秦汉及以前的“伤寒”概念几乎是温热病的同义语。它在医学中所占的地位逐渐上升的，所包含的实际内容逐渐扩大，其理论系统也逐步趋向成熟。东汉时期，伤寒的辨证施治体系达到了中医临床医学的高峰。
《伤寒杂病论》中的伤寒学说较之《内经》《难经》有了长足进展。由于伤寒热病的猖厥流行，这使当时的医家必须重视时该病的研究。淳于意、华佗等均有关于热病治疗的论述。甘肃武威出土的汉代医简也记载有伤寒的病名及症状。当时大都从外感风寒立论，治疗多行温法。如《史记·扁鹊仓公列传》中“诊籍”就明确提出“为之液汤，火齐，逐热。一饮汗尽，再饮热去，三饮病已。”可见此时中医临床确已使用汤药来治疗伤寒热病了，当时医家的探索与经验积累为张仲景的研究提供了良好的条件。
当然，张仲景的成就不止是对当时经验的简单总结，而是加以系统化与提高，他的工作使当时比较散乱、比较粗糙的伤寒理论及治疗经验，形成比较规范、比较完整，包括理、法、方、药相统一的辨证施治体系的伤寒学说。从伤寒的病因病机、发展转化规律、证候诊断、治法方药各方面进行了系统的论述。由于《伤寒杂病论》由晋·王叔和编次，宋·林亿等校订之后，形成《伤寒论》与《金匮要略》两本书。其伤寒部分集中在我们今天所见的《伤寒论》中。
（一）《伤寒论》的伤寒概念与理论渊源
《伤寒论》中伤寒也有广义，狭义之分。广义伤寒是对当时外感热生病的总称，包括有狭义伤寒、中风、中寒、风温、温病、奔豚、阴阳易、霍乱、痈脓等。在六经辨证的原则下。对每一病部提出了具体的理法方药。
《伤寒论》的学术渊源正如仲景本人所言：“撰用素问、九卷、八十一难、阴阳大论、胎胪药录，并平脉辩证，为《伤寒杂病论》合十六卷。”现确有据可寻的有《内经》与《难经》。仲景是在深入钻研《内经》、《难经》的基础上，将其贯穿于认识与治疗伤寒全过程中，并且结合后世的经验与本人的实践，创造性地发展了伤寒学说。
《伤寒论》的一个显著特点是继承了《内经》以正气为本的思想。他强调：“若人能养慎，不令邪风干忤经络，……房室勿令竭乏，服食节其冷热苦酸辛甘，不遗形体育衰，病则无由入其腠理。”发病后，正气的强弱可决定伤寒的发展转归，影响治疗的效果。因此，在治疗中他极其重视顾护正气。
对于伤寒的病因，仲景仍从《内经》、《难经》，以外感风寒立论。但对感邪之后的变化却分析得十分细致，自成体系。此外，散在于《内经》、《难经》中的阴阳表里寒热虚实八纲辨证及各种治法；在《伤寒论》中也得到了比较集中、全面、系统的体现。
（二）三阴三阳六经辨证系统
《伤寒论》中的六经辨证与经络、脏腑、八纲紧密联系在一起，用以代表伤寒的六种疾病类型。三阴三阳的每一类型，都有其典型的证候表现，转变过程及相应的治法。三阳病多为表、实、热证，反映的是机体内部邪正相争较为亢奋的病理变化，治以祛邪为主；三阴病多为里、虚、寒证，反映的是机体正气已受损伤的病理变化，治以扶正为主。这样，三阴三阳在伤寒诊治中起到了提纲挈领的作用。
必须指出，《伤寒论》中的三阴三阳概念与中医经络学说中的三阴三阳概念是有区别的。若将二者机械地加以对应，必将导致对《伤寒论》的错误理解。仲景的六经辨证系统也不象后世温病学派之卫气营血与三焦辨证系统那样有着明确的“层次”与“阶段”的含义，三阴三阳病之间并不一定依次逐一传递。
（三）因证立方、见证用方的论治原则
《伤寒论》中的六经辩证相当灵活。三阴三阳每一病都可有多种不同的证候表现，而同一证候表现又往往可以出现在不同的病中。然而，《伤寒论》中一方一证的对应关系却是相当肯定的。书中每一方都因一定的证候表现而立，都有严格而确定的指征，因而见是证，即可用是方，并不受何种病的限制。例如，不论是太阳病，少阳病，阳明病，还是厥阴病，只要有寒热往来，胸胁满或痛、呕等证，便可用柴胡汤。由于《伤寒论》中方与证有着这种对应关系，从仲景本人开始，就有将某方的适应证称作某方证的情况，如桂枝证、柴胡证等，后世就更为普遍。
应当说明的是，辨病也是十分重要的，例如太阳病之柴胡证“身恶风，颈项强，胁下满，手足温而渴”与阳明病之柴胡证“发潮热，大便溏，小便自可胸胁满不去”显然是不同的。可以说，辨病的作用在于认识疾病的过程与体内邪正双方的斗争，以决定治疗方法，探测疾病发展的趋向。辨证的作用是决定具体处何方，用何药。由于辨证论治对于临床实践具有更直接的指导意义，便于医生临症掌握好原则规范，因而在后世更受到重视，形成为中医临床的一个特色。
秦汉时期为临证医学的发展奠定了基础。西汉淳于意对内科杂病的认识与诊疗水平较之前代都有显著提高，尤其辨证论治思想的确立与运用，使内科杂病的学术水平达到新的高度。在具体病证的认识上，对虚劳、肺痈、痰饮等辨证论治均有了比较系统阐述的病例。淳于意“诊籍”、《治百病方》、张仲景《金匮要略》等是这一时期与内科杂病有关的重要医学文献，尤其后者对内科杂病的理论认识与诊治技术都达到了很高的水平，成为中国传统医学中在内科杂病方面垂范后世的经典之作。
（一）淳于意“诊籍”中的内科杂病病案
西汉初淳于意所著的《诊籍》中，所记以内科杂病居多，有风蹶、热蹶、风瘅、疟、风瘅客脬、迥风、沓风、热病、中热、痹、肾痹、气鬲、气疝、涌疝、牡疝、肺消瘅、肺伤、伤脾气、遗积瘕、蛲瘕等，其中以消化系统疾病为最多。如“痹（肝肿大）”一案，淳于意为齐王诊病，记录了“根在右胁下，大如覆杯，令人喘，逆气不能食”（《史记·扁鹊仓公列传》）等症状，先后用火齐粥和丸药治愈。还有“涌疝（二便闭结）”，“风瘅客脬（二便难）”，“迥风（急性腹泻）”等案，在认识上均有所提高，“肺消瘅”一例，是消渴病最旱的医案。案中不仅记载了病因、证状及治疗经过，并以“形弊”、“尸夺”形象地描述了消渴重症患者形体消瘦的典型症状。
（二）辨证论治原则的确立与内科杂病
春秋以前，临证医学基本上还处在朴素经验的阶段，治病以单味药物为主。尔后《内经》的出现，标志着医学理论体系已经形成。春秋战国以后，医学有了较大的发展。《五十二病方》和《治百病方》两书中所载医方，几乎全是复方，其中已孕育着辨证施治的雏形。从单味药到复方，从朴素的经验到复方配伍理论的形成以及复方的广泛应用，是临证医学发展中的一个进步。
《金匮要略》是医学史上第一部以内科杂病为主的专著，它集中地展现了当时在内科方面的临证水平。书中按每类疾病的共性进行分证，重点阐述了痉病、中风、历节、虚劳、肺痈、咳嗽上气、胸痹、积聚、痰饮、水气等近30种病，为后世治疗学发展奠定了基础。该书还最早确立三因致病的病因学说，丰富了内科杂病的病因学说。《金匮要略》通过大量的实践经验运用了脉证合参，发展了诊法，从而在内科杂病方面确立了脉证并重的诊断原则，提高了内科的诊断水平。该书保存了大量的有效方剂，一直为后世医家所沿用。同时，该书对内科急症也总结了丰富的经验，如对痉证、中风、历节、暴喘、胸痹、腹痛、急性出血都有比较实际的认识，而且提出了比较有效的治疗方法。张氏所记载的急救方法，如救治自缢的抢救技术——人工呼吸法及注意事项与现代方法从基本理论和生理、解剖要求没有两样，这是十分突出和难能可贵的。又如救卒死用薤捣汁灌鼻和救溺死方，在东汉时期应当说都是很先进的创造。
（一）外科的发展
在秦汉时期除《汉书·艺文志》仅存目之《金疮瘛疭方》30卷外，尚无外科之专著，在医事制度上也无疡医之设立，只是在民间却成长了一代外科巨匠——华佗。
在淳于意《诊籍》的25个病案中，有一例论及肠胃间生疽之诊断依据和所作预后判断。张仲景以伤寒证治而闻名，但他在外科学的发展上也有自己的成就，主要反映在他对杂病的论述中。例如：张氏对肺痈（肺脓疡）、肠痛（阑尾炎）以及良缢、溺死等急救技术等。《金匮要略》之疮痈、肠痈、浸淫病脉证并治第十八，是外科专篇，该篇首先论述了化脓性感染的脉证特点以及诊断要点后，即比较正确的叙述了肠痈的证治。指出：“肠痈之为病……此为肠内有痈脓”，“肠痈者，少腹肿痞，按之即痛，如淋，小便自调，时时发热，自汗出，复恶寒；其脉迟紧者，脓未成，可下之，当有血；脉洪数者，脓已成，不可下也。”张仲景所论述的肠痈，应当说主要是指阑尾炎而言的，他对急性阑尾炎之发病，是否化脓的鉴别诊断方法和不同的治疗原则等，都达到了很高的水平，其影响至今不衰。还应指出：张氏所说“阴吹，……甚或簌簌有声，如后阴（肛门）之矢气状。”可能是对阴道直肠瘘的最早描述。张氏还叙述了刀斧伤等金疮的治疗原则和方法，论述了皮肤病（疥，黄水疮）的治疗方药等。
关于急救技术，张仲景在杂疗方篇对若干卒死的急救方法进行了叙述，尤以救自缢、溺死技术叙述较为具体。例如：急救自缢强调“徐徐抱解，不得断绳，上下安被卧之，一人以脚踏其两肩，手少挽其发常弦弦勿纵之，一人以手按据胸上，数动之。一人摩捋臂胫、屈伸之。若已僵，但渐渐强屈之，并按其腹，如此一炊顷，气从口出，呼吸眼开，而犹引按莫置，亦勿苦劳之。须臾，可少桂汤及粥清含与之，令濡喉，渐渐能咽，及稍止。若向令两人以管吹其两耳，……。此法最善，无不活也。”张仲景所记述的人工呼吸法抢救自缢的医疗技术，在理论和实践上均甚符合人体之解剖生理原则，该术在历代医学的发展上有着广泛的影响。溺死，张氏用“取灶中灰两石余，以埋人，从头至足，水出七孔，即活。”还有救中暑、堕马筋骨折损以及禽兽毒虫伤人的方法等，反映了此期内科医生也都掌握了比较科学的急症救治技术。
1972年，甘肃武威地区发掘了一座汉墓，墓主人是一位具有一定社会地位，受人尊敬的高龄医师，在其随葬品中，主要是一部医学笔记性著作，整理者命名为《武威汉代医简》，其次还有鸠杖、五铢钱……等。该书涉及外科之内容较丰富，例如：泌尿系结石等，其内容与《五十二病方》相似，其论“治诸癃，石癃出石，血癃出血，膏癃出膏，泔癃出泔，此五癃皆同药治之，……病即愈，石即出。”此外，对麻风、久创、烫火伤、冻伤、狗咬伤、卒痈等均有所论述，丰富了外科的治疗经验。
华佗以其在发展外科上的杰出贡献，被历代医家尊之为外科鼻祖，其影响涉及国内、外。华佗在外科上的贡献主要表现有两个方面，即麻醉术与外科手术。
关于麻醉术：秦汉时及其以前医家已相当普遍的运用酒服某些药物用于金疮等外伤的止痛。在《列子·汤问》中记载了一个富有幻想的故事，《列子》被认为是一部伪书，其作者为晋人，但据研究其《汤问》篇内容是依据已佚古文献写的。所述：“扁鹊遂饮二人（鲁公扈、赵齐婴）毒酒，迷死三日，剖胸探心，而置之，投以神药，既悟如初。”这一医疗故事在秦汉前虽然并非事实，但其所用“毒酒”，显然是一种有着较大麻醉作用的药酒，可以使二人达到“迷死三日”的深度。心须指出，即是小说家言也必有其用毒酒、或酒制剂使人醉倒的实践经验积累为依据。这里姑且不谈换心手术有否可能，但这一故事却生动说明，那个时期进行外科手术曾运用毒酒作为麻醉剂的历史事实是存在的。
《三国志·方技传》首先记述了华佗。在论述其外科成就时指出：“便饮其麻沸散，须臾便如醉死，无所知，因破取（腹腔肿物）。《后汉书》在其相似的记述中。则作“乃令先以酒服麻沸散，既醉无所觉。因刳破背，抽割积聚”。一为“如醉死，无所知”，一为“既醉无所觉”。显然陈寿与范哗所据为同一史实，参看《列子》及医学文献所记，大体可以肯定我国最晚在秦汉时期已成功的将酒以及其他药物用于外科手术之麻醉，在麻醉作用上也达到比较好的效果。美国拉瓦尔提到华佗在发明麻醉术时说：一些阿拉伯权威提及吸入性麻醉术，这可能是从中国人那里演变来的。因为华佗曾运用这一技术，把一种含有乌头、曼陀罗及其他草药的混合物应用于此目的。华佗的麻沸散，可惜其组成药物已不可确知，然据近现代学者考证，包含有曼陀罗、乌头等，其麻醉效果也已为现代实验研究与临床应用所证明。酒本身就是一种比较好的麻醉剂，它已有古代和现代大量临床应用的经验和理论为依据。从这点来看，华佗的外科手术在当时确已有了比较理想的麻醉术。
华佗的外科手术。《三国志·华佗传》载：“若病结积在内，针药所不能及，当须刳割者，便饮其麻沸散，须臾便如醉死，无所知，因破取。”又说“病若在肠中，便断肠湔洗，缝腹膏摩。四、五日差，不痛，人亦不自寤，一月之间即平复矣。”《后汉书》在论述这两个外科手术下例时，谓“因刳破背，抽割积聚”，“若在肠胃，则断截湔洗，除去疾秽，既而缝合，博以神膏。”两相比较，文字词句虽不尽同，但语意则完全一致，前者是在麻醉下进行腹腔肿物摘除术；后者则是在麻醉下进行肠部分切除吻合术。关于术后护理，有膏摩，有敷以神膏；关于预后，两书均强调了四、五日瘥，一月之间即平复矣。从史书记载仍然可以辨出术名和简单的手术方法和步骤。从此时的人体解剖知识水平，有效麻醉术的应用，以及两书提供华佗曾进行这些手术的史实资料，再参考当时其他医学家曾进行过的手术，综合分析其可能性应该说是肯定的。虽然国内、外也有个别学者提出怀疑，他们不作历史分析，只是主观认为此时作这样大的手术是不可能的，或无法否定这些手术的可能，便更为离奇的说：华佗不是中国人。在此类问题上，必须清理本世纪30年代前后那些重西非中思潮的影响。
除上述外科手术事例外，华佗还有一例剖腹手术记录。《三国志·魏书》载：华佗诊治某“君病深，当破腹取。”“遂下手，所患寻差。”虽然记录过简，不能知其何病及用何外科剖腹手术。但由“当破腹取”可知为剖腹摘除术之类，这些例证也可以给上述的腹腔肿物摘除术一个有说服力的注脚。陈寿距华佗死时约半个世纪，他在记述了华佗种种外科手术事例后，颇有感触他说：“佗之绝技，凡此类山，”也足以证明影响之大。
华佗运用保守疗法成功治愈肠痈也值得注意。如“军吏李成苦咳嗽，昼夜不寐，时吐脓血，以问佗。佗言：君病肠痈，咳之所吐，非从肺出也。与君散两钱，当吐二升余脓血讫，……一年便健。”华佗还告诉病人愈后可能复发，要求患者注意自养，并带有药散以备发作时治疗。五年后一直强健的李成，肠痈发作，但因药散被里人急用，使李成“无药而死”。这一病历说明华佗治疗外科的技术已达到相当高的水平。
（二）骨伤科的发展
秦汉时期骨伤科也有了比较明显的进步，表现在骨伤科疾病外科手术、方药治疗、按摩导引及针灸治疗等技术，都有所发展与进步。此期骨伤科外科手术虽然尚不很多，但扩创术、病灶清除术已达一定的水平，医为关羽进行的“刮骨疗毒”，即骨伤科扩创手术的首例记载。《三国志·魏书》记载了华佗用麻醉药使病人麻醉后，为一例膝部患疮七八年（似慢性骨髓炎或膝关节结核）的病人，进行了死骨剔除术，这是病灶清除手术在临床运用的例子。
《神农本草经》已记述有主治创伤折跌强筋以及金创死肌的药物40种，治痈疽药50多种，治各种痹痛、腰痛的药达60多种。此期从对症用药发展到审因组方，治疗效果也得到提高。
导引和按摩疗法：从考古发现西汉时的《导引图》，可知当时导引的具体方法。从这些图所示治痹、厥者可以看到当时人们已运用锻炼腰背肌及关节的功能以治疗腰痛和关节痹痛。华佗认为导引练功能使“血脉流通”，“并利蹄足”，强调“引挽腰体，动诸关节”的意义，这种认识和方法，明确了导引练功对运动系统的作用，对骨关节疾病的治疗和保健康复有价值。
针灸和药熨疗法：华佗善灸治腰痛，“有人病两足，不能行，辇诣佗。佗望见云：‘已饱针灸服药，不复需看脉。’便使解衣，点背数十处，相去或一寸，或五寸，纵邪（斜）不相当。言灸此各十壮，灸创愈即行。后灸处夹背一寸，上下行端直均调，如引绳也。”华佗在运用“下病上取”的原则，采用《内经》夹脊穴，疗“脚擘不能行。”在治疗腰背、腰腿痛方面获得显著疗效，后世称之为“华佗夹脊灸”。《治百病方》用当归、川芎、丹皮、桂、漏芦椒等药和酒煮。“背痛者卧药当出血久瘀”（瘀方），也反映了汉代的医疗水平。
（三）皮肤病认识与治疗技术的提高
秦汉时期，皮肤病治疗学有所进步，武威汉代医简《治百病方》中，有12枚木简和86号木牍涉及皮肤病，有治疗痈、痤、溃疡、瘙痒、大风（麻风）等，从“治百病膏药方”、“治千金膏药方”等简及86号木牍“大风方”中可以看出，不仅载有病名，还记述若干病状体征，所用药物的剂量、制备和使用方法；甚至还提到经治后的转归。其治法较《五十二病方》有所进步，如以药膏外敷治疗疮痈就相当高明：多层涂药，中央留孔，既促进炎症局限以至消散，又利于脓液引流，所采取的方法和步骤与现代常用之鱼石脂饼换药法类似。对于麻风病，战国晚期秦之基层医生已可作出正确临床诊断，并对患者实行隔离（疠迁所），到汉代则可以有效复方治疗。木牍治大风方之疗效按其所记能使毛发皆落达到“随皆复生”，“随折复起”，麻木之“不仁皆仁”。上述治疗思想及其具体方法不仅反映了该时期无名医家所能达到的技术水平，也开辟了尔后皮肤病治疗学继续发展的先河。
张仲景《伤寒杂病论》所论述的辩证论治理论和原则，同样奠定了皮肤病临床治疗的基础。如《金匮要略》首载：“浸淫疮（相当于急性湿疹），黄连粉主之。”为后世医学家论述和提高奠定了基础。该病是皮肤科常见多发病，张仲景所述及黄连粉主治已为现代科学实验所证明。又如以蛇床子粉、苦参汤治疗阴部及粘膜部位疾患等，至今沿用不衰。
狐惑（类似于口－眼－生殖器皮肤综合症）：张仲景首先载述于《金匮要略》“百合狐惑阴阳毒病证治”之中：“状如伤寒，默默欲眠，目不得闭，卧起不安，蚀于喉为惑，蚀于阴为狐……”并设有甘草泻心汤、苦参汤、雄黄熏药及赤小豆当归散依口腔、前后阴、面目等局部和全身脉证状况，分别内服、外用辩证施治。现代医学的口－眼－生殖器皮肤综合症系土耳其皮肤病学家白塞氏（Beheet）于1937年提出，并被公认为一独立疾病，故又名白塞氏综合症。我国1932年也有此种综合症的报告，并认为白塞氏病类似于我国汉代张仲景所述之狐惑病。
秦汉时期，妇产科有很大进步。有关妇女经、带、胎、产、杂病的基本医疗知识已初步形成，建立了中医妇产科学辩证论治将证医疗方法的基础。
《汉书·艺文志》记有《妇人婴儿方》19卷，是最早的妇产科文献。惜已佚，但由此可知当时妇产科已有专门著作。
西汉初期，宫廷中出现了专职妇产科医生，称女医或乳医，专为皇太后和皇后少数权贵人物服务。据《汉书·外戚传》记载，汉宣帝时（公元前73～前49年），“女医淳于衍，……尝入宫，侍皇后疾。”淳于氏曾与霍光夫人共谋，乘她给许皇后接生之机，投毒药杀害了许皇后。《汉书·霍光传》称：“使乳医淳于衍行毒药杀许后，”颜师古说：“乳医，视产乳之疾者。”淳于衍是我国最早的专职妇产科医生。
淳于意“诊籍”有妇产科病案2例。一例为闭经：济北王侍者韩女，病腰背痛，寒热，脉象肾脉啬，其来坚难，肝脉弦，诊断为“内寒月事不下。”分析其病因，“得之于欲男子而不可得也。”经用药治疗，很快痊愈。另一例为难产：“怀子而不乳（产难），”以酒服莨菪一撮，胎下。复诊时，脉躁，服硝石一剂，瘀血下如豆大五、六枚，病愈。这是我国记载最早的妇产科医案，已体现了妇产科辩证论治的基本精神。
到了东汉末年，张仲景著《金匮要略》专列妇人病证治三篇，分为妊娠病、产后病、杂病三类进行论述。妊娠病篇中首先论述了妊娠的早期诊断，论证中说：“妇人得平脉，阴脉小弱，其人渴，不能食，无寒热，名妊娠，于法六十日，桂枝汤主之，当有此证。”指出了妊娠60日可出现的脉证。关于妊娠病，着重讨论了妊娠呕吐、妊娠腹痛、妊娠下血、妊娠水肿、妊娠小便难及半产（小产）等妊娠期间的常发病，而且首创了许多治疗妊娠病的有效方剂，如治疗妊娠呕吐的干姜人参半夏丸；治疗妊娠腹痛的当归芍药散；治疗妊娠水肿的葵子茯苓散。至于孕妇安胎服用的方药，则首应辨明证之寒热，方可选用。湿热最易损伤胎气，可常服当归散。由寒湿所致的胎不安则用白术散。
关于产后病，首先提出了新产妇常见的三大病证，即产后发痉、产后郁冒（虚脱）、产后大便难，并指出此三大病证的发生原因基本相同，都是由于产后失血、伤津所致。这一观点对产后疾病的辨证具有重要的指导意义。如治疗产后下利，用白头翁加甘草阿胶汤，方中白头翁汤止痢，加阿胶、甘草养阴补虚。治疗产后腹痛，如辨证虚寒的，用当归生姜羊肉汤；气结的，用枳实芍药散；血瘀的，用下瘀血汤。辨证有虚有实，虚实夹杂，治则有攻有补，攻补兼施。
在妇女杂病中，首次提出了妇科病的成因，主要有三种，即虚、积冷、结气。这对后来妇科关于温补、行气、攻积治疗原则的形成，产生了很大影响。杂病中，除了分别讨论痛经、经闭、陷经漏下等月经病和带下病外，并记有脏躁（妇女精神病）以及阴疮、阴吹等病。而且结合辨证论治的原则、首创了多种妇产科常用的著名方剂。
华佗，在妇产科学诊疗技术方面，也取得了卓越的成就。《三国志·华佗传》和《后汉书·华佗传》都记载了他诊治死胎的病案。例如：
“李将军妻病甚，呼佗视脉，曰：伤娠而胎不出。将军言：闻实伤娠，胎已去矣！佗曰：案脉，胎未去也。将军以为不然，佗舍去。妇稍力差，百余日复动，更呼佗。佗曰：此脉故是有胎，前当主两儿，一儿先出，血出甚多，后儿不及生，母不自觉，旁人亦不寤，不复迎，遂不得生，胎死。血脉不复归，……今当与汤，并针一处，此死胎必出。汤针既加，妇痛急，如欲生者，佗曰：此死胎久枯，不能自出，宜使人探之。果得一死男，手足完备，色黑，长可尺许。”
据上述病案可知华佗已能应用切脉和腹部触诊的方法诊断死胎。采用汤药，或针刺的方法进行治疗，或针药并用，使死胎产下；甚至使用探查方法，完整的取出死胎。反映了公元2世纪我国对死胎诊断治疗的高超技艺。
这一时期，人们对小儿生理发育变化的认识和瘛疭、痫病，食积、下利等病症诊治均有一定进步，并出现小儿科专著。
西汉淳于意曾治疗齐王中子诣婴儿的“气鬲病”，病症表现为“使人烦懑，食不下，时呕沫”，配用“下气汤”，病儿服后，“一日气下，二日能食，三日即病愈”。这是一例小儿消化不良的病案。所以，当时人们就认识到小儿病常与饮食不当有关，如“小儿常病伤于饱也”（《后汉书·王符传》）。
这一时期，儿科专著已经问世。《汉书·艺文志》录有《妇人婴儿方》，张仲景撰著《伤寒杂病论》时曾参阅过《胎颅药录》一书，流传至今的《金匮要略》中有治“小儿疳虫蚀齿方”，用雄黄粉、葶苈末、猪脂制成“点药”，蘸烙病灶局部，是一种较好的外治法。此外，张仲景弟子卫讯（一作卫沈），知书博学，独擅妇婴之病，据传曾撰有《小儿颅囟经》三卷，上述几种著作惜均已失传。
秦汉时期，望色、切脉、问诊等常用中医诊断方法已在儿科得到普遍应用，有关小儿病的治疗方法，也趋于多样化，如汤剂、丸药、蘸烙、针、砭等，其中外治法占有重要地位。
在病因方面，除了强调饮食因素之外，还重视先天禀赋，如王充在《论衡·气寿篇》中指出：“禀气渥则其体强，体强则其命长。气薄则其体弱，体弱则命短，命短则多病。”认识到先天因素与后天体质强弱、寿夭有一定关系。
与上述认识和治疗技术提高的同时，对先天性畸形也有确切的记述。如《汉书·五行志》载：“长安女子有生儿，两头，异颈，面相乡（向），四臂，共胸，俱前乡（向），尻上有目，长二寸所。”这是我国儿科史上最早有关婴儿先天畸形的描述。
汉代的一些统治者出于充实兵员与增加劳力之需要十分重视妇幼保育，并给予奖励。元和二年（公元85年）规定：产子者可免税三年，怀孕者，发给胎养谷三斛，其夫免税一年。对无父母亲属的婴儿，及有子而无力抚养者，还发给一定的抚养费。上述措施，对于维护婴幼儿的健康成长，起到较为积极的作用。
早在《荀子·非相》中，就有“尧舜参眸子”之说，《史记·项羽本纪》又有“项羽亦重瞳子”的记载，这是世界上有关瞳孔异常的最早记录。《淮南子》“目中有疵，不害于视，不可灼也；喉中有病，无害于息，不可凿也。”说明汉代对五官科疾病，已进行手术治疗，并对其适应症有明确的规定。
《伤寒论》和《金匮要略》虽未专论眼病，但在叙述全身病症时也涉及到一些眼部症状，如眼部肿胀、目色异常，目外形的改变和目眩目瞑等多种自觉症状。其中《金匮要略·百合狐惑阴阳毒病》将“目赤如鸠眼”、“目四毗黑”等眼部病变与咽喉、二阴的溃疡和全身症状联系起来，命名为狐惑病，与现代医学所称之“眼、口、生殖器综合证”（又名白塞氏综合证）很相类似，书中提出的清热、解毒、除湿的法则，至今在治疗该病时仍有效。
《伤寒论》少阴篇中论及多种咽痛，按阴虚、客热、痰火郁结、风寒兼痰湿阻络等不同情况辨证，列有多种方药，其中桔梗汤是治疗咽喉痛的祖方，其辨证方法，对后世启迪颇大。《金匮要略》最先记载“妇人咽中如有灸腐”一症，即后世所称梅核气，其所用半夏厚朴汤一直沿用至今。该书用皂荚末吹入鼻内及用薤汁滴鼻以抢救危重病人的方法，是吹鼻法、滴鼻法治疗疾病的最早记载。
口齿科疾病在秦汉时期，虽然尚不知有否专科著述，但从有关文献叙述和出土文物等，仍可看出其医疗保健的技术水平有了明显的进步和提高。
关于口腔、牙齿之清洁、健美、疾病、保健已有了比较高的要求。例如：《诗经·卫风·硕人》中形容美女牙齿“齿如瓠犀”，即指牙齿要如同葫芦子一样整齐洁白。反之，对牙齿参差不齐者则称之为龃龉，咬合不齐者病之为龊，排列不正者称为龇，不平整者为龋，均视之为病态。为了保持口腔卫生和预防牙齿疾病，除强调饭后漱口等外，此时尺有剔除齿缝间食物残渣的习惯。1976年，江西省南昌市发掘了汉末三国东吴时代的高荣墓葬。其中有一个金制的，两端分别为耳挖勺和小杨枝的龙形器物。小杨枝是龙的尾部，圆形，末端尖。研究者考证认为此系墓主人生前用来剔除齿间食物残渣的口腔清扫用具，此小杨枝也就是今之牙签的雏形（周大成：江西省南昌市东吴高荣墓发现的金制小杨枝，日本齿科医史学会会志8（2）：23－24，1981）。
关于口齿疾病的认识和治疗西汉名医淳于意在其诊籍中记录有用灸法和苦参汤含漱治疗龋齿的方法，且指出其病因为“得之风，及卧开口，食而不漱。”可见当时对口腔不洁与致龋的关系已有所认识。
关于砷剂失活牙髓技术，东汉张仲景已首载使用含砷制失活牙髓的方法。《金匮要略》有“小儿疳虫蚀齿方”，其处方为“雄黄、葶苈，右二味，末之，取腊日猪脂溶，以槐枝绵裹头，四五枚，点药烙之。”其中雄黄的化学成分为二硫化砷。明代《本草纲目》也记有用醋调砒霜，待干取粟粒大，以绵裹安齿缝内，第二天取出的医疗技术。砒霜为自然砷。该法所载用药量及失活时间，并要求来日取出都是较科学的。美国的斯普纳（Spooner）于1836年始用砷剂失活牙髓，该技术到今天仍是临床所常使用的。
汉代针灸学术，在继承前人经验基础上，继续取得发展。
淳于意是西汉初期的著名医学家，他从公乘阳庆、公孙光等战国时期老一辈医家那里继承了针灸学术，并将其传授给高期、王禹等人。针灸学在《难经》中占着重要的地位。《难经》在《黄帝内经》的基础上，对针灸学理论有一定的充实和提高。在西汉时期，刘胜墓出土的九枚医用金针和银针，亦标志着针灸用具的显著进步。《后汉书·郭玉传》的记载，有涪翁、程高、郭玉等一派互为师承的针灸家撰著《针经》、《诊脉法》等，互相传授，虽然均已失传，但涪翁“时下针石，辄应时而效”的高超针术仍得以流传。程高学于涪翁，并将所学针灸技术传与郭玉。郭玉在东汉和帝（89～105年）为太医丞，在针灸上不仅具有“一针即差”的本领，而且还深刻地认识到“针有分寸，时有破漏。”他认为“腠理至微，随气用巧，针石之间，毫芒即乖，神存于心手之际，可得解而不可得言也。”说明在针刺治疗上已达到相当高的水平，并已获得显著的疗效。
西汉末至东汉延平（8～106）年间，在针灸史上出现一部名著《黄帝明堂经》；即《明堂孔穴针灸治要》，是中国第一部针灸学的腧穴学专著。隋唐之间，曾先后两次由政府下令，加以修订，规定为针灸医生的必修课本，并流传到日本等国，对后世中外针灸学的发展产生了深远的影响。
《武威汉代医简》有九枚医简涉及针灸，从中可以看到当时的留针时间较长，可达“炊米一升顷”之久，简文共载有三里、肺俞二穴。其泉水，从上下文看亦当为穴名，但不见于后世针灸著述。肺俞穴，似为脾俞穴的误记。三里穴，原简作“时下五寸”亦与今穴不同。简文还谈到刺灸与年龄的关系，这也是其他针灸著述所未见的。《黄帝虾蟆经》是一部论述四时刺灸禁忌的专著，全书有十分之七的内容为插图，其中有一幅全身谨避针灸的人体图，是按六十甲子交替排列的，共有六十个禁刺部位。
华佗亦长于针灸。史载：”若当灸，不过一两处，每处不过七八壮，病亦应除。或当针，亦不过一两处，下针言，当引某许。若至语人。病者言：‘已到’，应，拔针，病已行差。”形象他说明了针刺是否得气和疗效的关系。曹操“苦头风，每发，心乱目眩，佗针鬲，随手而差。”
张仲景对针灸亦有独到见解，以伤寒为例，发热恶寒，……，寸脉浮紧，大渴欲饮，自汗便利的宜刺期门；妇人中风，发热恶寒，经水适来，热除脉迟，身凉下满，……，亦宜刺期门。在69条有关条文中，以刺期门主治为最多，张仲景在针灸操作方法上也有所发展，如针刺与温针、烧针、艾灸等，并各有比较明确的适应症。如所论之“可刺”、“不可刺”、“可灸”、“不可灸”、“可火”、“不可火”等，专篇论述针灸的忌宜，成为张仲景针灸学说的又一特点。
秦汉时期迄今未见流传下来系统的法医学资料，但文献中有几个在法医学史上值得称道的事例：
1、窒息死动物试验
王充（公元27～约97年）最早提到窒息死的动物试验：“致生息之物密器之中，覆盖其口，漆涂其隙，中外气隔，息不得泄，有顷死也。”（王充《论衡·道虚篇》，卷7，第110页，上海人民出版社，1991年）
2、雷击纹的发现
王充在其《论衡·雷虚篇》中首先指出了雷击纹是雷击死的指征，并对其成因作了朴素的解释：“夫雷，火也。火气剡人，人不得无迹，如炙处，状似文字。”同时还指出了雷击所致的其他烧伤征候：”以人中雷而死，即询其身；中头，则须发烧焦；中身，则皮肤灼焚，临其尸上闻火气。”
3、诈病的诊断与治疗
张仲景最早提出一种诈病的诊断与治疗方法：“设令向壁卧，闻师到不惊起而眄视，若三言三止，脉之咽唾者，此诈病也。设令脉自和，处言：‘汝病大重，当须服吐下药，铖灸数十百处’，乃愈。”（《注解伤寒论·平脉法》，人民卫生出版社，1963年）
4、铁钉钉进头部致死例
这是一种比较特殊的头部刺创。他杀多见于酒后或病弱者，自杀多见于精神病患者，现今各地仍时有所闻。最早的案例见于东汉，严遵为杨州刺史，“曾巡行部内，忽闻哭声惧而不哀，驻车问之，答曰：”夫遭火烧死。’遵令吏守其尸，乃有蝇集于首。披髻视之，得铁钉焉。因知此妇与人共杀其夫。”