秦汉时期统一的多民族的封建帝国的建立及巩固，促进了社会的发展，为各地区、各民族的友好往来和风俗的融汇创造了条件，在客观上对医药文化的昌盛也多有裨益。
将春节叫年，在中国有悠久的历史，据《史记》、《神异经》和《荆楚岁时记》记载，春节爆竹、燃草具有辟除病魔的含意。全家饮椒柏酒，是为了预防百病，增进人体健康，并给节日增添欢乐气氛，有的喝桃汤，也是为了防病，后被屠苏酒所代替。
正月十五元宵节起源子汉武帝时，汉武帝患病不愈，上郡有一巫师能治病，被诏入宫行巫术。神君说，天子无须忧虑，病会好转，侍康更后，我们将相会于甘泉宫。汉武帝于神灵非常虔诚，一高兴病情明显减轻，到了甘泉宫竟然痊愈，于是大祭，灯火通宵达旦，随后形成了元宵节张灯结彩的习俗。
端阳节的形成，有诸多渊源，到秦汉时则将纪念介子推、屈原、伍子胥、曹娥、陈监与恶月恶日祝禳、辟瘟防疫等融为一体，逐渐表现了与医药卫生的密切关系。《大戴礼记》记载：“五月五日蓄兰为沐浴。”《夏小正》记载端阳时“蓄药，以蠲除毒气，”《后汉书·礼仪志》说端阳节时人们“以朱索五色为门户饰，以除恶气。”《风俗通义》说“五月五日续命缕，俗说以益入命。”“五月五日以五彩丝系臂者……令人不病瘟。”又载端阳节前用菰芦叶裹粘米，以淳浓汁煮熟，节日食用，有一定的食疗作用。端阳节有关的医药卫生内容，随着历史的发展，日益丰富，科学成分也更充实。
七夕在汉代有登楼晒衣之俗，后来增添了乞寿等内容，《风俗通义》记载：“八月一日是六神日，以露水调朱砂蘸小指，宜点灸去百病。”中秋节包含具有浪漫色彩的医药民俗。《淮南子·览冥训》说，帝羿向西王母求得不死药，而帝羿之妻嫦娥窃食后成仙奔月宫，变成了蟾蜍。汉代人认为月中玉兔、蟾蜍、桂树，皆与医药文化有联系，《乐府诗集·相和歌辞·董逃行》中有“采取神药若木端，白兔长跪捣药虾蟆丸”之句。
九月九日为重阳节。据《西京杂记》所载：汉初，宫中有“佩茱萸、食蓬饵、饮菊华酒”的习俗，据说是为了长寿。重阳所用的菊花、茱萸和酒，都有严格的制作要求。《风土记》认为，俗尚九月九日谓之上九，茱萸到此日成熟，气烈色赤，争折其房以插头，云辟恶气，而御初寒，又说：九月九日采菊花……久服令人不老，《西京杂记》载：菊花舒时并采茎叶，杂黍米酿之，至来年九月九日如熟就饮焉，谓之菊花酒。
九月九日登高的习俗也盛于汉代，《西京杂记》：“三月上巳，九月重阳，士女游戏，就此祓禊登高。”后人又为这一风俗染上神话色彩。《续齐谐记》说，东汉汝南（今河南上蔡西南）的桓景，随费长房学道术多年。有一天费长房告诉桓景，九月九日这天，你家中有大灾，可速回家，让全家人各做一个装茱萸的绛袋系有手臂，登高饮菊花酒，可消灾难。恒景依其嘱，全家人得以免于疫病。曲折地反映了人们冀望避瘟疫、求健康的殷切心愿。
汉代人在春节前，按风俗要举行一系列有关驱疫活动。据《论衡》、《风俗通义》等书记载，汉代人防病驱疫意识非常强烈，把那些使人致病的隐匿性病因常当作病魔、害鬼——如相传颛顼的三个儿即“疟鬼”、“魍魉”、“小鬼”，他们都怕具有神力的方相氏，汉代声势浩大的腊月驱疫活动中，大滩风俗最为壮观，方相氏是这种舞中的重要角色。《后汉书·礼以志》、张衡的《东京赋》对此都有记载。它反映了人们用自己的声威战胜疫疾的豪壮气慨。
秦汉时期，由于战争、疫病等原因，人口增长速度慢，所以对儿童和妇女及其生育比较重视，这也是受秦赵等地遗风的影响，医生治病大抵也要注意这些，《礼记·曲礼上》记载：“入境而问禁，入国而问俗，入门而问讳。”反映当时重视风俗的情况。汉代尊老之风很浓，如“仲秋之月，案户比民，年七十者授以玉仗，八十、九十礼有加，赐玉杖长尺，端以鸠鸟为饰，鸠者不噎鸟也，欲老人不噎。”（《后汉书·礼仪志》）在出土的汉代玉杖实物、汉画象砖、石刻中常能发现。赐鸠杖作为尊老的一种象征，有其含意，古人认为“鸠肉，明目，多食益气，助阴阳，久病虚损人食之补气，食之令人不噎。”“古老仲春罗氏献鸠鸟以养国老，仲秋授年老者以鸠杖。云鸠性不噎，食之且复助气也。”（《本草纲目·禽部》卷19）这种敬老风俗到东汉时更盛。甘肃武威东汉一医家墓出土《治百病方》的同时，即有一鸠杖，与此同时还有厚葬的时尚。
秦代以法冶国，在医药卫生方面也是如此。据云梦秦简记载，凡外来宾客入城，对其车上的衡轭要用火熏燎，以防马身上未被消灭的寄主虫等附着在衡轭和驾马的皮带上。用火熏燎的风俗是历史上延续最久的风俗之一，用这种方法除有防虫害作用外，对一些细菌和病毒也有杀灭作用，带有防疫性质，对于麻风病，秦人已不认为是命中注定，而是早发现，严格管理，地方官吏知有可能患麻风病者，即送官府由专人检查。采取隔离措施，对麻风病人死囚，采取活埋和淹死的办法，这在当时在一定程度上对防止麻风病，有其积极意义。
《吕氏春秋》和《淮南子》，表现出道家与医学的密切联系。《淮南子》中对养生导引、炼丹、药物等多有研究，道家思想至《周易参同契》出现了又一个嬗变，更将研究的目标放在医药和人体的深层文化问题上。
从汉武帝以后，儒家思想占据了统治地位，对医药文化的发展同样产生了深刻影响。儒学的伦常原则，济世利天下的入世理想，在医药实践中强调上以疗君亲之疾，下以救贫贱之厄，中以保健自身。有些儒士弃儒从医，既扩大了医生的队伍，提高了医生队伍的文化素质，对医术和医德的发展都有促进作用。在儒学思想的影响下，对病人的护理上也体现出君亲有疾，臣子须精心侍候。但孝道中的提倡：“身体发肤，受之父母，不敢毁伤”的倾向，则导致对解剖学发展的阻碍，而儒学重人事远鬼神的观点，对促进医药学科学化、冲刷宗教神学的渗透起着积极作用。
秦汉时方仙道的影响较深，秦代的茅蒙，汉代的张良习服食辟谷、王仲都修炼御寒暑功夫，多有神秘色彩，东汉道教兴起后，为了在民间发展教徒，也多采用医药作为手段。《太平经》中对炼气、眼药、针灸等也有记述，大量吸收医药知识为宗教活动服务。
秦汉时期的具有唯物主义思想的学者及其学派，对于破除神仙宗教的迷雾，正风俗、美教化、促进科学文化事业发展发挥了良好作用，汉初陆贾指出：“人不能怀仁行义，分别纤微，忖度天地，乃苦身劳形。入深山，求神仙，弃二亲，捐骨肉，绝五谷，废诗书。背天地之宝，求不死之道，非所以通行防非者也。”东汉时王充，在《论衡》中有多篇论及天人关系、神形关系、医药史事、卫生保健、疾病防冶，以及改变不良卫生时尚等等，在王充所处的时代，宗教意识泛滥，仅汉光武帝二年（公元26年）“初制效兆于洛阳城南”时，所祠诸神多达1514种，至汉章帝时这种风气更盛，在这样的文化氛围中，王充力匡时敝，批判神仙说、骨相说、以及感生巫术、迷信禁忌、不求实际的择时择地等，阐述富有哲理而又科学的医学见解，认为人寿命的长短与禀气薄厚有关，并非命定。“称赤松、王乔好道为仙，度世不死，是以虚也。”“图仙人之形，体生毛，臂变为翼，行于云，则年增灸，千岁不死，此虚图也。”