在进行任何一项调查研究时均有其调查的目的。例如1988年1月在S市骤然发生甲型病毒性肝炎（甲肝）爆发流行，在短短的二个月内报告病例数达30余万。疫情之猖獗、危害之深重在国内医学史上从未有之。面临新的疫情，我们应开展调查研究，其目的欲了解它的可能病因是什么？通过什么传播媒介能使这么多人感染等？要解决这些问题仅凭个人的经验是难以解决的，必须借助他人的经验，即查阅有关医学文献。从文献中了解国内外有无类似的爆发历史记载，他们采用哪些研究方法进行调查研究的，目前已达到何种研究水平，获得哪些主要结论等，为形成这次爆发流行的病因假设提供必要的和充分的依据。其次寻找可以借鉴的研究方法，目前在验证此假设时已应用哪些方法，其优缺点如何？最可能被我们采纳的是什么方法等等。
通过查阅大量的文献，使研究者心中有数，有以往的事实作为依据，又有调查和实验的资料作为基础，再结合医学和生物的知识形成病因假设。一旦形成假设，它就成为此项研究工作中的主导思想，即为研究目的，例如S市甲肝爆发流行时形成假设——食用毛蚶可能是导致S市甲肝爆发流行的原因。因此在进行各种调查研究中，就应该去证实食用毛蚶者比不食用者甲肝的罹患率高，由此论点来指导整个研究设计。在甲肝流行期，挨户共调查28000余人有关食用毛蚶与甲肝罹患率的联系，发现食用毛蚶者甲肝的罹患率明显高于未食用者；食用毛蚶量愈多，甲肝罹患率亦愈高，有明显的剂量效应联系。并发现甲肝的流行高峰发生于毛蚶大量上市供应后30天左右（此为甲肝的平均潜伏期）。在市场上禁止供应毛蚶后，又经过一个最长潜伏期，流行趋于平息。由此而获得毛蚶为传播本次甲肝爆发的流行病学证据。为了验证毛蚶是导致甲肝爆发病原的媒介，又采用核酸杂交和组织养法，从当时市场供应和产地捕捞的毛蚶中证实确有甲肝病毒存在，即采用实验的方法来难毛蚶为造成甲肝爆发的病原学证据。假如在调查研究时，仅有一个空泛的假设，而没有形成具体的目的，则调查研究往往无从下手。
流行病学调查研究的目的主要有下列几种：描述人群的健康状况、研究疾病的病因、寻找高危人群并估计其相对危险度、研究疾病的自然史、评价各种防治措施的效果等。