（一） 阴阳学说
本世纪五十年代以来，中医界对阴阳学说的渊源、基本内容、性质、作用与地位等进行了整理和分析研究。
例如任应秋在《阴阳五行》一书中，提出了阴阳学说“两体合一”、“动静升降”、“始终嗣续”、“两极反复”四大规律，以阐明阴阳的奥义。在各种中医理论的教材和专著中，阴阳学说的基本观点被归纳为：自然界一切事物均可被分为阴阳两大类，是万事万物的根本。阴和阳又是无限可分的。阴阳之间存在着相互对立、相互依存、相互转化的辩证关系。阴和阳又处于动态平衡之中。八十年代以后，学术界进一步从多学科来论证阴阳学说的科学性。如许多学者从控制论、系统论、信息论的角度来分析阴阳的对立、依存、消长、转化。
九十年代以来，应用控制论、系统论、信息论来研究阴阳五行学说的热潮已逐渐降温，代之而兴的是以阴阳五行学说来说明医学和易理的关系。“医易同源－太极”，太极图的模式被认为可追溯中医阴阳学说、健康和疾病观的源起。虽然阴阳学说的科学性在现代不断被从各个角度加以证实，但近年来也有人认为中医的阴阳五行学说束缚了中医学在现代的发展，以致许多带有先进科学性质的医理，不是被排除在外，便是被改造得面目全非，而融合在阴阳五行学说之中了。
（二）五行学说
五十年代以来，在关于五行学说争论的过程中，对五行的来源及发展研究得比较明晰。继承整理并挖掘五行学说的内涵，探讨它的理论和实用价值，是五、六十年代相关研究的主要方面。但在1966年“文革”开始后，这方面的研究中断了数年。
七十年代中后期以来，有关五行的讨论增多。除讨论五行学说的内容、五行在中医临床上的实用性、形成历史等内容之外，更为多见的是把五行学说与控制论、系统论、电子计算机技术原理和方法联系起来。
八十年代的五行学说研究已不仅仅是把它作为一个哲学概念，而且也是作为自然科学的内容加以研究。从天文、气象角度探讨五行学说的研究者认为，天文概念的五行是指宇宙的自然节律；气象概念的五行是指风火燥湿寒五气的运动。天文气象五行学说已成为中医气象学的重要内容，贯串于中医基本理论各个方面。
九十年代以后，用控制论、系统论、信息论来研究五行学说的热潮已降温。有的学者认为哲学中的五行转变为医学上的五行，并不在于粗疏的形式类推，而是基于相当缜密的数学群论原理，故五行学说的生命力具有合理性与实用性。在大量的从各个角度阐释五行学说的合理性、科学性的同时，也有学者冷静地反思阴阳五行学说对当代中医发展的消极影响，认为中医五行学说虽然有其合理内核，但糟粕成分显而易见，必须从形式到内容进行改造。
（三）藏象学说
五十年代以后到“文革”前，中医藏象理论研究主要运用的是传统方法，如文献考证或临床验证等。经过“文革”十年的沉寂之后的藏象学说研究，在传统研究方法之外，又出现了用现代科学方法来研究藏象实质的新局面。
脏腑的文献整理研究在六十年代就已是某些中医研究机构的重要工作。七十年代中后期，脾胃的文献研究取得了初步的成果。从文献角度考证，中医的脾包括现代医学的脾和（或）胰，但其功能却相当于现代生理学的消化系统的主要功能，还涉及植物神经、内分泌、免疫、血液、代谢以及肌肉等方面的功能。从局部来看，还与胃肠局部变化、小肠吸收功能和胰腺功能关系较为密切。鉴于有关脾阳的论述较多，而脾阴则少有研究，故八十年代初有关研究从脾阴的含义与作用、脾阴虚的证候进行探讨，并分析脾阴虚与胃阴虚的异同。
肾及其相关的命门、天癸的文献学研究在五十年代以来逐渐深化。命门是近现代中医学术界争论不休的一个问题。现代中医学术界多倾向于认为命门不是一个解剖实体，而是机体某些重要生理功能的总称。对命门的生理功能的认识也趋于统一。与肾相关的另一个有争议的内容是首见于《内经》的“天癸”。现代通过对“天癸”和肾中精气的关系及其生理效应的争议，认识逐渐趋于一致。六十年代通过文献整理，将历代对“天癸”的不同见解归纳为8种：①男精女血说；②月经说；③肾水说；④元阴说；⑤元精说；⑥肾间动气说。其中肾水说、元阴说、元精说在现代中医学术界仍深有影响。但现代学者对“天癸”的争议更倾向于其生成来源。“天癸”来源有源于肾气、源于肾水、元阴、源于肾所藏的精气诸说。围绕作为肾中精气充盛到一定程度产物的“天癸”产生的争议，主要还是理论上的，很少与临床治疗相联系。
（四）辨证论治理论
五十年代初期，朱颜、任应秋、秦伯未等老一辈医家已经提出了辨证论治的体系概念。
关于辨证论治的“证”字的含义，以及“证”与“症”、“病”义界的划分问题，八十年代以来对此争论尤为激烈。争论的结果并不在于几个词义的界定，而是进一步明确了中医辨证论治的内涵，为证的规范化研究铺平了道路。1983年组织成立了“中医证候规范研究”课题组，专门对证的概念及其规范化问题进行了研究。经过几次会议的讨论，在1990年“全国中医病名与证候规范研讨会”上已形成的比较一致的看法是：“证”是机体在疾病发展过程中某一阶段的病理概括。它以一组相关症状与体征反映该阶段的主要病变，揭示病因、病位、病性和邪正关系。证与病有上下层次之别，“病”反映疾病全过程的本质，“证”反映疾病某一阶段的本质，受疾病的特殊本质所制约。对将“证”归属于“病”的提法，也有的学者认为是一种观念上的失误。有关病、证的讨论还在深入进行之中。
（五）治则治法理论
治则概念的拓宽，同时也就意味着内容范围的扩大。印会河认为治则应包括治病求本。以平为期、调整阴阳、标本论治、扶正祛邪、三因制宜、正治反治、治未病、同病异治、异病同治、随证治之等内容。姜春华曾提出“截断扭转”的治则，被认为是温病治则的一定意义的突破和创新。他认为治疗温病不能拘泥于“卫之后方言气，营之后方言血”、“到气才可清气”的顺应疗法，主张采用先证而治，截断扭转的原则，即重用清热解毒，抑制病原，使病程阻断或缩短；早用苦寒攻下，迅速排出邪热瘟毒，及时凉血化瘀。此理论经各地验证，证明对中医温病的治疗，可提高疗效缩短病程。在某些治则的提法上现代仍存在争议。如谓“月生无泻，月满无补”也属治则。又谓在“三因制宜”之应外加一“因势制宜”的治则等。
治法研究在现代一般中医基础理论书中很少提及，但治法却是研究治则的基础和落脚点。因而在建国后的第一部《中国大百科全书·中国传统医学》中，将治则与治法并列。
治则的实验研究不多，但治法的实验研究却不少。现代中医治则、治法实验研究多集中在扶正培本、活血化瘀、清热解毒、通里攻下等方面。其中研究最多的莫过于活血祛瘀法。五十年代末以来，临床运用活血祛瘀法治疗的疾病非常广泛，如心血管系统疾病、脑血管病、血管病、广泛性弥漫性微循环障碍病、自身免疫性疾病、增生性病变、妇科病、各种炎症、各种疼痛，以及某些癌症等。与活血祛瘀法机理相关的实验研究报道也很多。
（六）运气学说
建国后的17年（1949－1966），五运六气的研究还属于比较深奥的问题。某些医史学者将运气学说作为历史加以探讨，追溯其源起和演变。其中以范行准先生《五运六气说的来源》一文影响较大。此后范先生又在1961年印行的《中国医学史略》一书中再次重申他对运气学说的贬抑态度。尽管范先生把运气学说称之为“近于宿命论”的“式占”之术，但在建国后17年间，并不妨碍其他学者介绍或运用运气学说。当时对运气学说持肯定态度的学者可以自由地在报刊上撰文或出版专著来介绍五运六气的基本知识。1959年，任应秋先生出版了《五运六气》（上海科学技术出版社），是为现代第一本运气学说的入门之书。该书以《素问》七大论为本，系统讨论了运气学说的各有关问题。至1962年，该书已印刷了4次。1962年，胡海天先生于《广东中医》发表连载文章，作“五运六气”的讲座，在中医界亦有一定的影响。
在当时对运气学说有存、废两种意见的情况下，中医学院的教材如何处理这部分内容的问题上也出现了争议。最后折中的意见是将运气学说以附篇的形式列于书末，由学员据自己的兴趣加以取舍。对运气七篇是否是《素问》原文也采取回避方式。
1966年“文化大革命”开始以后，教材中连五行学说也遭到严厉的批判，更不用说运气学说了。它连上教材接受批判的资格也没有。“文革”结束以后，运气学说才又重新登大雅之堂。但这次运气学说的命运非同昔比，它不仅在中医界得到了很多人的青睐，而且也引起了某些其他学科人士的浓厚兴趣和重视。研究运气学说在七十年代末以来异乎寻常地成为热门，研究专著也陆续问世。
八十年代以来，对运气说持肯定态度的学者从理论文献和实际验证两方面来进行确立自己的观点。任应秋先生认为运气学说“是中医学在古代探讨气象运动规律的一门科学”，即中医气象学。方药中先生认为，运气推算的“干支格局”，是古人对天象、气候、物候、病候长期观测的总结。它吸取了当时天文、地理、历算、哲学知识，运用阴阳五行和干支的排列组合形式来加以表述。但是，运气推算只是的部分内容，因此不能以现代气象验证的符合率来评价运气学说的价值。
（七）体质学说
现代中医体质研究最有意义工作是进行了中国人的体质群体调查。薛崇成以中医气质阴阳学说为依据，把人的性格分成太阳、太阴、少阳、少阴、阴阳和平5大类，再根据心理测试原理制成了阴阳分型的问卷，在全国进行调查。他制定的DY性格测验表已通过国家级鉴定。
疾病与体质的关系是体质学说与临床紧密相关的具体体现。有关某些疾病的产生与体质的研究表明，老年人异常体质和异常情志较正常体质人更容易患胃病。肺癌病人中，初步发现气虚质的比例较大，这与中医传统的“肺主气”是相吻合的。体质与体型、季节发病也有直接关系。
体质学说的实验研究开展得还不多，但随着研究向纵深发展，八十年代中期以后研究者开始注意用实验手段来探寻不同体质人群的生物学基础。从现代病理学研究发现，痰湿体质的人其新陈代谢一般比较低下，脂肪代谢缓慢，而且血中低密度脂蛋白含量增高，高密度脂蛋白含量降低，低密度脂蛋白将多余的胆固醇堆积在动脉壁上，从而容易引起动脉硬化和冠心病。还有的研究从体质遗传学角度，研究了广东汉族健康人的中医体质类型与HLA基因频率分布的关系，获得了不同体质类型的综合性指标，反映了传统中医体质类型的遗传及基本特征，证实中医体质类型的客观性。
（八）中医时间医学
五十年代初，中国大陆的中医发展迎来了一段黄金时期。在理论上，随着《内经》研究的深入，时间医学也日益受到学术界的重视。1955年，四川名医吴擢仙在出席全国政协会议时，向中央首长献出了子午流注环周图，引起了世人对时间针刺疗法的关注。承淡安的《子午流注针法》、任应秋的《五运六气》等著作相继问世，时间医学的研究已经开始露出端倪。然而六十年代中期“文革”的掀起，使刚露头角的中医时间医学研究又沉寂下去。子午流注在“文革”中也被作为封建的、迷信的东西而无人敢问津。
七十年代末期，“文革”结束后迎来的科学的春天，是为发展这一古老的中医理论的契机。现代时间生物学的兴起，为中医时间医学的再度发展起了一定的促进作用。八十年代是中医时间医学研究达到了一个的高峰，以“中医时间医学”为名的一门新的学科已基本形成。周铭心等的《中医时间医学》、胡剑北等的《中医时间医学》、刘炳权等的《古今时间医学》、张年顺等的《实用中医时间医学》相继出版。运用文献整理、临床观察、调查分析和实验研究等手段对中医时间医学进行的研究，为阐明这一学科的科学性作了大量的工作。
大量的实验或观察用于揭示脏腑、经络活动的节律。从四时死亡病种来看，肺心病多死于冬季，肝经病多死亡于春季，心经的病多死于夏季。
诊断方面，对常人脉象的观察，结论是与“人气”一日四时的变化规律相合。在疾病状况下，正常节律则被破坏。四季变化与脉象的关系是：脉率是冬快夏慢，脉位是冬偏沉、夏显浮，脉波幅是夏最高、冬最低，春秋处于过渡状。
时间治疗学方面，中医则讲究“春夏养阳，秋冬养阴”。根据这一原则，有的研究者在“夏至”开始给慢性支气管炎患者服加味右归丸，取得良好的效果。用药的效果的确与时辰或季节有一定的关系。现代时间药理学非常重视体内药物酶的活性节律，因为所有的药物包括中药在内，进入体内后都要受到药酶系的作用，从而影响其药效和毒副作用。这说明中医讲究时间用药是有一定科学性的。
子午流注针法的研究在近十几年中已有大量的研究。子午流注针法被认为是最明确的时间治疗学内容。现子午流注针法已广泛用于治疗痛症、高血压、瘫痪等40余种疾病，大多数收到较好的疗效。子午流注针法对心输出量和心排出量的影响试验中，运用肢体血流图为指标，发现按时开穴施刺较随机取穴组能显著使舒张期延长，心率减慢。灵龟八法也是一种按时取穴法，用此法治疗头痛，其效果优于循经取穴组。
(一) 腹诊
十年动乱之前，对腹诊注意不够，很少有人专门论述。由于日本汉方医界对腹诊的起源曾有所涉及，从而引起了对这个问题的重视，并对此进行研究和论述。学者根据古代医学经典的论述，认为腹诊起源于我国；日本著名汉方学家大冢敬节则认为，日本汉方界的腹诊可以分为难经派、伤寒派、折衷派等之不同，也说明其起源于我国。
随着这些争论的开展，使我国对腹诊的研究迅速发展起来。1987年，我国召开了首届全国中医腹诊专题学术研讨会，交流了在腹诊方面研究心得，使得这种诊断方法大大地繁荣起来，研究内容也十分广泛。
近些年来，对腹诊的研究，业已从单纯临证应用进而探素其客观化的检验，如有人提出光电腹诊仪的设想，通过用X射线荧光屏探测胃肠中含气量的多寡,以判断腹部胀满的程度，还有的对群体进行了临证调查研究，以使探索新的研究途径与方法。
进入九十年代，腹诊的研究有进一步的提高，表现在腹诊技术的客观化、标准化方面的探索和试验。如中国中医研究院研究生部与清华大学有关部门研制的QZ-1型中医腹诊参数检测仪，应用中医理论，制定定量指标，对718例患者进行腹诊检查，提出了腹诊的原理和新概念，对腹诊进行了理论构建，为这一诊断方法的辨证数据化、定量化提供了新的依据。该研究课题组并编成《中国腹诊》一书，从而使腹诊这一古老的技术在诊断学上形成了独立的体系，向一门独立分支学科迈进。
(二)脉诊
要客观检查患者的脉象，就要有检查的器械，脉象检测仪就是这种器械。早在五、六十年代，就已经有人设计简单的脉象仪，对客观检查做了尝试，由于影响脉象的因素很多，而且对脉象形成和构成脉象的各种条件也还没有深入的了解，因而初期的脉象检测仪器还不够理想，但这毕竟为脉象的客观化做出了初步的探索。
十年“文革”期间，检测仪的制作基本上处在停顿状态。
改革开放以来，脉象检测工作又重新提到议事日程上来，并且有迅猛发展之势。随着电子工业技术水平的发展，检测仪的设计与制作水平日益提高。早期的检测仪是北京医疗仪器厂生产的BYS-14心脉仪，随后有南昌八一无线电厂生产的MX-811液态换能器，上海医疗器械研究所曾制造出HMX-3C脉象换能器和MX-3脉象仪，它较以前的同类器械有较大进步，它能取得脉象、脉速、时差、取脉压力等多种信号，它对脉象的采集、建立定型图谱、有较好的作用。
在“六五”期间，中医的脉象检测仪的研制被列入攻关课题，此期间研制出来的MX-4C和MX-5多功能脉象仪，它们不仅能检测脉象的波形、脉压力、还可以检测、贮存、打印脉道形态的示意图，脉波--脉位趋势图及脉率趋势图，这些脉象图可显示脉位、脉幅、脉形、脉势、脉宽和脉率等。
用脉象检测仪所取得的脉象图的判读和分析，在八十年代取得一些成果，尽管还没有一个统一的判读标准，而只能用目测法读出其拐点、幅值和时值，以了解脉动的频率和节律，脉力的强弱，脉势的虚实及脉象形态，并通过它来了解和测算或估计血管的弹性、外周阻力，脉象的劲弛、软硬、滑涩等，但这些已为将来做出分析脉图的统一方法打下了基础。还有人做出“脉象信息计算机处理系统”，以自动采样分析，并输出包括脉率、面积及判别脉图所必需的十多项通用的特征值和扩充特征值，以此确定脉象的类型，并以此绘出脉波图、速率图、从而使计算机在脉诊中达到了实用的水平。此项成果也获卫生部1985年科技成果二等奖。
研究工作者还对若干临床上常见的脉象进行生理学和病理学的基础研究。其中包括浮脉、沉脉、弦脉、滑脉、涩脉、芤脉、迟脉、数脉、结脉、代脉、促脉等。如对浮、沉脉的初步研究表明，动脉管壁的搏动幅度的加大，是出现浮脉的主要因素。如当管壁振幅较大时，取法压力比较小，此时指感搏动明显，脉位就显得表浅但脉象的浮沉和此压力大小并没有必然的对应关系。
(三)舌诊
“文革”期间，舌诊研究与其他各项科研工作一样，受到极大的干扰，陷入停顿状态。
“文革”结束以后，舌诊研究进入了繁荣时期，绝大部分研究工作几乎都是在八十年代出现的，八十年代早期，有人报告了对大量正常舌象研究的结果。如陈泽霖通过对5403例正常人舌象的研究，孙远岭则板告了对2721例正常小儿的调查，提供了正常人的脉象报告。
八十年代早期还对舌脉进行了研究。早在1978年，就有人对舌脉做了初步研究，把其主干的充盈度分成三度，即以十、二十、三十代表之。据作者统计，95%的正常人主干的充盈度为十，其余5%为 。而正常舌脉的颜色多为淡紫色。
随着舌诊研究的深入，极需对这些研究工作进行规范化，特别是有关舌诊的词语、舌的部位等进行统一。在这方面，上海的陈泽霖等做了较多的工作。他在1982年著成《舌诊研究》一书，初步涉及这一工作，并公开出版。1984年，他们又发表了《有关舌诊的统一名词和舌上分部的规定(草案)》。
八十年代中期，又陆续有人对舌苔在流行性出血热、急腹症的诊断价值做了报告，如认为流行性出血热的舌质的发展是由淡红而变红或紫绛，而淡红；而舌苔则由白、黄而变白；舌苔还由润变干而再润，其变化亦提示此病临床上五个分期的发展规律。在急腹症中，舌象的变化基本上反映腹部病变感染程度，轻度炎症者，其舌质多淡红，而红绛舌则示腹内的化脓性及坏疽性病变；有些急腹症则表示炎症的性质，如在胆囊炎患者中，淡红舌多示慢性炎症，而红绛舌则示急性化脓感染。这些结论都经剖腹探查后证实。
九十年代以来，对舌象的研究进入了一个新的时期。
如中国中医研究院与清华大学有关部门合作，成功地研制成“中医舌象真彩色图象系统”。它是利用光、电、机械等学科的结合，摄取真彩色的舌象图形，对舌质、舌苔、舌面积、舌纹理分析、瘀点瘀斑进行摄象，并将它储存起来，可以与再现和舌色的三基色分析数字化。这种系统可通过系统硬件的设计，应用软件的设计，通过对舌象的摄取，存贮、调用、色度学参数的分析、苔厚指数测定、舌苔的面积，齿痕程度的估计、反光点的消除等多项功能，建立了常见的舌象数据库，从而制成了以国际色度学为依据的判断标准。