实地考察。
3、采集和栽培技术提高：沈括指出采集不可限于时月，要根据药用部位、地区、气候、种植条件等不同区别对待，宋代常用药物栽培品种不下70种，种植面积大、产量高，这与将药物作为重要经济作物进行栽培有关。一些外来药物也开始引种。
4、炮制和制刑方法趋于定型：宋代药品的炮制加工和药物剂型，已在继承前人经验的基础上。渐趋完善和初步定型，《和剂同方》中炮炙方法较雷敩的《炮炙论》要丰富优越得多。从《和剂局方》起，将中药饮片的炮灸方法列为法定制药规范。直至现在，很多都以局方为依据。
5、药市和药肆进一步繁荣：宋代商业、手工业的发达，医药进一步分工官办和剂局和民间药坊的增多，大大推进了制剂和成药的发展。除官办药局外，民间药商亦很活跃。宋代的大都市中多没有专门定期的大宗药物交易市场——药市。如梓州（今四川三台县)的药市从每年九月初九至九月十一日，名重阳药市。固定地点的药铺在大都市也非常之多，如北宋汴梁(今开封)著名的药铺就有“百种园药铺”、等等。
宋代的综合性本草著作中，既有由政府主持集中大量人力物力所编纂，也有民间医家个人不辞劳苦博览群书、观察实践修撰而成册，政府主持编纂者由国家颁布，具有类似于药典的性质；而个人著作不仅是对药典的补充，甚至成为再修药典的蓝本，在两宋300余年间，由政府主持修纂、国家颁布的本草著作就有5种之多，这是任何朝代不能与之相比的。
(一)《开宝本草》：
开宝六年(973)，宋太祖即诏令修纂本草。由尚药奉御刘翰、道士马志、翰林医官翟煦、张素、王从蕴、吴复生、王光宪、陈昭遇、安自良等9人，取《新修本草》为蓝本进行修订，并采摭陈藏器《本草拾遗》等书相互参证，订正错讹，补充遗漏，再由马志统一作出注解。最后由左司员外郎知制浩扈蒙、翰林学士卢多逊等详加刊定成书20卷，命名为《开宝新详定本草》。宋太祖为之作序，由国子监镂板刊行，这是宋代第一部官修的药典性本草著作，也是我国乃至世界上第一部板刻印刷的药物学书籍。
由于《开宝新详定本草》修纂仓促，质量不能尽如人意。次年，宋太祖再次诏命刘翰马志等人重新修订。这次修订对原书“颇有增损”。最后由园林学士李昉、知制诰王祐、扈蒙等重加校勘，成书后全书合目录共21卷，命名为《开宝重定之本草》又简称《开宝本草》（《开宝本草》实际上包括《开宝本草》和《开宝重定本草》二书，现多指后者）。全书共收载药物984种，其中新增药134种，它对时过300余年的唐《新修本草》在编纂和传抄中出现的谬误进行了修订。《开宝本草》还重视吸收其它本草著作的精华，在新增的134种药物中，近百种都是从前代诸本草著作中筛选而来，如蛤蚧出自《雷公炮灸论》，仙茅出自《海药本草》。
《开宝本草》编纂者成功地制定了严谨的体例，这一体例为宋代其它官修本草著作所继承。首先是首次采用黑白字来代替朱墨分书，《开宝本草》之前的本草著作为《神农本草经》内容用朱笔抄写。《名医别录》用墨笔抄写，年久多易混淆；《开宝本草》改《神农本草经》为白字(阴文)，其它为黑字(阳文)，清晰醒目。其次，用不同简称标明文字出处：如以“唐附”表示《新修本草》新增药，以“今附”表示《开宝本草》新增药，以“陶隐居”为《本草经集注》注文，以“唐本注”为《新修本草》注。而《开宝本草》编纂者，根据文献资料所作的注文，则冠以“今按”，根据当时药物知识作的注文冠以“今注”。这一体例规定，为保存古本草文献作出了重大贡献，其严谨求实之风足堪称道。
(二)《嘉祐本草》和《图经本草》：
时隔八十年之后，随着药物学的发展，《开宝本草》已落后于时代，“本草旧本经注中，载注药物功状，甚有蔬略不备处。”嘉祐二年(1057)校正医书局，成立伊始最早承担的任务就是校修《开宝本草》，主要参与者有太常少卿直集贤院掌禹锡、职方员外郎秘阁校理林亿、殿中亟秘阁校理张洞、殿中亟馆阁校理苏颂、医官秦宗右、朱有章、太子今舍陈检等。最后由光禄寺丞高保衡负责审校。历时三年，于嘉祐五年(1060)八月书成，命名为《嘉祐补注神农本草》，简称《嘉祐本草》。在该书编纂过程中掌禹锡等又奏请仿唐故事，编纂《图经本草》得到诏准，二书同时编修而各有分工。《嘉祐本草》在《开宝本草)基础上拾遗补阙，仿《新修本草图经》辨别诸药。为了编绘《图经本革》宋仁宗敕令全国各郡县进献药物标本，举凡药物根、茎、苗、叶、花、实之形色大小，并虫、鸟、兽、玉石等等堪入药者，逐件画图，且一一注明开花、结实、收采时间，以及功效等等。
至于进口药物，即询问市舶药商，并取药物各一二两，或一二枚封角送至京城，以作编绘注解之凭据。这是继唐代之后又一次全国范围内所进行的规模浩大的药物普查。将搜集到的涉及150多个州郡所产药物和外来药物的标本、实物图形及文字说明，分类甄别编次整理，历时三年，于嘉祐六年(1061)撰成图文并茂的《图经本草》一书。因考虑到“出异手则其体不一”故《图经本草》实际上是由苏颂一人执笔完成的。《嘉祐本草》20卷，目录1卷，收载药物1082种，其中新补82种，新定17种。在编纂过程中，掌禹锡等参考了大量文献资科，引文涉及书籍达50余种，大大超过了《开宝本草》。除继承《开宝本草》旧有体例外，掌禹锡等把自家从历代文献中摘录补入该书者标为“新补”，把民间采集到的新药物标为“新定”，由掌禹锡等自家注说的内容则冠之以“臣禹锡等谨按”。《嘉祐本草》新增内容多为《开宝本草》的遗漏部分或历代本草编修中的某些问题的讨论，而缺少药性理论方面的阐发，这与校正医书局以校勘补遗为宗旨的原则是一致的。《图经本草》20卷，共载药物780，并在635种药名之下绘制了933幅药图，这是我国第一部板刻印刷的药物图谱，该书还详细介绍了药物的产地、形态、性味、功效等，并记载了大量临床经验，其中尤其注重当时异间及民族他帮的用药经验。《嘉祐本草》与《图经本草》二书相辅相成，互为补充，把宋代本草研究推向一个新的高度。
(三)《重广补注神农本草并图经》和《经史证类备急本草》：
在《嘉祐本草》之后，宋代药学史上出现了两部重要的由民间医生编撰的综合性本草，一是陈承的《重广补注神农本草并图经》；一是唐慎微的《经史证类备急本草》。把《嘉祐本草》与《图经本草》二书原有资料合并，增加自己收集的内容。
(四)《大观本草》与《政和本草》：
《证类本草》问世不久，北宋先后出现了两个重要版本，一为《大观本草》，一为《政和本草》，唐慎微书成之后，或因为无资刊行，“其书不传，世罕百焉。”大观初年，集贤院学士孙觌见到《证类本草》一书，颇为喜爱，命所属官员校正，由通仕郎行仁和县尉管勾学事艾晟作序，然后出资募集刻工镂板刊行，以求“其利于世也。”因首刊于大观二年(1108)，被后世称为《经史证类大观本草》，简称《大观本草》。《大观本草)中收录了陈承的《重广补注神农本草并图经》有关内容，并冠以“别说”以为标记。《大现本草》问世不久宋徽宗十分赞赏，并敕命医官曹孝忠领衔校勘，曹孝忠等人刊正。于政和六年(1116)成书，命名为《政和新修经史证类备用本草》，简称《政和本草》，这以北宋最后一部官修本草著作，它不同于开宝、嘉祐时的官修本草著作以前次官修本为基础，而是在纯由民间医家个人著作基础上校订而成。它虽源于唐慎微个人之作，但经政府校订颁行，就具有了药典性质。
(五)《绍兴本草》：
宋朝南迁，高宗绍兴年间，由王继先领衔、张孝直、柴源、高绍功等奉诏重修本草，以《大观本草》为底本，进行整理校勘。绍兴27年(1157)8月25日上于朝廷，由秘书省润色，国子监刊行，绍兴29年为该书刊行时间。书成，命名为《绍兴校定经史证类备急本草》，简称《绍兴本草》，是为南宋唯一的也是宋代最后一部药典性本草著作。该书为32卷，释言1卷，共载药物1748种，新添6种，如炉甘石、锡蔺脂、豌豆、胡萝卜、香菜、银杏等即为《绍兴本草》新增药物，该书虽不如《嘉祐本草》等以文献校正见长，但能根据临床实践和实际观察补充更正，亦颇有见地。此外，该书还明显具有了注重药性理论的趋向。
宋代本草著作的主流无疑是大型综合性本草著作，与此同时，在民间还流传有众多民间医药学家的各种本草著作。其中除有最著名，学术价值很高的《证类本草)以外，还有其他不少综合的专题本草著作，具有内容新颖，见解精辟，风格独特等不同特点，也是宋代本草史中的重要组成部分。
(一)阐明新义的综合性本草著作
1、《日华子诸家本草》：简称《日华子本草》。为五代十国末时吴越国佚名医人所作。该书原已散佚，幸赖《嘉祐本草》中引证大量资料，尚可知其梗概。该书对药性理论颇为重视，将各种药物按临床实际疗效分为凉、冷、温、暖、热、平等六种，指出同一植物常因部位不同，而药性相异，如茅性平，茅汁却性凉；某些药物由于炮制不同，药性亦异，如干地黄，日干者平，火干者温，指出炮制在改变药性上的作用。此外在药物新品种介绍、药物形态基原、产地、采收时月、栽培、饱制等方面也有新记载。总之，该书是一部具有较高价值的综合性本草著作。
2、《本草衍义》：北宋末年，寇宗奭鉴于《嘉祐本草》和《图经本草》两书排列和释义等方面的疏误，在“从宦南北”十余年间，留意医药，广搜博采，亲自观察实践，将《嘉佑本草》中的470种释义未尽的药物，详加辩析论述。撰成《本草衍义》20卷，目录1卷。该书对药物的性味、效验、真伪、鉴别等有不少精辟论述和发明并补充以往本草著作的未备之言，遇有疑问总以实际调查为论断依据，一时无法解决个别疑点，也实事求是地承认自身的不足，如在：蠡实条下，“今不敢以蠡实为马蔺子，更俟博识者。”对后世影响颇大，题为南宋许洪、刘信甫校正的《新编类要图经本草》就是将该书与《大观本草)合编而成，金代张存惠重刻《政和本草》时也将该书逐条附入其后。元代朱丹溪在该书邀础上加以补充发挥，撰成《本草衍义补遗》一书。
3、《宝庆本草折衷》：为南宋医生陈衍所作。作者基于当时本草书籍“异同杂糅，泛切混淆”，于是“笃志诠评”。他参考了南宋诸家本草著作，芟繁纂要，在宝庆三年(1227)写成《本草精华》一书，此后又经20年的实际经验相反复修订，于淳祐八年(1248)定稿，易名为《宝庆本草折衷》，约于宝佑五年(1157)筹足资金雕饭印行。全书原20卷，载药789种。今残存14卷，药物523种。该书博采众长，被征引的南宋医药学家有缙云、艾原甫等十多家，还从一些笔记方志中摘引了有关资料，该书很注重药性理论，是南宋难得的一部综合性本草著作，具有较高的实用价值和文献价值。
此外，南宋还有几部短小精悍的综合性本草著作，如张松的《本草节要》、艾原甫的《本草集要》、王梦龙的《本草备要》、黄伯沈的《本草之节》、缙云的《纂类本草》等，惜皆失传。从《宝庆本草折衷》书后，诸家著述年辰”的评价可知这些著作在药物分类的编排，新品种的介绍都有一定价值。
(二)节要摘抄性著作
节要摘抄性本草著作从北宋时就已开始出现，嘉佑初年的宰相文彦博发现药肆全凭从采药人手中收购，不能尽识各种药材，而医生们也很少有人精通此道，一些贪利妄行之徒便借机制作的药，将《图经本草》中“常用要切”者，选择出若干种，汇编成书，名为《节要本草图》。又如南宋陈日行的《本草经注节文》。“取本草药物，删繁摭颖。”依《证类本草》编排顺序分类编次，或与教学有一定关系。
节要摘抄性本草著作反映了临床应用的需要，体现了在主流性本草著作基础上，个人撰著由博返约的趋势。
(三)专题发挥性本草著作
与处于巅峰的药典性本草著作和内容丰富的个人撰著的综合性本草著作相比，宋代专题发挥性的本草著作显得苍白贫乏。
1、《神农本草经》研究：南宋已经出现了现知最早的《神农本草经》辑本——《本草正经》，以《嘉祐本草》为底本，“摭旧辑为三卷”，并对《神农本草经》的内容进行了考证。此书至明代尚存，今已亡佚。南宋另一文人郑樵曾著《本草成书》24卷，着重对《神农本草经》条文进行了注解疏正。此书为明清以降注疏《神农本草经》之嚆矢。
2、单味药研究专论：北宋文人丁谓，《天香传》，详细记述了沉香一药的品种、形态、产地、采收等情况。杨天惠《彰明附子说》一书，详细记述了附子的载培方法、植物形态、药材鉴别等内容。此外宋代还有《菖蒲传》、《灵芝记》等论述单映药之书，皆佚。
3、良疗类本草著作：宋代有不少与食疗有关的著作，如黄庭坚的《食时五观)，郑樵的《食鉴》等，多已亡佚。其中《四时养颐录》为尚药奉御赵自化所撰，书成后献给宋真宗，真宗大悦，改名为《调膳饮食图》是一部简明食疗养生著作。南宋末年杭州人林洪以山林农村常见食物为内容，撰成《山家清供》2卷，其中有不少与食疗有关内容，如柳叶韭“能利小水，治淋闭。”土芝丹“冷则破血，用盐则泄精，取其温补”。一定程度上补充了本草著作之未备。
4、本草图谱类：除前已提及的《图经本草》，《节要本草图》等外，现存南宋的彩绘本草图谱有明代嘉定十三年(1220)画家王介绘制的一抄绘本草图谱。该书是王介调查临安慈云岭附近的药用植物，逐药考订名休、品种及分布，就地取材写生，绘制了206种药物；药图比例匀称，形态逼真，其文字部分简要，记载药物性味、功能、单万及别名等，是一部杭州地区的地方性本草著作，也是现存最古的彩绘药物图谱。
宋代方书空前之多，方剂理论也日益丰富。以《太平惠民和剂局方》为转折点，方书定上由博返约的道路，理论也日益受到重视。使方剂向标准化、规范化前进一大步。
(一)国家组织整理编纂方书
1、《太平圣惠方》，宋太宗敕令王怀隐等人集体编纂，于淳化三年(992年)成书，100卷，是继《千金》、《外台秘要》之后的又一部方书巨著。它载方16834首，以门统方，每门之前以《诸病源候论》有关理论冠其首，然后汇集方药，是一部具有理、法、方、药完整体系的医书，对后世有不小影响。庆历六年(1046)何希彭为普及医学知识，破除巫术迷信，《太平圣惠方》进行认真筛选，辑为《圣惠选方》一书，该书被作为教本沿用数百年。皇祐三年(1051)官颁方书《简要济众方》5卷，是宋仁宗有感地方缺少良医而令医官周应从《太平圣惠方》中选摘切要方剂而成书。
2、《神医普救方》又称《雍熙神医普救方》，共1000卷，是北宋初继《太平圣惠方》后的又一次方剂大荟萃，该书由贯黄中领衔编纂。参与编写的人员还有宗讷、刘锡、吴淑、吕文仲、杜镐、舒雅等，历时五年，于雍熙三年(公元986)完成这部医学巨著。惜因本书卷帙过繁，不易流行，至南宋初年即已失传了。
3、《太平惠民和剂局方》，为宋政府编成并颁行的我国第一部成药制剂手册。最初为“熟药所”的配方底册，因熟药所原因太医局下，故被称为《太医局方》南宋绍兴二十一年(1151年)，改名为《太平惠民和剂局方》，简称《和剂局方》或《局方》。该书经多次修订补充直到淳祐年间（1241～1252)定型，现通行本为南宋许洪校订本，全书10卷，将各方分成诸风、伤寒、诸气等14门，医方788首，每方之后除详列主治和药物外，尤其对药物的炮制印制剂作了详细说明。既有配方手册作用，也便于医生和病人选购合适成药，在历代方书中，《和剂局方》实为继《伤寒杂病论》之后校医家选用最多影响最大的方书之一，其中所载有效方剂至今仍为临床常用。
4、《圣济总录》，为北宋末年，宋徽宗诏令由政府组织医家历时七年广泛征集历代方书和民间用药编成的又一部方书巨著，全书200卷，载方近2万首。《圣济总录》成书后即遭靖康之难，镂版虽成，未及颁布，终南宋一代江南不见流传。金大定(1161～1189)年间再刻，元大德(1297～1308)年间三刻，北方地区可以见到这部巨著，但终未引起足够重视。
〔二)个人方书著作不断涌现
受政府重视医学的影响，宋代文人编撰方书风气盛行，或整理家藏及个人秘方，或搜集民间验方，其中有的著作在宋代方剂学史上占有重要地位。如，沈括撰集《良方》，且坚持实事求是的科学态度。后人将此方与苏轼的经验方合刻，名《苏沈良方》，影响很大。王硕撰有《易简方》，因此医名大振，该书迎合了简便易行的客观需要，很快盛行于天下，甚至有取代《局方》之势。宋代著名的方书还有严用和的《济生方》许叔微著《普济本事方》张锐《鸡峰普济方》等等，不胜枚举，呈现出宋代方剂学蒸蒸日上蓬勃旺盛的景象。