幼儿口腔炎较常见的包括疱疹性咽峡炎、手足口病和疱疹性牙龈口腔炎。前二者属于肠病毒感染,后者是感染了单纯性疱疹病毒。肠病毒感染是个很胧统的总称,包括许多不同型肠病毒感染,其中最常见的是疱疹性咽峡炎、手足口病,每年都会规模不同的流行。肠病毒包括了68型的病毒〈包括柯沙奇病毒、艾克病毒、小儿麻痹病毒和有些未分类的病毒等四大类,大多属于自限性疾病,,但在民国八十七年流行的是较少见毒性强的肠病毒71型因而夺走很多小孩的生命。在这波流行之前医师大多称之为疱疹性咽峡炎、手足口病,而当时媒体都肠病毒感染称之,自此肠病毒感染不胫而走,成为家喻户晓，人人闻之色变的疾病。
疱疹性咽峡炎主要由柯沙奇病毒感染,幼儿会突然发烧,在口腔的后半部,包括软颚、悬雍垂、扁桃腺的前柱壁出现小水泡和溃疡,造成口腔剧烈疼痛使幼儿进食困难,甚至连口水都不敢吞下而口水直流。咽峡炎会造二个主要问题:体温出现高烧,有时会持续三到六天。另一个困扰是幼儿拒绝进食,在食物的选择方面,要注意不要给予热食,以免刺激溃疡而更加疼痛。泡好的牛奶要冷却后再喂食,也可给予布丁、豆花等软食。如果没有咳嗽,可喂冰淇淋,因其美味且高热量,小孩容易接受。如果仍然拒绝进食而脱水,活力变差,就必须打点滴来补充水份。
另一常见的肠病毒感染是手足口病,也大多由柯沙奇病毒引起,其口腔溃疡主要分布在两侧口颊黏膜和舌头,在手掌、脚掌的背面和掌面有小水泡,在屁股有时也出现红疹。
肠病毒感染因为高烧、拒食,所以照顾上倍感困难,通常约7~10天会完全康复。其并发症很少发生但却很严重,包栝脑炎、脑膜炎、心肌炎、肺炎和肢体麻痹。要注意是否有昏腄、意识不清、活动力变差、严重呕吐、呼吸困难、走路不稳等现象，有此变化时必须赶快就医治疗。
另一个很相像的疾病是疱疹性牙龈囗腔炎,由单纯性疱疹病毒感染。在囗腔四处,特别是舌头和两侧口颊黏膜会出现溃疡,牙龈会呈现红肿及容易出血,严重时整个口腔溃烂，也可能出现高烧和拒食,发烧通常持续3~4天,溃疡通常一到二星期才会完全愈合,所以父母应付出更多的爱心和耐心来病童渡过,预后通常很好,只有极少数并发无菌性脑膜炎。
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