不是所有的腹泻孩子都适用抗生素治疗。因轻型腹泻多由喂养与护理不当引起，属非感染性腹泻，这些孩子用抗生素不但无效，反而有副作用，因服用的抗生素多为广谱抗生素，容易引起肠道菌群失调而加重腹泻。病毒性肠炎也不用抗生素。所以抗生素仅用于细菌性，尤其是侵袭性细菌引起的感染性腹泻和真菌引起的肠炎。因此，腹泻孩子不仅要做大便显微镜检查，而且要做大便细菌培养，如有致病菌生长，必需做药物敏感试验，根据药物敏感试验结果，选用有效药物，这样才能取得较好疗效。大便细菌培养和药物敏感试验结果回报前，医生应根据发病季节、年龄、临床表现及大便显微镜检查结果对病原做出判断，凭临床经验选用疗效可能是最好的抗生素，结果回报后再进行调整。
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