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秦岭中草药种类丰富、储藏量大、药用价值高，合理保护和科学利用这一资源，对促进我国中医药事业的发展具有重要作用。全国政协委员、中国中医科学院望京医院温建民教授在2014年两会期间提案，在秦岭建立国家中草药资源保护基地。
目前由于掠夺性采挖，环境破坏，秦岭中草药的再生能力在减弱，林药资源趋于衰退或濒临灭绝。存在的主要问题，一是地方政府和社会各界对保护秦岭中草药的必要性和紧迫性认识不足，保护紧迫感不强；二是保护难度较大。部分中药受到野草严重侵蚀，生长面积不断减少；景区开发、圈地、修路，资源型企业凿山开矿等造成土壤和植被破坏，直接威胁中草药的生长；三是春季干旱、夏季暴雨、冬季寒潮等极端恶劣天气频发，对部分中药育种、生长造成巨大影响；四是中药资源本底不清，缺乏权威统计数据，保护依据不足；五是保护体制机制不健全。有原则无规划，没有秦岭地区中药保护和开发利用的法律法规，各级组织和各方联动机制尚未成型。
温建民建议：一要切实加强中药保护的宣传力度，使社会各界了解秦岭中药资源的价值。自然保护区管理部门应将名贵、珍惜中药资源纳入到自然保护区的日常监管过程，利用各级媒体广泛宣传保护中药资源的迫切性和重要性，面向基层民众开展保护中药资源的宣传教育。二要加大科研投入，建立中药保护、引种、育种、试验基地。开展相关科研活动，扩大基地保护区域；圈地引种，建立试验田，开展对照组试验，观测、模拟濒危、珍惜中药适宜的野生生长环境，记录数据，开展研究；开展育种试验，增加育种种类，扩大育种面积。三要加强政府与社区联动，形成保护和开发利用中药资源的制度环境，创新中药保护与开发的新机制。开展社区排查，统计药农数量，研究对药农统一管理、规范开采的方法；鼓励药农参与保护基地建设；保护与开发相结合，提升秦岭中药的品牌价值。四要适时建立大秦岭地区中药研究联动机制。在陕西秦岭，湖北武当山、神农架，甘肃天水、陇南建立若干中药保护、育种、引种试验基地；五要提高人力资源保障水平。通过建立引导机制，培养、动员高校医药人才投身于秦岭中药资源保护研究中；六要探索和建立公众参与机制。逐步建立利益相关方共同参与的多样性伙伴关系，以多种方式参与基地保护与发展工程。
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