秦王朝在其政权建设中，比较注意从其他诸侯国和前代医疗史事中吸取经验教训，形成一套医事制度。虽然秦王朝历史不长，但影响深远。
一、秦代的医事制度
在秦朝的国家机构中，少府为九卿之一，在少府下设六丞，《通典·职官七》：“秦有太医令丞，亦主医药，属少府。秦始皇上朝，常有“侍医”捧药囊随行，奉侍于帝侧，以备急需。太医不但负责中央官员的疾病诊治，而且掌管地方郡县的医疗事宜。当时各地都设有医长，对太常、太医丞负责。药府中的药长主持药物之事，设有药藏府储存药物。
二、两汉医事制度
汉代的医官中职位最高者为太医令丞，隶属关系上分为两个系统：
太常系统。“景帝中元六年（公元前144年）更名太常。属官有太乐、太祝、太宰、太史、太卜、太医令丞。”（《汉书·百宫公卿表》第七上)。当时的太医令丞，相当于后世太医院使，其内部有分工，负责与管理方药者各司其职，管理方药者又有典须方药和本草侍诏之分。典领方药侧重于方剂的研制，以供宫廷方药之需。而本草待诏则主要为皇家采集各种药材，这些人不象典领方药官职稳定，用着时被征诏上来，又随时可能破裁减。
二是少府系统。“少府，秦官，掌山海池泽之税，以给供养，有六丞。属官有尚书、符节、太医、太官、汤官、导官、乐府、若卢、考工室、左弋居室、甘泉居室，左右司空、东织西织，东园匠”等令（《汉书·百官公卿表》第七上）。少府太医主要为宫廷医疗服务。在少府太医令丞下，属官和医药人员有：太医监，多由有权势的医生充任，汉昭帝时权臣上官桀，其“妻父所幸充国为太医监。”（《汉书·孝昭上官皇后》）。汉代的侍医，沿袭秦制，主要为帝王皇室和诸侯王诊治疾病，相当于后世的侍御医。《汉书·王嘉传》中的侍医伍宏，在”董贤传”中称“医待诏”，为同一职称。女侍医、女医、乳医，在宫中主要为皇后、公主等服务，诊治妇产科疾病。
诸侯王府的医政仿照中央，如西汉同姓诸侯王府，济北王有太医高期、王禹；齐王有侍医。另外，王府中其他人也有喜好医方者。王府一方面培养自己的医生，派人去名医那里请教、或拜名医为师求学深造。地方官吏家中，也多有医药的设施。例如西汉高永侯的管家杜信，曾向淳于意学习《脉经》、《五色诊》等达两年。1973年在长沙马王堆出土的14种医药简帛书，为西汉时之一例。
地方的郡、县、乡、亭四级机构中，有关医事制度的可鉴史料较少。在县级政权中可能沿用了以前法医检验组织。亭一级设专门掌营“开闭扫除”（《史记·高祖本纪》集解，见马非百《秦集史》第494页，中华书局1982年版）事务的亭父，由此可想知在郡、县，乡级的行政机构中，也会有掌管或兼管医药卫生之官吏。下层人民“戌者死于边，输者偾于道。”（《汉书·主父偃传》）。“百姓靡敝，孤寡老弱不能相养，道死者相望。”（《汉书·晁错传》），缺医少药是显然可见的。
新莽时期设有太医尚方。史载“翟义党王孙庆捕得，莽使太医尚方与巧屠共刳剥之，量度五藏，以竹筵导其脉知所终始，云可以治病。”（《汉书·王莽传》）
东汉时期撤消了太常系统，只在少府中设立太医令丞一人，六百石，掌诸医。下属医生293人，员吏19人负责诊疗及有关事项。此外，还有药丞、方丞各一人，分别掌握药物和医方。
宫廷中从事医务的人员还有：太医、侍医主要从事医疗工作；尚药监、中宫药长和尝药太官，主要从事药物的修和调试。“宫中药长一人，四百石。”（《后汉书·百官志》）。从东汉章帝、和帝以后，宫中官制设置扩大，增设的尝药太官之职，主要负责尝药。东汉时期侍疾尝药由专人负责，所尝药量要超过该剂药量的十分之二以上，且尝药不仅限于尝药监一职。《后汉书》载“（帝）不豫，太医令丞将医入，就所宜药，尝药监、近臣、中常侍、小黄门、皆先尝药，过量十二，公卿朝臣问起居无间。”（《后汉书·礼仪下》）
宫廷中所需药物，一般从全国各地入贡。汉代各郡国每年要问宫廷贡献地方的名贵药材。对某些欠缺药材，太医令丞要及时派员采购。顺帝时皇太子因病缺药，朝廷即派人“下郡国县出珍药”。（《后汉书·延笃列传》）。东汉朝臣也配有医官（相当于保健医生），除大鸿胪五人官医外，廷尉、卫尉、太仆、宗正、大司农、少府也各有一名官医（《后汉书·百官志》）。
东汉的医官制度较西汉完善，增设了一些医药官职，地方医事不再由中央直接管理，而由地方负责。在诸候王国中设“医工长”，以”主医药”。（《后汉书·百官志》）在河北满城中山靖王刘胜墓中曾出土带有“医工”字样的铜盆。
汉代的医生，可分为官医与民间医生。官医的服务对象重点是官僚统治阶层，从中央到地方形成了一支有组织的医疗系统。民间以师带徒传授医学的教育形式有一定发展，但官办的医学教育尚未形成，官医主要从民间医药人士中选用，（《汉书·龚胜传》），有的可能为临时延聘。汉平帝元始五年（公元5年），“征天下通知逸经、古记、天文、历算、钟律、小学、史篇、方术、本草、及以五经、《论语》、《孝经》、《尔雅》教授者，一遣诣京师，至者数千人。”（《汉书·平帝纪》）但有时则裁减官医，如西汉时令“侯绅方士、使者、副使、本草待诏七十余人皆归家。”（《汉书·郊祀志》），官医除了主要为统治者服务外，有些还被指派去为军中士卒、一般平民、甚至为刑徒、囚犯诊病。东汉京兆尹陈龟派官医为平民治病。东汉时会稽发生大疫，督邮钟离意派官医“经给医药，所部多全济。”（《后汉书·钟离意列传》），孔融在《肉刑论》中说“置南甄宫使者，主养病徒。”桓帝建和三年诏称：“徒在作部，疾病致医药。”（《后汉书·恒帝纪》），又据洛阳南郊出土的东汉范雍砖志所记：“右部无任勉刑，颖川颖阴鬼薪范雍，不能去，留官致医。”即是让满刑的病徒继续在刑徒区接受治疗。
汉代的医疗机构已逐渐形成。西汉时的“乳舍”，相当于产院。据《风俗通义》记载：“汝南周霸，字翁仲，为太尉椽。妇于乳舍生女，自毒无男。时屠妇比卧生男，因相与私货易，裨钱数万。”，“颖川有富室，兄弟同居，两妇数月皆怀妊，长妇胎伤，因闭匿之。产期至，同到乳母舍，弟妇主男，夜因盗取之，争讼三年，州郡不能决。”（《太平御览》卷361），汝南、颖川均为汉代州郡，而更大一些的州郡及都市也可能设有乳舍，并且住院的产妇中有屠夫之妻，说明产院并不专为统治阶层而设。《后汉书·百官志》记载，掖庭令属下有暴室丞，“主中妇人疾病者，就此室治。”此相当于妇科诊疗室。
汉代为了控制流民，在疫病大流行期间曾设立过临时医院。”元始二年（公元2年）郡国大旱蝗。……诏民疾疫者，舍空邸第，为置医药。”（《汉书·平帝纪》），元嘉元年（151）京师疫病流行，朝廷派光禄大夫与太医巡视疫情。在社会动荡、政权不稳的情况下，这些临时防治疫病的组织也难以设置。
三、秦汉医事律令
云梦秦简入土于公元前217年。其中记载修城的民工患病，只由主管的官吏酌情给以口粮，而无医疗待遇，倘若小隶臣病死，疑为由主人处理（出于《睡虎地秦墓竹简》，见《文物》1976年第6～9期。下面关于小儿的律令同出该报道），如果不是因病而死，应将检验文书呈报官府论处。凡官府要买的奴隶，必须经过令史对其进行体检后，无病者方可论价买之。看守官府的残疾人逃亡而被捕获，与因公致残的人逃亡而被捕者同样，由官府予以处罚。
秦始皇时，曾“收天下书，不中用者尽去之。”（《史记·秦始皇本纪》），公元前213年，秦始皇下令焚书，使中国文化遭到巨大损失。但明文法定“医药卜筮种树之书”（《史记·秦始皇本纪》），不在焚烧之列，使得医药书籍得以在社会上保存和流行。汉代广开献书之路，于汉成帝河平三年（公元前26年），曾令侍医李柱国校订方书。
汉代，医生的社会地位有所提高，朝廷常召见民间医生，咨询有关医药及疗效等情况。对于为帝王治愈疾病的医生，往往赐以重金。“（汉）武帝时，医氏刺治武帝，得二千万耳。”（《汉书·外贼传》）。又如“上（刘邦）击布时，为流矢所中，行道疾，疾甚，吕后迎良医，……遂不使治疾，赐黄金五十斤罢之。”（《汉书·高帝纪》）。