(一)杂病
两宋时期是中国医学史上一个高度发展的时期，尤其医学理论研究的深化是此期医学的一个显著特点。这一特点也相应地反映在此期内科杂病学术的发展中。
病因病机的理论发挥
南宋医家陈言在《三因极一病证方论》中提出著名的“三因论”还注意到致病因素相互间的密切联系，并以之论证杂病的发病原因。如咳嗽，“要之内因七情，外合六淫、饮食、起居、房劳、叫呼、皆能单复倚互而为病。”陈言强调多种因素复合性变化的思想，揭示了导致疾病产生的内涵所在，这不能不说是病因学的一个进步。
病机理论的发展至宋代有了新的趋势，主要表现在对阴阳偏颇、生克等机制的强调上，杂病病机尤多体现，以体内阴阳的偏胜。说明了在病理上的变化和属性以及临床上的各种表现。
气机的升降乖逆也颇受重视，如《扁鹊心书》记载脾胃损伤，升降失调，可导致怔仲。
《济生方·吐衄》指出：“夫血之妄行也，未有不因热之所发。盖血得热淖溢，血气惧热，血随气上，乃吐衄也。”对胸痞的病理，也认为是“下虚，气上控膈”所致，与气机的升降不无关系。
两宋时代盛行一时的“运气”之说，亦波及到杂病病机理论之中。如《史载之方》叙述了“夫病之所起，其来有根源，其次有传受，其传有刑?”的发病规律，就是脏腑间五行生克乘侮的病理机转。
辨证理论的进一步系统化
宋以前，不少医家则重汇集方药的倾向较为明显，至北宋初叶，这种情况仍然存在。而在两宋时期，辨证理论得到了较为全面的发展，除源于仲景《伤寒论》的六经辨证和八纲辨证理论得以进一步深化外，还提出并初步形成了主要运用于内科杂病的脏俯辨证理论。
北宋著名医家钱乙博学而有创意，他根据《内经》五行学说及脏腑分证的理论，总结了一套以五脏虚实为纲领的辨证方法。他认为，五脏有所主之证，同时又有虚实之别。如：心主惊，为神明之府，邪气忧心，或心脏内虚，则神失其守而发生惊悸不安。其因于邪实者，则兼有发热、口渴、心胸烦热等，其因于虚者，则于卧寐之中悸怯不安。钱乙虽在辨证中结合小儿生理病理特点进行论述，但仍不失为脏腑辨证纲领之雏形。
杂病的治疗与“局方”的流行
成书于北宋大观闰目的《和剂同方》(习称“同方”)，颇能体现此期内科杂病的治疗思想普遍存在注重扶助人体阳气的倾向。精炼了名目浩繁的汤方，纠正了当时漫无边际的方书流行倾向，且从广泛的实践经验中，发现了许多有效的验方和药物。例如流传至今的成药“藿香正气散”、“逍遥散”、“平胃散”、“苏合香丸”、“至宝丹”、“紫雪丹”等，都来源于此书，影响十分深远。同时，该书载有大量的的芳香行气药物，对促进气机顺畅有比较显著的效果，对后世行气药的应用，产生了一定的影响。由于书中多采取丸、散等剂型，所以应用方便，易于保存，它的流行对杂病的救治，无疑产生了积极的作用。
但另一方面，局方有偏用温燥之弊，如治风诸门中的热药，几乎全由香燥之品组成，其次更多为参、桂、乌、附、等燥热之药，形成了社会上喜用“暖药”的不良风气。同时鉴于该书是官府颁定的方书，有些医生因循守旧，处方用药墨守成规，以致形成泥于“局方”的流弊。
具体病证认识与临证水平的进展
对杂病的认识水平也有所提高，表现在治疗方法上也更丰富而有效。
水肿
宋代对水肿的认识有较多的记载，张锐《鸡峰普济方》对该病的临床表现有比较详细的描述：“项胫脉动，睡起眼浮，下如蚕卧。足胫肿，眼间冷，身重倦行，行即喘急，”指出水肿全身症状及肺脾肾三焦气化失司，阴水泛滥的病理机制。并进一步阐述该病日久“积年不去”，水湿与溶血互结，“其病面目黧黑，手足逆冶，身体枯燥，肌肤甲错，身无润泽，渐渐赢瘦”的晚期并发症。该书记载治疗水肿方剂78首，对重症多用丸、散，丹剂共47首，其部分方剂组成中分别含有粉霜、轻粉、水银、雄黄、硇砂等金石药物，重剂缓投，临床疗效肯定。
脚气病
宋代积累了较为丰富的辨证施治经验，出现了治疗该病的专著《脚气治法总要》，作者董汲对本病的病因、发病、证治方剂及内外治法等都有新的见解。例如病因，隋唐时代均说是风毒所致，而董氏认为致病原因主要是由于湿，但兼有冷热之别。治疗方法按证候、季节、地域、老少等特点进行了总结，较以前更为全面和系统。全书载方46首，计分总治法、寻常法、治其偏阴、治其偏阳、治老人血枯，治虚、治实、治风、治湿，风湿相兼、风湿挟虚，风湿瘴疠，兼淋闭以及外治法等。
风证
宋代对诸风病证有较全面的认识，元丰(公元1078～1085年)中太医局学生的学习科目中，设有“风树”，对于中风病。仲景有中经中络中府中藏之分：许氏在《普济本事方》中进一步分析道：“风中脉则口眼喎斜，风中府则肢体废，风中藏则性命危。”其治法抓住标本缓急，见卒然扑倒，不省人，口眼喎斜，半身不遂等证，急则先用开关，以救急稀涎散或胜金丸催吐，“得吐即省。”醒后则依“次缓而调治”，或月千金续命汤、排风汤、风引汤等扶正达邪、怯风通络，或用地黄洒、防风汤、防己汤等益气养血、宣通经隧，或用针灸“中风十二穴”辅治之。而《圣济总录》则有18卷86个子目专论诸风的辨证施治。对中风病、区分闭、脱之说，始见于宋，风证作为一种大证，当时诸医家在认识相辨证方面积累了丰富的经验。
(二)传染病认识水平提高
宋代对传染病的认识较集中地反映在各种《伤寒论》研究著作中。与晋唐时期主要在篇目上区分伤寒温疫不同，宋代医家力图从病因、病机、证候、治疗等各方面，对二者的不同进行探索。致力最深的是春夏二季的温热病。事实上这正是大多数传染病的好发季节。此期医家们已不满足于有用伤寒伏气来概括所有的外感热性病，提出了一些独立于伤寒之外的概念，如冬温与温疫，并强调了它们的传染性或流行性。为温病学的独立发展打下了基础。
冬温：冬日温暖，人感乖戾之气，未及时发病，至春乃发，称为冬温或温毒。临床表现已能指出：斑疹，如锦文，或溃烂为疮，兼有外感热病的一般症状。治疗以清热解毒透发为主，在病因和传染特点上强调：其为感冒非节之气为病，故人人皆感，每每成疫。
温疫(天行温病)：强调：四时自感乖戾之气而成。特点是热重于伏气温病，而且具有流行性，重则流行天下，次则一方、一乡，或偏著一家。庞安时将其归织成五种类型，治疗均以清热解毒为主。
由于以上三病强调了感受乖戾之气及具有流行性，并以此区别于伤寒，所以宋代有关温疫的理论虽然比较幼稚，且无温病学专著出现，却是寒温分家的重要时期。宋代关于冬温、温疫之认识。代表了当时医学家们对传染病的认识水平。
两宋时期外科学及其相关学科有发展，专科教学得到扩展，专著更多流传，外科与皮肤病类之疾病认识及理、法、方、药知识更加丰富，专业医师认伍不断壮大，并出现了以“外科”命名的专著，在这些方面多明显超越前人。然而，与前比较，在医疗技术上似无明显进步。
(一)外科之教育：公元1060年，太常寺言准，详定太医局学生限额为120名，其中属于外科专业的有疮肿4名，金镞兼书禁1名，金镞兼折伤1名。熙宁九年(1076)，宋神宗为了进一步改进医学教育，规定学生名额由120名增至300名，并强调：“设三科以教之”，此三科即方脉科、针科与疡科，外科在专业教育和人才培养上得到更多的重视，这或许与当时的内战需要有关。元丰(1078～1085)时，又对医学分科教授送行调整。在原九科的基础上、将外科的三个专业归并为“疮肿兼折疡科”，“金钱兼书禁科”，使分科更趋合理，学生人数也增加到30名，增加幅度明显高于其他学科。
(二)外科著作开始丰富：据《宋志》、《祟文总目》等所记，有外科类专著近30种，50多卷，其中由宋代外科学家所撰著有《卫济宝书》、(约1170年)2卷，《集验背疽方》(1176)1卷，《外科新书》(1207)1卷，5《外台秘要》(1263)3卷，《救急仙方》(1278)6卷，流传广而影响大，除《外科新书》已佚外，其他在明清甚至现代还是外科医生的常用参考书。由伍起予编撰的《外科新书》，是现知我国医学史上以“外科”命名书名的最早者。《卫济宝书)是一部影响深远的外科专著，作者署名为东轩居士。据查证，东轩居士即北宋襄阳之魏泰。该书虽只上、下二卷，但从其系统论述外科疮疡痈疽等化脓性感染之病因、症状体征、诊断以及诸种医疗方药和技术等来看，不但内容丰富多采，且有较高的科学性，《卫济宝书》幸得《众乐大典》、《四库全书》收录而传世。《集验背疽方》的作者是李迅，字嗣立，泉州人，《集验背疽方》确系一部内容比较丰富的治疗背部化脓性感染的专书，对当时和后世均有用显影响。考李氏学术思想，由於他称一位主张以锡管吮脓的民间医生为庸医，可知其医疗是比较保守的。
(三)外科医疗技术与疾病认识：宋《卫济宝书》中首先记述了癌肿，这是在历代医学家描述体表诸种恶性肿瘤形状特点基础上的一次科学的总结和确切的命名。他说：“癌疾初发者，却无头绪，只是肉热痛，过一七或二七，忽然紫赤微肿，渐不疼痛，迤逦软熟紫赤色，只是不破。”癌字是该书首创字，从疒从喦。喦者，通岩，取其盘纡隐深，磪嵬岑喦，岩崖连形，用以比喻癌肿凹凸坎穴之外观及硬如岩石之状貌。可见作者对癌肿病理症侯之认识十分确切，他为了帮助读者，更绘制了颇为形象的“癌原图”。化脓性感染之脓未成与脓已成的签别诊断在宋代有了更多的进步。在治疗指导思想上也进一步提高。《太平圣惠方》(992)关于脓已成的切开引流思想较前化更为积极。例如该书强调：“脓成，即当弃药从针烙也”，并说“生死之际，不可疑惧痛，项顿之间，以至内溃。古今同斃斯疾十有八、九矣”，又说，痈薄宜计，疽皮厚宜烙”。并谓针烙之法“有却痛之功也”；“烙法多差，殊稳妙于针法”，关于切开部位，指出“皆须近下面烙之，不透即再烙之令透”。对于较大痈疽还强调“即须散烙数处，并令透则气疏达，脓水易出”，“实者撚发为纴，虚者以纸为纴，涂引脓膏药纴之，为了彻底治疗，更明确要求警惕“脓根未尽，使令疮合后，必有再发之理”，上述所强调论述的诊断、治疗原则和方法等那是符合科学要求的，东轩居士所论乳痈之防治法也颇有科学价值，他在认识到乳痈之发病系因“乳汁不行而生痈”的基础上，创造了火罐吸乳法以防乳腺炎化脓而成乳痈。
枯痔手术之发展：《圣惠方》(992)是一部集宋以前方书大成的著作，在其论述肛门痔之治疗技术上，已多处强调了汞砷剂枯痔的方法。如用砒霜等研末路蜜和丸绵裹纳痔处；或用砒霜、白矾等为末炼黄蜡和丸“用绵裹一丸内下部……以痔头消为度”，公元1127年，《魏氏家液方》记载了枯痔散法，较《圣惠方》的方法提高了一步，从而进一步减少了对健康肠粘膜的伤害，效果得到提高。
外科医疗技术：剔除咽喉异物与治疗疣的技术，在综合性医书里已有了较确切的论述，由此可以证明这些技术已为普通医学家所掌握。例如：小儿科专著《小儿卫生总徽论方》的有关部分，所记述的外科医疗技术就有上述特点。在《千金要方》多处记载运用有血清免疫法思想的治疗疖病的基础上，被发展改进而用以治疗疣症。其方法是“以针或小刀于决疣子四面微微血出，取患疮人疮中脓汁傅之，莫得近水，三日外脓溃，其根动自落”，又如《小儿卫生总微论方》改进孙思邈用磁石吸取咽部铁钉、针等异物的方法，改口含为钻磁石孔窍以线穿系，从而不但提高了成功率，而且大大增加了安全性。小儿科集大成的专著《幼幼新书》(1150)卷39，不但收录了孙思邈及《小儿卫生总微论方》的相似方法。该书所引用《圣惠方》(992)剔除误吞鱼钩不出的医疗技术。一法要求绳犹在手中者，莫引之。……，稍稍令推至钩处，小小引之则出。一法强调用琥珀珠贯钩绳上，推令前入至钩所，又复推以牵引出矣，如此医疗技术在综合性医书的广泛引用，说明该法已比较普遍为医家所掌握。
(四)麻醉技术的发展：两宋时期的外科手术，特别是较大手术已有逐渐衰退之势，保守疗法已日渐发展。但是由外科手术发展而兴起的麻醉技术却并没有因此而停滞，相反由于化脓性瘢痕灸法的兴起，整骨手术的进步，麻醉术得到了进一步的发展。例如：窦材《扁鹊心书》(1146)所记之睡圣散即其代表，方法是“人难忍艾火灸涌，服此则昏不知痛，亦不伤人，山茄花(即曼陀罗花)、火麻花，共为末。每服三钱，小儿只一钱，一服即昏睡”。
此外，在《小儿卫生总微论方》一书中，还正确指出小儿脐风与成人之破伤风是同一种疾病，这就把人们对破伤风的认识提到新的高度。
(五)皮肤病的认识：随着医学理论研究的深入和实践经验愈益丰富，对许多皮肤病的认识更趋深入，对隋唐时期某些皮肤病名繁复混杂之状况提出了新的分类见解，进一步提高了诊断治疗水平。
1、皮肤结核：狼瘘、蚝瘘相当于结核性初疮或为寻常性狼疮；蛴螬瘘类似于疣状皮肤结核；鼠瘘、瘰疬相当于瘰疬性皮肤结核：《圣济总录》在分类论述上虽多沿袭前说，但其“瘰疬门”总论则强调了以下观点：“瘰疬者，其疬本多因患怒气道，忧思恐惧，或改良有虫鼠余毒；或风热邪气，客于肌肉，随虚停结；或在颈项，或在胸肌，累累相连者是也。”所论情感忧惧、饮食余毒、风热邪气等病因，是在前人基础上的提高。宋·陈无择之《三因极——病证方论》论及瘰疬证治，则对前人之分类和解说提出异议，他认为“此往往是三阳传诸阴经方有之，若本脏发，未必有是，学者知之。”（引号内医论均见：宋陈言《三因极·病证方论》卷15，P204，人民卫生出版社，1957年），陈无择对本病的理角和不同看法产生一定影响。而严用和《重订严氏济生方》，则着重根据患者情感体质及具体病症进行辨证施治。
2、诸癣：两宋时期《太平圣惠方》和《圣济总录》论述诸癣，基本上仍沿袭《诸病源候论》的论点，但分类已较简化。值得注意的是没有“白癣”。陈无择则提出：“见癣种类亦多，……虽以皮肤气血凝滞所为，或有风湿转成者；或为人传染得之者，种状不同，治之各有方，”是分为三种情况论其证治，宋代方书《太平圣惠方》、《圣济总录》以及《和剂局方》等，均含有大量皮肤病的治疗方药。反映了治疗经验更趋丰富。
两宋时期，太医局始设疮肿兼折疡科，骨伤科正式与外科疮肿并列为医学一门分科。随着这一时期解剖学的发展，骨伤科理论和临床诊疗均有较大发展。
(一)创伤骨科解剖生理的进步
两宋时期由于对人体骨骼系统解剖、生理认识水平的提高，促进了对骨创伤疾病的诊断和治疗。《圣济总录》在“针灸门”记录了长干骨相扁状骨骨髓的多少，在“伤折门”中，更进一步明确提出四肢的运动功能，必须依靠筋肉和骨骼的“联结缠固”，如果丧失这种正常的“联续缠固”，就会丧失功能。公元1247年，宋慧在《洗冤集录》里，记录了人体骨骼系统的结构，并对人体的主要关节，上下骨的关系，脊椎骨、尺桡骨、胫腓骨、膝关节，包括半月板等构造，都有了较实际的描写。解剖学知识的进步，指导了骨折脱位的诊断和治疗。
(二)创伤骨科诊断学的进步
检查及危重创伤的诊断，此期也有较明显的进步，据《洗冤集录》论述，宋代对创伤的检查诊断，已注意致伤外力的大小、方向及致伤的部位、局部组织的变化、血肿情况和肢体功能等，以辨别伤情轻重。上述验伤经验源于临床医学和法医学检验经验的积累，对骨伤科创伤之检查诊断有着重要的价值。例如受伤局部血肿的颜色、范围、形状、出血与否，即可判断受伤暴力的大小及伤情的轻重。
(三)创伤骨科治疗学的进步
危重创伤的救治，《洗冤集录》除了介绍张仲景的人工呼吸法外，还推荐葱白炒热敷伤处的止痛法；用半夏末、皂角末吹鼻或生姜汁、韭汁灌服，灸肚脐、或酒调苏合香丸灌治“五绝及堕打卒死”、“若心下温”、“若肉未冷”者等急救技术，此外，在手法、手术治疗上也有很大进步，例如开放性创伤的治法。宋代的早期处理，仍沿用隋、唐清创方法，剔除异物等，强调：“要在血气未寒，急施治法”，用桑白皮尖茸为线，或用麻线缝合伤口(见《圣济总录》金疮门)，并皆主张用盐水洗净，或烧葱汁涂伤口然后涂贴药物。关于感染创口则注意到辨证论冶，如采取“淋渫”洗疮法以祛秽解毒，用刀剪清除坏死组织，用活血药物以生肌收口等等，并逐步发展了内外并治、辨证论治等理论指导，对于骨折、脱臼的复位、固定技术更有较大的进步。《圣济总录·伤折门》对骨折脱臼的治疗，已认识到首要目的是恢复原来的解剖关系，称为“接筋续骨”，当手法正骨不能恢复到解剖位置时，强调切开复位法，由于宋代麻醉技术的进步，外科手术水平与器械已有针、线、刀(柳叶刀、钩刀)、镊、剪、凿、钳，锥、锤等，均已取得进步，在复杂骨折的切开复位技术，也取得了发展，特别宋代随军医生，已运用了切开复位与凿除死骨治疗粉碎性骨折等。还必须指出，创伤方药疗法是我国骨伤治疗技术的一大特长。例如：淋、熨、帖熁膏摩的外治法在宋代也取得长足进步《太平圣惠方》记载11首淋、浴、帖熁(音协，火迫之意)、膏摩的方剂，选用药物除宋以前历代使用的桂、附、辛、椒、姜、芎、归、芷之外，还选用了白矾、接骨草、葱白、五加皮、桑白皮、松节、樟木节等，制成洗剂，称为淋洗方，治跌伤瘀血作痛；伤筋折骨，或久损腰膝，关节疼痛等症均有着肯定的作用。同时，治疗创伤的三大原则，即活血化瘀，养血舒筋和培元补肾(或称健脾补肝肾)，在前人论述的基础上，又经过广泛实践，在创伤治疗上得到确立。
宋代，临床医学发达，妇产科的成就尤为显著。宋代太医局设有产科和产科教授，专门培养妇产科医学生，推动了宋代妇产科的发展。著名的妇产科学家和妇产科著作相继出现。中医妇产科已形成为一门独立的临床医学学科。
宋代对产科贡献较大的是杨子建，元符元年著有《十产论》，(1098)，对异常胎位作了详细的描述；继而有李师圣、郭稽中《产育宝庆集》1卷(约12世纪初)，后有朱端章《卫生家宝产科备要》8卷(1184)，总结了宋以前的产科临证经验和初生儿保育方法，是一部珍贵的产科文献。另外，有齐仲甫著《女科百问》2卷(1220)，这是一部综合性妇产科著作。宋代员著名的妇产科学家是陈自明，所著《妇人大全良方》，(1237)，是我国第一部比较完善的综合性妇产科专著。
(一)有关月经失调的新见解
对劳瘵骨蒸(结核病)引起的闭经，陈自明除了对闭经进行一般辨证，用通经或健脾益气方药治疗外，并在《妇人大全良方·众疾门》中明确指出：劳瘵、骨蒸可引起完全闭经。现在看来，这与妇女生殖器官结核引起的继发性闭经极其相似，而且治法也不同于一般闭经，即不用通经药，而采用滋阴清热药。体现了控制原发病，治病求本的原则，
(二)分娩处理
注重观察分娩产程
产妇临产的精神状态和体力状况往往影响分娩产程的进展，陈自明要求接生人员在产程开始时，不仅要注意消除产妇时分娩的恐惧心理，而且要照顾产妇的饮食营养，以维护产妇体力，等待分娩。陈氏在《妇人大全良方·将护孕妇论》中指出：“欲产时不可多人，喧哄怆惶，但用二老妇人扶行及凭物站立”。又说：“苦心烦，用水调服白蜜一匙：觉饥，吃糜米少许。勿令饥渴，恐乏其力。不可强服催药，早于坐草，慎之。”陈氏还指出，当产程进展至胎膜破水，儿头面出时，始可正式接生。
全兔脑制剂的应用
《证类本草》17卷兽部中品兔条下所引用的《经验方》中，有关于兔脑催生丹的记载，其药物组成及制作用法是：“催生丹，兔头二个，腊月取头中髓，涂于净纸上，令风吹干，通明乳香二两。碎，入前干兔脑髓，同研。……以猪肉和丸如鸡头大，用纸袋盛储，透风悬。每服一九，醋汤下，良久未产，更用冷酒下一丸，即产，此神仙方，绝验”。其有效成分主要是兔脑；现已实验证明脑下垂体后叶含有催产素，具有促进子宫节律性收缩的作用，注射催产素仍是现代产科处理宫缩乏力促进分娩常用的特效制剂。而中医产科早在公元11世纪末。就已使用了兔脑制剂催产，并积累了一定的经验。
对新生儿断脐后脐带断面的处理
《小儿卫生总微论方》提出了用烙脐饼子炷灸的方法，处理新生儿脐带断面，以预防发生脐带痈疮和风证。早在《太平圣惠方》(刊于公元992年)卷76中，也记有烙脐四方，其药物组成、用法均与之相同。可见我国宋代，对新生儿断脐后，进行脐带断面烧灼消毒，已有了相当的经验，而且提出了使用目的。
(三)妊娠用药禁忌仍产后常见疾病
妊娠用药禁忌
为了避免流产，保育胎儿，陈自明对妊娠用药进行了临床研究。首先指出孕妇用药应避毒药，并列举出60多种妊娠应禁忌的药物。其中有剧泻药、催吐药、活血破血药以及药性猛烈、毒性较强的药物等。还将其编成“孕妇药忌歌”，使医生容易背诵记忆，历代相传，沿用至今，成为产科用药戒规。
妊娠晚期阴道出血
陈自明《妇人大全良方·修胎门》更记载了妊娠晚期阴道出血。他说：“怀妊将满，胎神已具，坠扑伤胎，甚至下(血)而不醒”。
难产
杨子建《十产论》最早描述了因胎位异常引起的各种难产，如横产(肩先露)，倒产(足先露)，偏产(额先露)，坐产(臀先露)，碍产(脐带攀肩)，盘肠产(产时子宫脱垂)。并创用了矫正胎位转正的各种手法，（陈自明，《校正妇人大全良方》上海卫生出版社，1956年），兹引述横位、脐带攀肩转胎法如下：
“凡推儿之法，先推儿身令直上，渐渐通以中指，摩其肩，推其上而正，渐渐引指攀其耳而正之。须使产母仰卧，然后推儿直上，徐徐正之。候其身正，门路皆顺，煎催生药一盏，令产母吃了，方可使产母用力，令儿下生。此名横产。”
“碍产者，言儿身已极，门路已正，儿头已露。因而转身，脐带攀其肩，以致不能生。令产母仰卧，稳婆轻手推儿向上，以中指按儿肩，脱脐带。仍令儿身正顺，产母努力，儿即生。”
(四)妇女各期卫生
陈自明对妇女的生理特点有一定的认识，比较注重月经期、孕期、产褥期、哺乳期的妇女卫生。
月经期卫生
妇女月经期间，全身及局部抵抗力减低，易感外邪。陈自明一再强调经期卫生的重要性，指出：“行经之时，最宜谨于将理”。
孕期卫生
为了保护孕妇健康和胎儿正常发育，预防流产、难产，陈自明强调“产前先安胎。”并在“将护孕妇论”中规定了，时常步履，不可多睡，不可饱食，过饮酒醴，不可乱服汤药，亦不可妄行针灸，不得负重相登高涉险，要求作好产前准备。
产后卫生
陈自明认为“产后气血虚竭，脏腑劳伤。”强调“产后先补虚。”并规定了产后生活起居应注意的事项。还提出要注意乳汁通畅，防止“妒乳”。
两宋时期，以钱乙为代表的儿科医家在儿科学方面取得了突出的成就，11世纪北宋政府设立的太医局中有“小方脉”即儿科。针对当时社会情况，政府还颁布了一些有利于儿童健康成长的法令，乾德四年(962)，诏令“士庶敢有阉童考，不赦”(《宋史·太祖纪))；淳佑九年(1249)又创“慈幼局”，收养道路遗弃的初生婴儿。这些措施对保护儿童是有积极意义的。
(一)儿科著作空前丰富：这一时期的儿科著作相当丰富，主要有董汲《小儿斑疹备急方论》（1093）；钱乙《小儿药证宜诀》(1119)；阎季忠《阎氏小儿方论》(1119)；张涣《小儿医方妙选》(1126)；《幼幼新书》(1150)；无名氏《小儿卫生总微论方》(13世纪初)；陈文中《小儿痘疹方论》(13世纪中期)及《小儿病源方论》(1254)场土瀛《婴儿指要》等，其中尤以钱乙和陈文中的学术影响为最大。此外，《太平圣惠方》和《圣济总录》两部方书中也包含有丰富的儿科内容。
(二)儿科基础理论之发展：钱乙在《小儿药证直诀》卷上中明确指出：小儿有“脏腑柔弱，成而未全，全而未壮”，“气血未实”的生理特点，和小儿得病后“易虚易实，易寒易热”的病理特点，在治疗上强调以“柔润”为原则，顾护小儿正气，侧重小儿脾胃和肾脏的调养，反对“痛击”、“大下”和“蛮补”。钱氏提出的这些学说，对于小儿病的证治有极为重要的临床意义，并很快为广大医家所接受，产生很大的影响。
(三)儿科诊断技术进步：钱乙结合实际提出了简要的小儿脉诊和望诊。钱乙把小儿脉法归纳为六种：即脉乱下治、气不和弦急、伤食沉缓、虚惊促急、风浮、冷沉细等，化繁为简，方便临证运用，钱氏望诊包括“面上证”和“目内证”，所谓“面上证”是以面部不同部位分候五脏病变，所谓“目内证”是根据目内色泽、光采来诊断五脏的虚实寒热，钱乙还注意将面色与其他治法结合，以便更准确地对病症进行鉴别诊断，如同为头身发黄的病症，钱乙认为如果“一身尽黄，面目指爪皆黄，小便如屋尘色，看物皆黄”属黄疸；如果“面黄腹大，食土，渴者，脾疳也”；如果“自生而身黄者，胎疸也”，这里已将引起头身发黄的传染性肝炎，肠道寄生虫病、新生儿黄疸等区分得相当清楚。钱乙提出的上述诊断方法，至今对儿科临床仍有一定的参考价值。
继唐代王超小儿指纹法之后，宋代许叔微在《普济本事方》中记载了指纹法，记述小儿虎口的色泽变化与疾病的关系，如“紫风红伤寒，青惊白色疳，黑时因中恶，黄即困脾端”，至《幼幼新书》则进一步提出了虎口三关指纹法，这种诊法是将食指近辈端向指端的三节分别称为风关、气关、命关。指纹颜色主候疾病性质，指纹显现在“三关”预示疾病轻重，即风关病轻，气关病重，命关病危。
钱乙根据《内经》及前人关于脏腑辨证理论，提出儿科五脏辨证法，把五脏与一些儿科疾病直接联系起来，如心主惊、肝主风、脾主困、肺主喘、肾主虚。并用寒热虚实来判断脏腑的病理变化，继以制定五脏补泻治疗法则，指导临床遣方用药。如心热用导赤散，肝热用泻青丸，脾热用泻黄散，肾虚用六味地黄九，脾虚用益黄散等等。这种辨证法，执简驭繁，提纲挈领，大大提高了儿科辨证论治水平。
(四)疾病认识水平提高：对麻、痘、惊、疳等小儿病症有较为深刻的认识，钱乙细致描述了小儿麻疹初期的表现，并指出其即“天行之病”。《圣济总录》认为该病“或遇时疫”所致，《小儿痘疹方论》则指出是“因时气”而发，从而在病因学与发病学方面进一步明确了麻疹性质和特点。此外，开始注意发疹性疾病的鉴别，在小儿发疹性疾病专著《小儿斑疹备急方论》中，将麻疹与天花分别称为疮疹与痘疮，在临床上已能较清楚地加以鉴别，在治疗上，一般初期常用解肌透表法，使麻疹由里外透，如麻疹陷落，则采用清热解毒和补气托毒的治法，反对轻率使用热药。具体用药上，选用胡荽、升麻、芥穗等透疹效果好的药物，并注意病儿的护理，这些都为后世所推崇。
宋代专论发疹性疾病的医书，如《小儿斑疹备急方论》、《小儿痘疹方论)、《小儿痘疹论》等，对天花都有论述。并能较正确地与水痘相区别。相传十世纪宋神宗时我国已发明人痘接种术，成功地预防天花。
两宋时期，对惊风的认识有着明显的提高，宋以前，对小儿抽搐一类疾病统称为惊痫。至宋，《太平圣惠方》卷83首次提出了惊风的名称，并将惊风分为急惊风、慢惊风两大类，详细描述其病因病理、临床症状，关于惊风病因，钱乙认为除了大惊之外，发热是急惊风的主要原因之一。而慢惊风则大多是吐泻之后由脾胃虚损引起。至于治疗，《太平圣惠方》对急惊风提出清热、豁痰、熄风等治则。钱乙等医家又有镇惊截风、止搐、解毒等治法。对慢惊风则以温补镇惊为总则。在用药方面，《幼幼新书》开始试用新的镇惊药蔓陀罗，为治疗小儿惊风增添了新的方法。
宋代元丰(1078～1085)年间，医学分为九科，眼科和口齿咽喉分别单独成科，这是五官科理论逐渐进步和治疗经验不断丰富的结果。其中，眼科的进步尤为突出，它以独特的五轮八廓学说和内外障与眼病七十二证理论的产生为标志，而且在针拨内障、钩割针镰等手术的具体操作手法较唐代有了更大的进步。宋代多种方书和《眼科龙木论》更总结记载了大量的五官科方剂，包括一些为后世医家广泛重视的五官科名方。
(一)五轮八廓学说的形成
五轮学说渊源于《灵枢》大惑论有关眼与脏腑的论述，宋代多种医著中均有记载。如《太平圣惠方·眼论》记载的肝病，应于风轮，病应于血(轮)。脾病，应于肉轮，肺病，应于气轮，肾病应于水轮。但此时五轮的眼部分属仅瞳神、自睛较为明确，其余各轮尚有缺失。《秘传眼科龙木论》是宋元医家辑前人眼科著述而成，其“龙木总论”据考当成书于北宋，该节“五轮歌”中，关于两睑病位的论述对《太平圣惠方》有所补充。南宋末，杨士瀛的《仁斋直指方》始将五轮的眼部分属明确为：“眼属五脏”首尾赤皆属心，满眼白睛属肺，其乌眼圆大属肝，其上下肉胞属脾，两中间黑瞳一点如漆者，肾实主之，此说得到后世眼科医家认同，将五轮学说的主要内容基本固定下来。
陈言在《三因极一病证方论)一书中，首次提及八廓这一名称，《葆光道人·眼科龙木集》中载有八廓歌，其中列有关泉、养化等八种廓名，并分别与小肠、三焦等脏腑相联系。杨士瀛的《亡斋直指方》亦载有同样的八廓内容，不过此时尚属有名无位的初期阶段。
五轮八廓学说在论述眼与内脏之关系，眼病定位辨证论治之运用等均曾发挥过积极的作用。
(二)眼科疾病分类与认识水平明显提高
内外障和眼病七十二证是宋代出现的两种眼科病症概念。《秘传眼科龙木论·七十二证方论》中，将内障、外障作为归纳所有眼病的分类纲领。它根据病症发生的不同部位，将主要发生于瞳神的病症归为内障，发生于胞睑、两眦、白睛、黑睛的病症归为外障，形成了一种执简驭繁的眼病分类方法。内外障学说对后世眼科影响很大。
眼病七十二证是宋代产生的另一种眼科病症概念，它以七十二种常见眼痛确立了宋以后我国眼科病症的主线索。产生于《秘传眼科龙木沦》中的“七十二证方论”，列内障23证，将肉眼所能认识到的各种眼珠(晶状体)改变予以基本概括，影响深远，以至后世基本上都沿袭其说。所论外障49证中，黑睛疾病和胞睑疾病最多。花翳白障(角膜溃疡)、蟹睛(虹膜脱出)、混睛(角膜实质灸)和倒睫、暴风客热(急性脑膜炎)、睑生风粟(沙眼)等都是该书首先记载并沿用迄今的常见外眼疾病。
(三)五官科名方和外治法的深入研究
宋代多种方书所收集的大量五官科方剂，以及《眼科龙木论》等所记载的眼科专方，显示用药开始出现规律，已注意从调理脏腑功能着手组方、理论水平和临床效果都较前明显提高，产生了一批为后世所习用的五官科名方。如《济生方》的苍耳子散，数百年来一直用为治疗鼻渊的名方，此期，动物肝脏内服及用苍术治疗夜盲已受到高度重视，外治法的深入研究是宋代五官科的又一重要特点。《太平圣惠方》对针拨内嶂和钩刺针镰法有详细讨论，明确指出：“障翳内成，非草石疗之功，唯金针拨之乃效。”（王怀隐等《太平圣惠方》第一流3卷，P915，人民卫生出版社，1982），对有关白内障的各种表现和针拨内障的进针部匝(外眦，鼻侧)、进针手法、针下感觉、入针后金汁进入瞳神的方向等操作过程及手术后护理等介绍，为早期医学文献记载最详尽者。该书对钩割治疗胬肉，述及以线剥离、术中勿伤及黑睛、务须割尽，以“火针熨令断其势”等手术要点及胬肉复发的认识亦极有见地。
宋代随着分科的日趋精细，口齿病的认识与治疗也不断有所进步。《太平圣惠方》和《圣济总录》中反映了这方面的主要成就。《太平圣惠方》卷34、36专论口、齿、唇、舌，载医方500余首。《圣济总录》内更以五卷的篇幅专论口腔疾患。
(一)口齿疾患认识之深化
如口疮一证宋以前多注重清泻心脾实热。严用和用冷盐水送黑锡丹和养正丹以镇坠宁心，治疗虚热上攻之口疮，开后世治疗虚证口疮的先河。《苏沈内翰良方》还注意到失眠与口疮发病的关系，指出：“风口疮不可失睡一夜，失睡口疮顿增”，（宋·苏轼、沈括：《苏轼内翰良方》卷七，光绪仿知不足斋刊本），现代医学出认为复发性口腔溃疡的发病中，神经精神因素为诱因之一。
(二)口齿保健
宋著名学者苏东坡提出茶叶对预防龋齿的作用，现代医学实验证实茶叶中含有较多的氟，故有防龋、防口具、杀菌消炎之功。此外，《太平圣惠方》指出刷牙匠早晚行之。《太平圣惠方》还载有药膏药齿法：柳枝，槐枝，桑枝煎水熬膏，入姜汁，细辛，等每用擦牙，此可谓今之药物牙膏的雏型，在宋代已有植毛牙刷。宋·周守中《养生类纂》：“盖刷牙子皆是马尾为之”。在欧洲，约500年后所记述的植毛牙刷与周守中的记录相同。
(三)医疗技术进步
牙齿再植技术
《圣济总录》有治牙齿摇落，复安令著，坚齿散方：“齿才落时，热粘齿槽中，贴药齿上，五日即定，一月内，不得咬硬物。”这是我国已知最早的关于植牙处方及手术的记载。
义齿修复
陆游(1127～1209)诗《岁晚幽兴》中有：“卜冢治棺输我快，染须种齿笑人痴”之句。并自注云：“近闻有医以补堕齿为业者”。与陆游同时代的楼钥(1137～1213)在《功媿集》中有《赠种牙陈安上》文，其中有“陈生术妙天下，凡齿之有疾者，易之以新，才一举手，使人终身保编贝之美”之句。这是我国最早的有关义齿修复的记载。
骨移植术
宋·洪迈《夷坚志》载：晏肃之妻，因下颌患疽久不愈，致下颏与下腭脱落。医生为其做了移植手术，术后又活了20余年。这是我国最早的有关骨移植手术的记载。
针灸学在两宋时期有很大发展，是我国针灸发展史上一个新的里程碑。在此时期出现了闻名中外的针灸铜人和《铜人腧穴针灸图经》。两宋的针灸文献专著有影响者近10种，综合性医书之论针灸者更多，如《圣济总录》在统一经穴排列顺序，为经穴理论的条理化、系统化、规范化奠定了基础；而针灸专家和一般医学家兼长针灸者更多，其中影响较大影响者有王惟一、许叔微、王执中、窦村、庄绰、闻人耆年等诸多医家，他们对针灸学之贡献，使两宋发展到一个新阶段。
(一)针灸学说与理论的发展
王惟一在针灸临床和教学中，十分重视经穴的规范化，公元1206年他撰写成《铜人腧穴针灸图经》一书，次年又主持铸造了针灸铜人两具。《铜人腧穴针灸图经》三卷，共记载腧穴657个，其中青灵、厥阴俞、膏盲俞、灵台、阳关等穴是新增加的穴区，穴位排列兼采《针灸甲乙经》和《千金方》之长，即有按十四经脉循行排列者如卷1、卷2亦有四肢按十二经次序排列，其余穴位则将人体分为偃、伏、侧、正四个面进行叙述，头部、面部、肩部、侧颈项、侧肢，侧肋等，则按部位论述。根据文献记载，铜人体同成年男性，青铜铸成，躯体外壳可以拆卸，胸腹腔能够打开，腔内五脏六腑可见；体表则刻14条经络循行路线，且经络上穴位悉备，穴位与体腔相通，教学时，是针灸学生等学习针灸经络穴位的依据；考试时，体表涂蜡，使穴位、经络被覆疬之后，孔穴亦即被蜡所堵，再向体内注入水银(一说注入水)，令被试者选穴针刺，若取穴有误，则针不能入，如果取穴正确，则水或水银从拨针后之针眼中射出。能使针灸得到普及推广，他还将《钢人腧穴针灸田经》刻于石碑，镶于仁济殿四壁，每壁一卷，剩余一壁则另刻《穴腑都数》一卷补入，立于大相国寺以广传播。
王执中撰有《针灸资生经》他很注重经穴考证，死孔穴的、部位、取法、针刺深度、刺灸禁忌以及少数经外奇穴等都运用古籍记载加以分析比较，并提出自己的观点。王氏对经穴规范化也作出了贡献。
《圣济总录》虽非针灸专著，但作者对经穴排列顺序、经络与腧穴关系作了较大调整，不仅将354腧穴全部归属十四经脉，并根据《灵枢，经脉》的记述，依经脉行走方向作了重新编排，对奇经八脉除任督脉以外的六脉所属穴位逐一作了说明，尽管尚有部分经穴的排列次序与经脉循行分布不符，但总的来看，为经穴的系统化、规范化奠定了基础，对后世影响较大。
(二)临床针灸术之发展
王执中在《针灸资生径》中共收载各科疾病195种及其附属各症，并发扬了唐代孙思邈的针药并重思想，书中有关疾病治疗针药兼用者比比皆是。王执中对灸法叙述亦颇丰富，有四花穴法、灸痔法、灸肠风法等。
此外，宋代医家中有偏重灸法者和专精灸术者，因而扩展了灸法在临证治疗中的应用。如许叔微在其阴证用灸、灸补肾阳等理论指导下，对阴病转腹痛、阴毒渐深候、阴毒沉困候专用灸治取得良好疗效，南宋医家窦材是偏重于灸的医家。他临床注重温补脾肾，惯于灸命关、关元以补脾肾，目的是扶阳，将灸法灼艾提到了相当的高度。此外他也将灸法用到了预防保健，提出常灸关元、气海、命关、中脘以保健摄生。
两宋期间以灸法为主较著名的医家尚有庄绰和闻人耆年。闻人耆年著有《备急灸法》，记述了二十二种病证如痈疽、肠痈、疔疮、突发心痛、小便不通、溺水、自缢等的灸治法将灸法推广到急证治疗方面，因而很有特色，且各病灸法均附有插图，对推广灸法有积极作用，其中如难产灸至阴一法，现已扩大应用到治孕妇胎位不正，有较高的转胎率，说明其实用价值之可靠。
(三)推拿术在民间流传
宋代，由于受封建礼教之束缚，按摩术不如唐代兴盛，在宋太医局中还取消了按摩科，更影响其术之发展。但由于按摩术之验、便、廉，受到人们之信赖，因而在民间流传仍广，特别是自我按摩术受到重视，此期按摩术开始在儿科治疗中发展，这也反映到官方和私人著作中。
如宋代《圣济总录》、《太平圣惠方》中均有关于按摩术之记载，前者记述了以膏摩法治疗小儿疾病，后者对按和摩二者之差异及适应证作了详述。民间流行之导引、按摩资料亦颇丰富，如名医庞安常用手法拊摩配合汤温腰腹间处理一难产七日之产妇，使产妇顺利产下一子，并母子平安；另一民间医生赵三翁以按摩为业，往往为人“……按摩，疾病立愈”等。在《医说》中记载了民卒借助一竹管自我按摩，每坐则置竹管于地举足搓滚，治愈了骨折至脚筋挛缩不能伸之后遗症，此外如按摩涌泉穴法，使身体健康不染瘴疫，以及摩擦两手掌，使热以摩面、拭目、摩发，“令人光泽，皱斑不生”，“发不白”等，亦为民间常用之自我按摩保健法。