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秦伯未生于轩岐世家，其祖父秦笛桥，名乃歌，号又词，是清代末年的江南才子，以文著名，曾著有《玉瓶花馆丛稿》《俞曲园医学笔记》等。医术亦精，秦伯未说，其祖父是“工诗古文辞，以余事攻医，活人甚众”。所以，在秦伯未编纂的《清代名医医案精华》一书中，曾选辑笛桥先生的医案31例（全部登载于本书第五部分“秦伯未医案讲习录”中，作为附篇）。
秦伯未的父亲识医学、不业医，不幸在秦伯未16岁时去世。
秦伯未受过良好的私塾教育，有深厚的古文功底。髻龄即博览医书，自承家学， 1920年拜师于孟河学派大师丁甘仁门下，后成为丁氏弟子中的佼佼者。
新中国成立后秦伯未在上海第十一医院工作。1953年，当时中华人民共和国卫生部副部长郭子化先生，代表部领导到秦伯未家做工作，请他到卫生部任中医顾问，秦伯未因久居南方不愿北上，郭子化副部长几乎每天晚上都到家做说服工作。组织的信任，领导的说服，秦伯未只好答应下来。到北京后住在鼓楼西大街卫生部宿舍。
1956年，北京中医学院在东直门海运仓正式成立，为在学院任教及在学院附属医院工作方便之故，遂由卫生部宿舍搬到东直门内的学院宿舍，即现在中国中医科学院北门向西五六十米左右的地方。其夫人随之来京后，在街道工作，到1959年，卫生部领导与她谈话：“为了秦伯未更好地工作，照顾好秦伯未的生活和身体就是你的工作。”从此，她辞退了街道工作，一直为秦伯未料理家务，照顾秦伯未的日常生活。
1956年，在全国第二届政协委员会第二次会议上，秦伯未被增补为特邀政协委员。
1956年8月18日，由谢继萍、赵树屏介绍，加入了中国农工民主党。他在入党申请书上郑重地写道：中国农工民主党以团结和改造知识分子为特定任务，并以医药卫生人员为工作重点，这是最符合我的要求和目的的。因此，我听了周总理“知识分子问题”的报告，决心加入中国农工民主党。
1963年3月4日，北京中医学会举行宴会欢迎来京参加中医研究院工作的名老中医，秦伯未即兴作诗一首：
祖国相召唤，欣然来古京。
一时逢盛会，四座皆知名。
赵董推先觉，袁施属老成。
举杯无限意，期待展平生。
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