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“命门”一词，在中医学里其实有多种含义：
首先，命门一词最早见于《内经》，是指眼睛而言，如《灵枢•根结》说：“命门者，目也。”现在应用已经较少了。
其次，针灸穴位里也有个命门穴，属于人体督脉命，位于腰部正中，第二腰椎棘突下凹陷中，大致与人体肚脐眼平行，有培元固本、强健腰膝的作用，现代常用于治疗性功能障碍、前列腺炎、月经不调、慢性肠炎、腰部疾患等，所以每天坐在板凳上，可以挺直腰杆，揉按揉按，以强身健体。
最后，将命门作为脏腑之一而提出，如《难经•三十六难》说：“肾两者，非皆肾也，其左者为肾，右者为命门。命门者，诸神精之所舍，原气之所系也，故男子以藏精，女子以系胞。”指出了命门的所在部位及其功能。后世医家对于这种说法，有的推崇，有的则有不同的认识。明代张介宾在《景岳全书》中说：“命门为原气之根，为水火之宅，五脏之阴气非此不能滋，五脏之阳气非此不能发。”认为命门的功能包括肾阴肾阳两个方面的作用。所以，张氏创了一名方右归丸以借阴补阳，温补命门，治疗腰膝酸冷，精神不振，怯寒畏冷，阳痿遗精，大便溏薄，尿频而清等。
但也有人提出不同的看法，如明代赵献可提出命门的部位在两肾“各开一寸五分，中间是命门所居之宫，其右旁即为相火也，其左旁即天一之真水也。”并强调命门是人身中一个极其重要的脏器，是“十二经之主”，五脏六脏的功能活动，与命门之火密切相关。命门火主持人体一身之阳气，为全身生命机能之所系，是生命的根源。明代孙一奎说：“命门乃两肾中间之动气，非水非火，”他认为命门不是一个具有形质的脏器。综合各家所论，虽然说法不一，但他们对命门与肾阳的关系，认识还是一致的。从临床上看，命门火衰所表现的病证与肾阳不足的病证多属一致。在治疗中，补命门火的药物又多具有补肾阳的作用。因此，对于“命门”，不应机械地以所在部位来理解，而应从功能上来认识。命门火实际上就是肾阳的功能，所以称之为“命门”，无非是强调肾中阳气的重要性而已。
女子胞
奇恒之腑：
女子胞又名胞宫，位于小腹，属“奇恒之腑”，它的功能是主管月经和孕育胎儿。
女子胞在生理上和肾脏及经络中的冲脉、任脉的关系最为密切。《灵枢•五音五味篇》说：“冲脉、任脉皆起于胞中。”而生殖机能由肾所主。女子年至二七，肾中精气渐盛，胞宫发育成熟，则“天癸至，任脉通，太冲脉盛”，这时就有月经来潮，具有生殖能力；年至七七，肾的精气虚衰，则“任脉虚，太冲脉衰少，天癸竭”，于是月经闭止，生殖能力也随之丧失。所以，胞官能否正常排经和孕育胎儿，决定于冲、任二脉的盛衰，而冲任二脉的盛衰，又决定于肾的精气。如果肾的精气亏虚，冲、任二脉气血不足，就会影响胞宫的正常功能，出现月经不调，闭经或不孕等证。由于月经的通行和胎儿的孕育，都有赖于血液，而心主血，肝藏血，脾统血，所以，胞宫的生理功能与心、肝、脾三脏也有关系。当心、肝、脾的功能失调时，胞宫往往也受到影响，因而发生月经与妊娠方面的病变。
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