近代中国医学的变革从体系上看是由以中医学为主导的传统医学体系向以西方医学为主导的近代医学体系的转变。直至本世纪初，以医院为中心的西医模式与以个体开堂行医的中医模式尚处于平衡状态。尽管前者在眼科、外科等手术学科上有明显优势，但内科疾病的治疗，在化学药物，抗生素维生素等发明之前，并不优于中医。近代医学在中国的确立更多应归功于公共卫生事业的引入和创立。
如果说传教士医生是无意中选择了牛痘接种法作为西医打开中国的钥匙，那么公共卫生事业成为西医在中国立足的基础却并非偶然了。西方在18世纪末和19世纪初，由于工业革命导致人口的高度集中，当时工人的生活和生产条件极度恶劣，因而造成职业病发病率高和传染病的广泛流行。欧洲资本主义国家所出现的这些严重的社会问题，引起了人们的重视。许多医学家和社会事业家对于工人阶级的状况进行了大量的科学调查，因此促进了卫生学的发展。19世纪下半叶微生物学的发展，多种致病微生物的发现更进一步地推动人们采取积极措施来预防传染病的传播并取得了一定的成效。公共卫生成为近代医学一个重要方面。当西医临床治疗与中医临床治疗难分伯仲时，公共卫生学的引入无疑为西医在中国的地位增添了法码。
清末我国的某些大中城市已有了管理公共卫生的机构，但多为外人办理且影响不大。辛亥革命以后，我国地方政府开始了我国自己公共卫生事业的创建。1912年广东省卫生处成立，李树芬被任命为处长。卫生处开展了大量的公共卫生工作：1、规定开业医生在发现8种传染病后必须立即报告，8种传染病是鼠疫、霍乱、天花、麻风、伤寒、白喉、产褥热和狂犬病。2、成立隔离医院，建立清洁消毒队。3、收集和检验死鼠，开展预防鼠疫宣传工作，免费施行预防接种。4、预防天花。5、使城市没有麻风病人。6、开展死亡登记。除广东之外，福建、杭州、上海等省市也采取了防止传染病传播，加强公共卫生的措施。
与传染病防治有关的另一项重要工作——传染病院，也逐步建立起来。1915年，北京建立了第一家传染病医院。在此之前北京的公共卫生是比较落后的，天花、猩红热、白喉等常见传染病，严重威胁城市居民的健康。为加强首都的卫生工作，北洋政府内务部决定设置传染病院。同年，在青岛也开设了一所有100张床位的隔离医院，加强传染病的控制。1920年上海也开设了传染病医院。
公共卫生是具有社会性的事业，其发展与国家的政治经济文化的发展有着紧密的联系。辛亥革命后不久，中国的政局又处于大变动中，公共卫生的发展处于艰难的困境。但各地的医务工作者仍继续开展工作，并取得了一定的成绩。
1920年，广州设立自治市，将原来的卫生行政处归于市府管理，加强了公共卫生管理。该处新设卫生及预防二科及卫生教育和生命统计两个办公室。该处负责的工作有：1、街道清洁；2、对公共场所卫生的监督和管理；3、出生、死亡、结婚及其他生命统计登记；4、医生、药店及私人医院登记；5、公共卫生实验室，传染病医院，精神病院管理等。广州的公共卫生工作是中国医生在一个有限而必需的规模上开展公共卫生工作的初次尝试。
1920年，铁路医官王吉民和女青年会的麦卡(Mack）在杭州发起了一个健康婴儿运动，并得到有关部门的赞助。该运动包括3个主要部分：1、卫生教育；2、婴儿服装、食品、用具展览；3．为婴儿体检，并对母亲提出指导和建议。1922年5月，苏州成立了一个公共卫生联合会，开展卫生宣传，举办免费诊所。长沙也成立有类似机构，并在1915年和1923年举行过二次大的卫生运动。
由于政局动荡，中国的公共卫生事业发展是零散、自发的，虽然在局部地区得到地方政府的支持，但是间断地，加上当时的公共卫生工作本身也缺乏完整性、系统性。这种状况在北京第一卫生事务所成立后有所改变。
1925年，北京协和医学院公共卫生系与北京京师警察厅协商，在北京市东城设立一个卫生示范区，一方面为了促进北京的公共卫生工作，另一方面也为协和医学院学生提供公共卫生教学和实习基地。同时设立京师警察厅公共卫生事务所管理此区。该所工作范围包括生命统计、环境卫生、卫生教育、疾病医疗等项。该所除为协和医学院培训医护人员之外，还举办公共卫生医师及护士进修班，以及接待来自全国各地的短期专科人员。1928年南京中央卫生署成立后，该所更名为北平市卫生局第一卫生事务所。该所的建立对发展当时全国的公共卫生工作起到了示范作用。
1926年8月，上海市卫生科成立，从而取代了前已设置的，徒有虚名的警察局和市府当局的卫生科。美国约翰·霍普金斯公共卫生学院毕业的胡鸿基主管该科工作。其主要任务是负责公共卫生事务及街道清洁、生命统计、医务管理、肉食检查、传染病管理等。
一、急性传染病和寄生虫病的调查
在我国近代，危害人民健康最严重的疾病是急性传染病和寄生虫病。在全国各地区流行的急性传染病及严重寄生虫病有数十种之多，由于旧中国的医疗卫生机构中能及时报告疫情的为数甚少，因而对于疫病的实际蔓延情况无从获悉，本世纪30年代，我国医学家为了解疫病的流行情况，以制定防治对策，曾对19种传染病及寄生虫病作了调查。当时卫生署与卫生实验处合作，选定19种传染病、寄生虫病在华北、华东、华中、华南等地区的蔓延情况作为调查范围。选定的疾病为：钩虫病、姜片虫病、肺吸虫病、血吸虫病、炭疽病、丝虫病、鼠疫、天花、流行性脑脊髓膜炎、黑热病、狂犬病、霍乱、伤寒及副伤寒、麻风、回归热、斑疹伤寒、白喉、疟疾、猩红热。
在全体29,468名病人中，按各种病加以比较，以疟疾为最多，计14,742人，占全体19种病的50.2%；其次为钩虫病，占13.1%；再次为伤寒、黑热病、白喉等。各医院报告霍乱共73人，但都未经过细菌学诊断，仅可作为疑似症。
在地域分布方面只能观察其大概情况。钩虫病以华南为最多，华中次之，华北最少。流行性脑脊髓膜炎、伤寒及白喉以华中为较多。血吸虫病及姜片虫病仅局限于华中，在华南及华北均极少。黑热病及猩红热以华北为最多，华中次之，华南最少。麻风及疟疾均以华南为最多，华中次之，华北最少。天花及斑疹伤寒各处相差不远。
以上19种传染病及寄生虫的流行情况，调查只有一年，数量不多，虽与实际流行情况有不尽符合之处，但亦可以窥知当时在医药卫生极端缺乏下的一般重要疾病的大概情况，可供当时医药卫生事业规划参考。
二、主要急性传染病和寄生虫病的防治
前已述及，我国近代的天花、鼠疫防治工作已初步展开。同时对其它主要的急性传染病和寄生虫病的防治也陆续进行。如1932年，海港检疫总管理处兼办的中央霍乱局，收集各地的疫情，并进行实验室检验，将霍乱列为海港检疫疾病之一。
疟疾在我国全国范围内流行甚广，危害广大人民尤其是农民的健康，丧失其劳力。应元岳比较全面地综合了全国各地的疟疾流行状况，指出疟疾在我国以间日疟为最普遍，次之为恶性疟，但在北纬35℃以北，似无病区的存在。三日疟散见于各地，其病区较为疏散。此外，学者对我国疟蚊的种类、疟原虫的种类均有研究。疟疾的治疗以奎宁为主要的治疟药品，曾在海南岛及我国南方适宜地区试种奎宁，迄无成绩，一直仰赖于国外的输入。至于扑灭疟蚊等预防本病传播的措施，限于农村的经济衰落，在民不聊生的旧社会里是极难做到的。
血吸虫病在我国分布极为广泛，蔓延于江苏、浙江、安徽、江西、湖北、湖南、四川、广东、广西、福建、云南，贵州等广大地区，为国民经济之大患，人民健康之威胁。虽然一些地区开展了血吸虫病的防治，如灭虫卵、治疗病人、灭螺、提倡使用胶皮靴及橡皮手套等，但由于农民贫困，大多数难于实施的。
黑热病在我国是一个严重的病灾，它和血吸虫病、疟疾和钩虫病一样严重地危害着我国人民，称为寄生虫病中的四大家族。黑热病在我国沿海各省流行，从1875年开左右开始，到1949年已有约近80年的历史。在长江以北的广大农村里，尤其在山东、江苏、安徽、河南、河北等省黑热病盛行，农村中劳动人民生活十分困难，随时都可以遭受疾病的侵袭。1934年卫生署的卫生实验处派姚永政、孙志戎、蒲南谷等组织黑热病防治队到江苏进行调查。在淮阴地区的农村里发现82%的村庄都有黑热病，几乎每家有一两名病人。有的病村里黑热病患者的人数竟占人口总数的32%，可见当时的流行状况是十分严重的。于是，卫生署派蒲南谷、孙志戎等到清江浦设立黑热病防治所，开展防治工作。
1923年北京协和医学院所设的钩虫病委员会向全国各大医院及医学院校进行中国各地钩虫病流行的调查，调查发现钩虫病在我国的流行是极为广泛。本病的重要病理变化为贫血，主要是由小肠粘膜出血所引起，严重的钩虫传染可以引起大量失血。儿童长期患本病，易引起营养不良、生长发育障碍和侏儒症，严重感染的孕妇易引起早产或死胎。但在旧中国始终没有筹划实施过规模较大的防治措施，只有少数医学工作者进行一些调查研究工作。
血丝虫病在我国的流行有很久的历史，血丝虫病在我国温热带，低平面流域各省，如山东、广东、四川、湖南、湖北等省都有流行。血丝虫病的分布与各该地区的地势和气温有很大关系，我国内部高原各地很少发生此病。丝虫的传播媒介为蚊虫，丝虫病的防治措施主要是灭蚊和治疗。在旧中国的农村地区经常蚊、蝇遍地，灭蚊工作是很难做到的。治疗丝虫病所用的西药——海群生和卡巴胂，药价高，疗程长，效果差，贫苦群众是负担不起的。
我国麻风流行情况缺乏详细的调查，约略估计为100万人。麻风疗养工作始于1867年汕头教会医院，首建患者的独立住所。以后全国各地陆续设立丁一些麻风院。当时医药无能为力，只能使患者安居待毙。据1935年中国麻风协会的报告，1934年募捐6万元，在上海郊区建立麻风院，于过去两年内从菲律宾运来的治疗麻风药物，配给全国的麻风院及诊所，对于无钱医治的病人免费赠送给。1934年发给江西、南昌麻风院、广东的海南的海口麻风院、湖南的兴化麻风院、江苏如皋的李、傅两代麻风诊所和广东的较泰康麻风院。同时编发订风季刊，发送全国各地。
一、城市卫生工作
南京政府成立后，在改进卫生行政工作的鼓励下，政府部门开始注意城市的公共卫生事业。1929年，已有9个城市成立了独立的卫生部门，然而不久有些城市又把它转归公安部门管理，这主要是由于当时的城市经济还很难负担这种庞大的行政机构，此外人们对公共卫生的重要性尚认识不清。兰安生在1934年对我国19个10万人口以上的城市公共卫生工作进行了调查，调查结果表明中国城市卫生工作一是缺乏足够的资金，二是缺乏称职的人员，成绩总体来说是微不足道的。他认为多数城市对公共卫生工作的关心主要限于清扫街道，因此，他认为卫生官员更应重视妇幼卫生、学校卫生、流行病控制等方面的工作。
当然，在少数几个大城市公共卫生工作还是取得了一定的成绩。在环境卫生方面，主要工作是清道工作，除了清道工作之外，卫生部门也开始注意到清洁水的供应问题。此外对粪便处理、理发店、澡堂、游泳场和公共娱乐场所的管理、蚊蝇蚤虱臭虫的消灭、公墓的设置和管理等亦有若干规章公布，但往往难以施行。
在控制传染病方面，一些大中城市逐渐建立了疫情报告和防治体系；1934年上海在闸北开设了一所l50张病床的隔离医院，l932年南京成立了夏季流行病预防联合处，同时还开设了有40张病床的隔离医院。北平、汉口、广州等地也都新建和扩建了类似的医疗机构。北平市卫生局与国立北平大学医学院合作，在1933年12月创立了第二卫生事务所，其业务与第一卫生事务所相同，该事务所位于北平市西城区，与第一卫生事务所的区别是第二卫生事务所完全由国人创立、国人办理、财政亦由我国担负。
学校卫生工作也逐渐开展起来，最早的是北京京师警察厅试办公共卫生事务所。由于该所管辖的学校都是中小学,中小学生的身体发育有其特殊性，因此该所非常重视学校卫生工作。1934年5月，卫生暑召开卫生行政会议，厘订城市小学校卫生实施方案，经教育部公布后，又令全国各城市着手组织健康教育委员全，由教育行政机关主办卫生机关协助。中央卫生设施实验处卫生宣教科与中央卫生署和教育部合作，设立了中央学校卫生教育计划委员会。同年12月，委员会批准了一个城市小学校学校卫生计划。各省市县教育厅局组设省市县卫生教育委员会，推行学校卫生工作。据统计，至1937年，有16省开展了学校卫生工作。
工业卫生是城市卫生工作的又一重要内容。1926年，北京第一卫生事务所就开始对北京地区地毯工业卫生的调查和健康检查、疾病的预防和治疗。改善环境、卫生教育等工作。1929年和1931年南京政府先后公布了《工厂法》和《工厂检查法》。1929年11月、由卫生、劳动及商业部组成了工业卫生委员会。1933年，实业部设立中央工厂监督处，内设工业卫生科，由实业部与卫生署合作。同年11月又设立安全卫生研究委员会，研究和推行工厂安全卫生事宜，使得工业卫生有了一个主管机构，工业卫生科还制定了一个详细的计划。然而，这些计划大多停留在书面上，实业部仅颁布规章制度，而缺乏实际的工作。
1935年吉尔(Gear HS．)和朱钰宝等对上海市印刷工业的工业卫生状况进行了调查，体检发现有2/3的人患有各种疾病，工作铅中毒的比例很高，工作的营养不良状况极为普遍；童工往往受到更苛刻的待遇。伊博思(ReadB．)、何藤等对上海镀铬工厂的调查也发现存在着同样严重的问题，他们对工人体检发现许多电镀工人患有因职业所致疾病：结合膜炎和慢性溃疡、鼻部溃疡、鼻中隔穿孔等。
工人的工作环境也相当恶劣，如吉尔等对上海印刷厂的调查发现，工厂都系家庭式工场，由民房略加改造，设备简陋，工作地点狭小，无充足的阳光和流动的空气。伊博恩、何藤等的调查发现电镀行业的51家工厂同样存在着类似问题。因此，医务人员呼吁制定公共卫生方针和工厂卫生法规并切实执行已制定的安全卫生措施，以保障工人的生命和健康。
二、乡村卫生
中国人口的85%是农民，因此农村卫生工作是中国公共卫生工作的重要方面。早在20年代，我国一些先进分子已认识到农村问题，并开始了尝试性的工作，如1923年县阳初在北京成立中华平民教育促进会。1929年选择河北定县为实验县，研究和改善农民生活，其中包括推广公共卫生预防疾病，解决医疗照顾等问题。
1928年，北京协和医学院公共卫生科主任兰安生邀请晏阳初到北京协和医院给住院医生介绍当时农村的社会经济情况。不久兰安生派遣姚寻源去定县实验区主持卫生部门的实际工作，这是我国医学院在农村建立公共卫生教学基地的创举。然而由于缺乏经验，实验区的卫生工作依然按照教会医院的工作模式，与其它部门的实验工作联系不多，因此效果不佳。1931年，陈志潜接任姚寻源的工作，并兼任中华平民教育促进会卫生教育部主任。经过深入细致的调查，陈志潜等提出了发展农村卫生事业必须由下而上的策略，并决定在村设保健员，主要开展预防疾病的宣传和简单的医疗保健工作。村以上设区保健所，负责门诊治疗、布置区内预防工作和监督村保健院工作。区以上设立县保健院，除开展一般医疗卫生工作外，还提供当地护士和助产士实习。在北京协和医学院公共卫生科的帮助下，中华平民教育促进会于1932～1935年在定县创造了由村到区到县的卫生保健网，建立了一套比较完整的乡村卫生制度，为解决大多数农民缺医少药的状况进行了有益的探索，并取得了一定的成绩，此项创举引起了国内外公共卫生学者的注意。
1929年，中央卫生署与陶行知所创办的南京晓庄乡村师范学校合作，试办乡村卫生实验所，除在学校内实施学校卫生工作外，并设立联合医院，作为办理乡村卫生的中心。1930年秋，晓庄师范关闭后，乡村卫生工作移到汤山试办，成立了汤山乡村卫生实验区事务所，主要任务是研究乡村卫生实验方法，训练乡村卫生人员。
此外，还有一些地区也开展了乡村卫生工作，如1931年，在北平第一卫生事务所的协助下，燕京大学社会学系与清河镇乡村试验区合作建立卫生股。道济医院在北平郊区西山附近办理乡村卫生工作。1933年，梁漱溟提倡乡村建设运动，并与齐鲁大学医学院合办山东邹平县实验区卫生院。上海卫生局在吴淞、高桥、江湾也开办了卫生实验模范区，亦属于乡村卫生工作性质。
1932年秋，中央卫生设施实验处医疗救济及社会医学科成立了乡村卫生处，其主要职能是：1、通过在指定地区的具体研究工作，制定可行的卫生计划；2、通过宣传及示范，促进各地的工作。
卫生署鉴于实验区卫生机构不易在广大乡村推广，于是提倡建立以县为单位的乡村医疗卫生体系，即以县立医院为中心，进行防疫、医疗、助产、卫生教育等工作。在乡村划区设立分诊所，设一护士或由医师巡回工作，在村设急救员，担任简易的卫生工作。
尽管如此，要改善我国农村医疗卫生的落后状况依然困难重重。据李廷安对乡村卫生的调查，至1934年，全国乡村卫生机构仅有17个。由于人员及预算有限，这些机构主要是进行治疗工作，其次是传染病的控制，其他工作如公共卫生宣传、卫生清洁和对鸦片患者的治疗开展不全，而且各医疗机构的水平也很不一致。
显然，上述乡村卫生工作仅仅是作为试验区而开展起来了，这些工作还远远不能解决我国广大农村缺医少药的状况，但医务人员推动乡村卫生的尝试为后来的工作提供了可借鉴的经验是值得肯定。
三、妇幼卫生
妇幼卫生工作是卫生保健事业的重要一环。近代中国由于社会经济发展迟缓，人民生活贫穷落后、卫生条件差，加上大多地区采用的是旧式接生法，因而造成婴儿死亡率和产妇死亡率相当高。由于缺少准确的中国居民的生命统计资料，仅凭粗略的估计，我国婴儿死亡率为200‰，产妇死亡率为15‰，此外，尚有因生产而遗留各种残疾，以致无法医治的妇女不计其数。至于婴儿的先天卫生保健，如孕期营养和胎儿护理更谈不上。由于婴儿的先天不足和后天缺乏合理的营养和维护，以致每年不幸天折的婴儿达360万人。
我国医务人员对于这种状况早有了解，并期望采取有效措施改善这种状况。1928年，北平协和医学院公共卫生学讲师杨祟瑞在中华医学会的会议上提出了训练助产生的建议。同年8月，北平市卫生局接受了杨氏的建议，并于9月组织了一个助产士委员会，主要负责训练旧式产婆的工作。卫生部也采取迅速的步骤，在教育部的合作下，于1929年1月成立了中央助产委员会，主要任务是设计一个示范性助产学校，管理和保管助产训练的基金；决定助产教育标准和视查公私助产学校。
1929年11月，第一国立助产学校在北平成立，杨祟瑞被任命为校长，曾宪章为教务长。1930年，卫生部妇幼保健科公布其规划：训练助产士；设置全国范围内，妇幼保健机构和提交妇幼保健问题等，同时还公布了一个五年计划。
1934年北平市政府与学校合作，设立了一个儿童保健站，开展妇幼卫生的调查、咨询等工作。北平市第一卫生区的儿童卫生工作也得到一定的发展。此外，杨祟瑞利用学校普及妇幼卫生的经验，几经筹措，于1930年2月成立了“妇幼卫生委员会”，推行计划生育，以改善妇女的身心健康。
在卫生署的推动下，全国一些大中城市陆续开展起妇幼的卫生工作：1933年9月，南京中央助产学校成立。1934年，上海在闸北设立了一个妇幼卫生中心站。同年镇江的省立助产学校开展了全省的妇幼卫生工作。此外，安徽、浙江、江西、甘肃、陕西、山东、河北、湖南、福建及云南等的部分地区也建立了助产学校，开展妇幼卫生工作。
中国儿童福利联合会在儿童保护、儿童救济和儿童健康方面也开展了一系列的工作，为促进儿童福利照顾和治疗贫穷病儿起到了积极作用。1934年，联合会在上海召开了儿童福利事业的全国性会议，以推动全国的儿童福利工作。
总体来看，上述工作主要在少数城市中开展，其作用和效果是非常有限的，而全国广大的城镇乡村妇幼卫生工作依然相当落后。
四、食品卫生
1912～1927年我国已有食品卫生工作的萌芽，很多学者提倡向西方学习，讲求饮食卫生。接受了西方卫生观点的学者呼吁重视卫生，制定符合国情的法律法规，培养专门人才，提高人民身体素质，减少疾病的发生等。这些新鲜的西方卫生观点无疑对政界起了相应的影响作用，在当时北洋政府的卫生行政机关中设置了负责掌理饮料食品取缔事项与屠宰取缔事项以及负责饮食物、清凉饮料检查及著色品检查事项的部门。如内务部的警政司第五科掌卫生行政事项、第六科掌卫生监督；卫生司第一科负责饮料食品取缔事项、第四科负责饮食品及清凉饮料、著色品检查。这时期制定了一些包括食品卫生内容的法规，如《京师警察厅管理饮食物营业规则》由卫生警察监督卫生法规的实施。
1927年4月18日，国民党在南京成立国民政府，设立了卫生部。当时卫生部设5个司，其中保健司、防疫司的工作都有食品卫生的内容。如保健司工作内容的第二项为“关于饮料食物及其它制造原料品并卫生有关各商品之检查事项”。防疫司工作内容第一项为“关于传染病之调查预防及扑灭事项”。第五项为“关于牲畜屠宰之检查事项”。
这一时期制定了一系列的食品卫生方面的规章、章程、一些食品的标准和饮食、饮食器具的检查方法。这些标准、规章、章程的实施由公安局中卫生警察监督、管理。1928年成立了中央卫生实验所，掌理检验、鉴定、制造、研究等事项。1932年，设了中央卫生设施实验处。食品卫生工作分散在防疫检验(食品及用品、饮料的微生物、化学检验)和环境卫生(饭店、饮食摊点的管理)中。此外，南京的中央防疫处，卫生署的营养研究所也都有一些食品卫生方面的工作。除国民政府办的研究机构外，还有一些外国财团主持的研究所，如上海的雷士德研究所、上海的自然科学研究所也都进行食品卫生方面的研究工作。
学术研究主要包括：由不洁饮食而导致疾病，不洁饮食与疾病的关系；不洁饮食作为传染病的中间媒介；饮食中金属的含量；饮食中营养素的利用效用、含量调查；不同制作方法对食物的影响；饮食与身体的关系；营养素检定方法等问题。
一、始创检疫的历史背景
早在1684年清康熙开放海禁的次年，清政府己在沿海分设粤海关、闽海关、浙海关和江海关，代替唐宋以来的市舶司，管理对外贸易征税事宜。1842年中英南京条约签定后，我国被迫开放五口通商，随后每种不平等条约的签订，都要开放一些通商口岸。
随着通商口岸的不断开放，对外贸易与商船来往也日益频繁。此时，东西方由于海陆交通的发达，鼠疫、霍乱等烈性传染病一次又一次形成世界性流行。为了防止这些传染病借着交通线路蔓延传播，欧洲一些国家包括其所属的东方殖民地，已创始检疫并逐步完善其措施。当1873年印度、暹罗(泰国)、马来亚、印尼等霍乱流行并向海外广泛传播时，上海与厦门先后制定检疫章程，开始实施海港检疫，由海关兼办，委派医官对疫区来船实施检查与卫生处理。而汕头也在1883年菲律宾霍乱流行时开始检疫。除上述沪、厦、汕外，其他开放口岸，当疫区来船上有病人时，同样由海关派医官上船查验，如天津(塘沽)、北海、海口、温州等。有的也委派教会医院(如宁波由华美医院，福州由马江圣教会医院)的医生兼任。
1894年南美鼠疫大流行时，以香港、广州为中心，在闽粤沿海传播蔓延，南北波及桂、赣、浙以至上海，并有继续北上的严重威胁，为此沿海各口岸纷纷制定检疫章程，加强船舶检疫。由于这一时期，大部分通商口岸实施检疫多由海关兼办，委派医官上船查验与卫生处理，故称为海关检疫时期。
二、制定检疫章程与实施疫船处理
为使疫港来船实施检疫时有法可依，上海于1873年7月21日仿效西欧一些国家商订的卫生条约，初拟检疫章程4条，次年又经修改为8条。1925年上海又修订新的检疫章程。厦门、汕头、广州等口岸也相继制定了防疫章程。
从沪、厦、汕等港口早期的检疫章程可以看出，除了检疫措施与西欧国家类同外，对哪些疫港来船应实施检疫，需要得到领事团的认可，中国当局无权决定，违反检疫规定必须送所属各国领事查办，中国当局无权处理，说明在帝国主义操纵下的海关兼办的检疫事业，同样体现了其殖民地性质。
三、移民检疫
在旧中国，人民生活极端贫困和痛苦，居住在沿海的农民不少移民到南洋群岛当苦力，尤以闽粤两省最多，厦门和汕头同为当时移民出口中心。早期出洋多以大帆船为交通工具，1866年后始有轮船载运华侨至东南亚各地，每年多达几十万人。帝国主义对这些华侨在抵达其殖民地时，常常利用检疫措施，百般凌辱歧视，因此出发港的检疫工作要完全适应于对方口岸的苛刻要求，成为帝国主义欺压中国移民的一种特殊方式。
四、海港检疫管理处成立
1930年7月1日在上海成立的全国海港检疫管理处，逐步收回全国海港检疫工作与成立检疫机构，统一全国卫生检疫事宜。首先接办上海海港检疫与蒸熏轮船事务，设立吴淞检疫分站，接管吴淞防疫医院，建立海港检疫医院。1931年1月开始先后收回厦门、汕头、营口与汉口(长江)的检疫权，1932年又陆续收回安东(丹东)、营口、天津、秦皇岛、大沽等地的检疫权并成立相应的检疫所，从而结束了中国海港检疫由海关或其他港务、警务以及地方卫生部门兼办，各自为政，条规不一，业务混乱的局面。
“海港检疫管理处”于1930年公布全国第一个《海港检疫章程》，规定鼠疫、霍乱、天花、斑疹伤寒与回归热为检疫传染病。同年10月又公布“海港检疫管理处章程”。各检疫所每年均有工作报告上报，连同历年学术论文，由管理处汇集编写中英文《海港检疫管理处报告书》第1～7册(1931～1937年）。
1930～1932年上海霍乱大流行，当时海港检疫处成立伊始，卫生部在上海召开预防霍乱会议，成立“防御霍乱事务所”于该处，由伍连德主其事。除霍乱外，鼠疫也是当时中国猖獗流行的检疫传染病。管理处对各港口的鼠蚤研究，拟定统一的计划，自1931年开始，在上海、厦门、广州、汉口、塘沽分别开展调查，积累了我国早期有关检疫的宝贵材料。上海、厦门、广州与各地海港检疫所，当天花、鼠疫、霍乱等在当地流行时，检疫病院均积极隔离收治病人。
五、战争时期的卫生检疫
抗战时期，沿海港口相继沦陷，各检疫所多由日伪接管，仍归海关兼办，由日方派人负责。国民党政府西迁重庆后，曾设汉宜渝检疫所(合并汉口与宜昌检疫所)与滇边检疫所〔合并蒙自、腾冲、浣町检疫所)。抗战胜利后，国民党政府接收各地政权，1945年10月卫生署收回上海海港检疫所后，同时通令各地卫生局从海关收回东北和沿海各检疫所，并增设青岛、海口、福州、台湾和长江检疫所。台湾省1945年回归中国后，1946年成立台湾检疫总所，设基隆、高雄等海港检疫所、检疫分所以及松山航空检疫所等共17个。1946～1947年由于各主要港口均开展空运业务，又相继实施航空检疫。为防止陆路交通传播天花、霍乱、鼠疫等疫病。各地检疫所也在相应的铁路、公路、内河等交通线上设置检疫站。