明代重视医学典籍的整理研究，把它视作提高医生素养，加强医学理论建设的基础工作。
(一)《内经》的经理研究：明代治《内经》的医家颇多，撰有约20种著作，突出者有如下诸种：
1、《灵》、《素》合注与发微：马莳对《素问》、《灵枢》全部作注，是合注最早的人，《黄帝内经素问注证发微》9卷，以期有补于对《素问》的理解。王冰分《素问》为24卷，马氏非之，改分为9卷，马氏注于每篇首有提纲挈领之总论，再逐章逐节逐句注之，颇有发明，亦有望文生义处。
2、《灵枢》最早的全注本：马莳的《黄帝内经灵枢注证发微》是现存对《灵枢》最早的全注本。马莳，以为《灵枢》和《素问》都为9卷，原文悉依宋代史崧本，认为《灵枢》较《素问》更重要，不能视《灵枢》仅为用针之书，指出书中用针方法，都可引伸为用药之法，不可“泥为用针”之书，这些说法很有道理。此书体例同《素问》注，后世学者认为此书之注在内容上优于《素问》，且属首创，其功颇宏。
3、张景岳的《类经》：张景岳把《内经)重新分类，再予合编，成《类经》一书。全书以《内经》原文为纲，吸取各家医论，附以个人心得，并对难懂词句加以通俗解释，有些议论十分精彩，全书分为摄生、阴阳、藏象、脉色、经络、标本、气味、论治、疾病、针刺、运气、会通共12类，390条。
4、小型阐释《内经》之悴为使人掌握《内经》的基本精神，明代出现了由博返约，提纲挈领，讲解《内经》主要现点的著作。由滑寿原注、汪机续注的《读素问钞》，是《素问》的节录注本，刊于1519年，该书分藏象、经度、脉候、病能、摄生、论治、色诊、针刺、阴阳、标本、运气和汇萃12类。汪氏在原注基础上作了重要补充，是学习《内经》的入门书。
李中梓的《内经知要》，执简驭繁，将《内经》按内容分成道生、阴阳、色诊、脉设、藏象、经络、治则和病能8类。本书除辑录原文外，结合基础和临床加以阐析，内容简要，条理清晰，选录切要，讲解明白，是便于初学员优秀的选本之一。1764年经薛雪重校加按，更为流行。
(二)《难经》的研究：《难经》于明代注家颇多，如王九思等的《难经集注》，马莳的《难经正义》，徐述的《难经补注》、姚浚的《难经考误》，张景皋的《难经直解》，张世贤的《图注难经》等，王九思的《难经集注》，5卷，系在石右谅、王鼎象、王惟一协助下，于1505年成书，本书属于集注，集吴时吕广、唐代杨玄操、宋代丁德用、虞庶、杨康候诸家之注，于每难下胪列诸家之说，历附说明主要是校正和音释。该书在保存明代以前的资料上，是有贡献的。
(三)《伤寒论》的研究：明代从事《伤寒论》研究的医家较多，有著作传世的也在20家以上。开始强调《伤寒论》编次真伪问题，是这一时期的突出特点。方有执始强调编次谬误，提出错简简订之说。以后，张遂辰主张维护原有编次，成为针锋相对的观点。到了清代，他们各有一批追随者，故一般认为伤寒学流派之争始于明代。
明代研究《伤寒论》诸家，涉及内容广泛。董的《伤寒秘要》重在约论经义；卢之颐的《仲景伤寒论疏钞金》偏于订正注家之误。有些医家则把重点放在临床治疗上，王肯堂的《伤寒准绳》、张吾仁的《撰集伤寒世验精法》，从分析病证入手；陈长卿《伤寒五法》从论述治法入手；张介宾的《景岳全书·伤寒典》对诸家方剂进行归类分析，都有临床参考价值。明代有人提出伤寒与温病的区别，如王履的《医经溯洄集》，强调“感天气恶毒异气”的温病，受到后世的重视。万全的《伤寒摘锦》、戈维城的《伤寒补天石》都论述了时行疫病的证治。李中梓的《伤寒括要》、陶华《伤寒六书》中的《伤寒一提金》，则属于普及启蒙的通俗之作。
1、错简重订说的提出：方有执的《伤寒论条辨》，是明代研究《伤寒论》最有影响的著作。他认为张仲景与王叔和仅两朝相隔，王叔和所撰纵不全是，也不会全非，按王叔和所列篇目看，王氏尤重太阳病，是明于辨证的。世传《伤寒论》，不合辨证处甚多，太阳三篇尤为混乱。这种编次肯定非叔和方位，乃后世误人之作。为此，方氏尽二十余年努力，置加考订，以还叔和之故，通仲景之源。
方氏指“伤寒例”一篇为赘附，宜删，“平脉”、“辨脉”为叔和赞经之辞，当移诸书尾；“平脉”篇题不符实，去其篇名，并入各篇。《伤寒论条辨》对六经均有改订，以太阳篇变动最大。将太阳病卫中风而病者列为上篇，收桂技汤证及其变证为卷一；荣伤于寒而病者为中篇，收麻黄汤证及其变证为卷二；荣卫俱中伤于风寒而病者为下篇，收大青龙汤证及其变证为卷三。其余备篇分为5卷，凡8卷。这种分法由清代喻昌发展成为“三纲鼎立”说。
方有执研究《伤寒论》，是有成绩的，但《伤寒论》是否因此恢复原貌，又当别论。方氏错简重订主观上是以“心仲景之心，志仲景之志以求之”。但并未找到错简的有力依据。对错简重订说，后世褒贬不一，争论激烈，并由此形成一个伤寒学术流派。
2、维护旧论说的首端：明末张遂辰在其《张卿子伤寒论》中明确提出，维护原有编次，他认为，“仲景之书精入无比，非善读者免滞于语下”。张氏尊重历代《伤寒论》研究医家，谓“诸家论述，各有发明”，书中未贬斥任何一家，认为王叔和的编次只在卷数上与仲景原书不同，成无己的注释尤称详洽。张氏依成氏《注解伤寒论》之编次，自“辨脉”、“平脉”始，至“汗吐下可与不可”先后次序分毫末动，只在分卷上厘为7卷。文后注释亦以成无已说为主，兼采郭雍、张洁古、庞安常、李东垣、朱丹溪等人之说；张氏虽未明确反对方有执的错简重订说，事实上却形成相互对立的两种观点。他的学生张志聪、张锡驹承袭师说，进行发挥，形成伤寒学中的维护旧论派。
明代医学在诊断学、病案书写格式、医学书籍编著和传播、医德论述和医史研究上，均有较大发展。
(一)诊断学的研究与发展
明代医家在诊断上大都强调四诊兼备，脉证合参，强调全面掌握材料，抓住纲领，辨证施治。八纲辨证纲领即在明时发育成熟，脱颖而出。在遣方用药上，强调勿胶执，方应适证，药宜应病，不能胶执古方以治今病。在舌诊、问诊、脉诊上均有系统论述。
1、舌诊：明代舌诊受到广泛重视。16世纪下半叶，申斗垣著《伤寒观舌心法》，是继元代敖氏《金镜录》后又一集大成之作，他临床经验丰富，注意舌的观察，亲自给图，经长期积累，绘出135种舌图，运用分经、运气答理论，把舌和证联系起来，观舌成为诊断重要依据之一。
2、问诊：中国医家历来重视问诊。李梃的《医学入门》指出，问诊必须详尽，他列出48问，妇人需再加4问，产后又加4问。徐春甫强调四诊合参，反对完全依脉辨证。张三锡在《医学六要》中将李梃的48问，简化为26问，张介宾又简化为10问，编成《十向歌》，易记易行，为后世遵行。
3、脉诊：明代脉学专著甚多，一些类书、全书、方书、本草、临床专科著作，也常兼及脉学。现存脉学著作有：吴昆的《脉语》、李中梓的《诊家正眼》等近30种。影响最大的是李时珍的《濒湖脉学》。
《濒湖脉学》摘取诸家精华，分详27种脉。对同类异脉鉴别，各种脉象主病，既能博考，又能精研，编成歌诀，便于诵习。李梃的《医学入门》亦列27种脉，与《濒湖脉学》相较，少一牢脉，多一大脉，余皆同。徐春甫在《医学入门捷径六书》中指出，脉为“元气之苗，死生吉凶之先见”，是判断表里虚实的依据，吴昆《脉语》列怪脉12种，较前人多4种。
张介宾的《景岳全书》，专列“脉神章”3卷，对脉神、正脉16部、脉之常变等有详尽论述。李中梓的《诊家正眼》，较《濒湖脉学》增一疾脉，列脉象28种，在《医宗必读》中，他列浮沉迟数四脉为纲，以统余脉，长、短、弦脉则列于四纲之外。李中梓认为领会脉象，不能只凭语言，须通过临床揣摩。
4、八纲辨证：八纲辨证，是指导中医临床思维的基本原则，它的内容可追溯到《内经》和《伤寒论》。明初楼英在《医学纲目》中；明确提出八纲，“诊病者必先分别气血、表里、上下、脏腑之分野，以知受病之所在；次察所病虚实、寒热之邪以治之，务在阴阳不偏颇，脏腑不胜负，补泻随宜，适其所病”，1477年，王执中在《东垣先生伤寒正脉》中指出：“治病打字，虚实、阴阳、表里、寒热八字不分，杀人反掌”。方隅1584年出版的《医林绳墨·伤寒》中说：“虽后世千万方论，终难违越矩度，然究其大要，无出乎表、里、虚、实、阴、阳、寒、热八者而已。”1624年。张介宾在《景岳全书·阴阳篇》中，认为阴阳是医道之纲领，诊病施治，必先审阴阳。在《景岳全书·六变辨》中又指出：“六变者，表里、寒热、虚实是也，是即医中之关键。明此六变，万病皆指诸掌矣”。除缺少八纲辨证的术语外，表述得已十分明确。
(二)病案格式的建立
病案格式规范化是诊断治疗规范化的重要环节，它促进着医学的进步。明代出现了整理古代病案的专著，提出建立病案格式的具体要求。
1、韩懋的“六法兼施”
韩懋的《医通》，提出书写病历，要六法兼施。六法指望、闻、问、切，论、治。
六法作为填写医案的具体要求是：一望形色，如肥瘦、高低、肤色、润槁，主要看发育状况、形色神态、有无精神等。二闻声音，如音质清浊，发音洪细，说话有无气力等。三问情状，是问诊要求。韩氏提出“八何”，包括时间、地点、病因及治疗史。四是切脉理，按三部九候。五是论病原，提出六问，六是治方术，是研究治疗措施及效果的。韩氏认为，凡治一病，宜用此式一纸为案，填清年月日及地点，表明风土时令，再望之、闻之、详问之，以察其外；然后切脉、论断、处方，确立诊断和治法。各各填注，使病者持纸待续，更换医生，也有所据，还可使医生深入思考，做到百发百中。
2、吴昆关于病案格式的概括
吴昆的《脉语》对病案格式进一步概括，他称病案为“脉案”，“脉案”一名，流行至今，医家仍用之。书写内容分七条：一是时间籍贯姓名，时间占运气，地点占脉之方宜。二是望诊和闻诊，包括年龄、体态、神色、语声等，用以合脉。三是病人的苦乐、病由和发病时间，观其精神状态和疾病久暂。四是始发病、治疗措施及疗效，以为参考。五是昼夜孰甚，寒热孰多，喜恶何物，是疾病现状，以辨气血，察阴阳脏腑，六是写出病名定诊断，以及诊断的理论根据，区分标本缓急，确定某藏当补，某藏当泻。七是处方加减及用药目的，写清处方原则，药物配伍方法，令病人了解治病措施，以积极配合治疗。吴氏指出，病案后应有医者签名，以示负责，使病家验医者之工拙。
韩氏的“六法兼施”和吴氏的补充，对病案格式规范化起着奠基作用，对医学发展和后世医家也有重大影响：
明代论述医德的专篇及散在内容，较前代均有增加，涉及到医学伦理学的诸多方面。许多医家履行医德的感人事迹，也为后世留下了楷模。
明代是中国医学伦理学发展的重要时期，出现了许多论述医德的优秀文献。李《医学入门》中的“习医规格”，对医生的学习和品德提出明确要求，认为医德要求概括为一点，就是不欺。徐春甫的《古今医统》，专列“庸医”、“时医”、“名医”、“论医”等篇，鞭挞违反医德的现象。龚信、龚廷贤父子都很重视医德研究，就医患关系和医生行为规范进行了全面论述。
陈实功行医从不求谢，深得病家信任，在《外科正宗》里，提出“五戒十要”。美国1978年出版的《生命伦理百科全书》将其列为古典医德文献。
孙志宏的《简明医毅》中“业医须知”一篇，要求医者勿重财利，勿危言珍秘而索重价；对易治病勿故言难疗；对难治病勿故言易愈；不可只尽心富家，而忽慢贫家。
明代医德文献，以医忌关系为轴心，兼及医际关系。它既考虑对医者的要求，又有对患者的提醒，较之西方古代医德文献，更为全面。在资本主义萌芽出现的明代，这些文献的共同特点是反对金钱腐蚀，反对把医术作为单纯谋利的手段，对借医术敲诈财物的行径深恶痛绝，强调保持医学救死扶伤的祟高目的，保持医学为健康服务的功能。在医德运行机制上，他们尚停留在医德现象领域，借因果报应之说，劝人们作阴功之举，以推动人们对医德的侍奉。这和他们在医术范围内反对巫术和迷信，形成鲜明对照。
(一)散在的医史资料：明代留有丰富的医学史料，有不少是散在于各种书籍中的。一是明代编写的《元史》及明代各个皇帝的《实录》，多有医事制度、医家活动、疾病史等方面的材料。明代各种文件档案，官方编写的大型丛书如《永乐大典》等，也是医学史料的重要来源，二是地方志，常有正史见不到的内容，明代编写地方志之风甚盛，从清代编写的《古今图书集成全录》所收医史材料可以看出，大部取材于明代地方志，既有明代以前的医史资料，也有丰富的明代医史资料。三是名人文集，宋濂集中的《周汉卿传》，黄宗羲《南雷文定》中的《张景岳传》，戴良的《丹溪翁传》等，他们由于生活于同时代或相近时代，常能得到不可多得的第一手资料，四是笔记小说中常有医史研究的记载。五是医家著作，徐春甫的《古今医统大全》介绍了270多名医家；李的《医学入门》叙述了医学源流，介绍了一些医家的事迹，孙一奎在《赤水玄珠》中为张仲景、张子和、刘守真等人写了《张、刘、李、朱、滑六名师小传》。此外医学著作自身，它叙述的源流、师承等，均是珍贵的医史资料。
(二)专题医史著述：最早以《医史》命名的医家传记明代出现了以《医史》命名的医家传记，由李濂撰写。李氏以古文著名当时，有《医史》10卷，实为古代医家传记，与书名不称。收录医家71人，其中55人来自《左传》等正史，包括医和、淳于意以至李杲等，10人采自诸家文集，自宋代张扩迄于张养正，6人为李氏补撰，为张机、王叔和、王冰、葛应雷、戴原礼、王履。传下附有论述。一般认为此书考核未精，多疏漏。
殷仲春的《医藏书目》，是现存最早的医学书目。本书于1656年由其孙观国刻印。生卒年月不详，书目录有谬仲淳、陈实功、张三锡诸人之作，可断定为明末人。此书分类采释氏之名，分无上、正法、法流、法水、结集、旁通、散圣、玄通、理窟、机在、秘密、普醒、印证、诵法、声闻、化生、杨肘浸、妙窍、慈保、指归、法真诸函。每函之前扼要总结，说明本函特点。天上收医经；正法主要收伤寒著作，但纳有东垣及太医院医书；普醒收本草；化生主要是妇科书，妙窍主要是针灸书；劳保主要是幼科书。指归也收《内经》、《难经》。本书编目虽有分类，但互相交错，不够清晰，有的分类十分勉强。段氏撰书态度实事求是，未见过完整书籍的，阙疑不书。限于见闻，错漏仍不少。对了解医史和医学目录学，极有价值。
明代的全书、类书、丛书和入门书。
明代社会稳定，造纸工业发达，印刷技术进步，交通也较宋金元时期有所发展，为医学书籍的编撰刊印创造了良好条件，出版了大量的全书、类书、丛书和医学入门书。
明代全书、类书和丛书多由私家收集、整理、编纂和刊印，他们在一些助手帮助下，常殚尽毕生精力。
徐春甫的《古今医统大全》，是搜罗丰富的全书。前7卷属基础理论部分，第8至79卷，分病为161门，每病论述较系统全面，除引录文献外，附有个人见解。后21卷，为临床各种及方药杂论。
张介宾的《景岳全书》戴思恭的《证治类廖》、楼英的《医学纲目》、王纶的《明医杂著》、龚信的《古今医鉴》、虞传的《医学正传》、皇甫中的《明医指掌》、孙一奎的《赤水玄珠》、李梃的《医学入门》、李中梓的《医宗必读》、武之望的《济阳纲目》，均有全书性质。
王肯堂的《证治准绳》是采摭丰富条理分明的类书，收有杂病、伤寒、疡病、妇科、儿科的理论和方药，查阅方便，且附作者经验和见解，受到后世推崇。张三锡的《医学六要》也有类书性质。
明代出现了多种形式的丛书。一类汇集古代医书，王肯堂辑、吴勉学刊行的《古代医统正脉全书》最为著名，全书汇刻古代医书44种，重要著作搜罗殆遍，校勘仔细，颇多善本。一类是个人著作辑录，薛己的《薛氏医案》16种，汪机的《汪石山医书》8种，万全的《万密斋医书》20种，李中梓的《士材三书》。有些也可说是医家个人的全书。
医案专辑：明代医案专辑，首推《名医类案》。作者穷搜博集，分门别类，并附自己验案和分析，因切临床实用，颇受后世欢迎。
明代医家著作中，多附作者验案，条分缕析，叙述疑难症的辨析和治疗，示人以规矩，明代以医案命名的独立著作亦不少。对研究中医临床医学发展特点与规律，对疾病史、诊断治疗史的研究，具有参考价值。
汪机的《石山医案》、薛己的《薛己医案》、孙一奎的《孙东垣医案》、王肯堂的《王肯堂医案》在个人医案中较有影响。他如聂久吾的《奇效医述》等十余种医案，都有不少精彩内容。
医学入门书：医学入门书对培养医生，进行医学教育，不可或缺。世医世代相传，或师徒相授，对普及医学知识，有不少限制。弃儒入医、特别在穷乡僻壤，更需学医门径书。一些医家注意到这点，所写医著，照顾到有经验者，也顾及自学者。
刘纯《医经小学》是明初的医学入门书。成书于1388年，共6卷。分本草、脉诀、经络、病机、治法、运气六部分。引用医学著作20余种，撮其旨要，以为编次。为初学易记，用四百或七言韵语，间附按语，以为诠释。
李梃的《医学入门》是在《医经小学》基础上编写的。文体是叙述与韵语相结合，必须记忆部分常用韵语。李氏要求习医者医德与医术并重；这一医学教育思想，很有价值。本书取材广泛，内容丰富，是重要的医学入门书。
李中梓的《医宗必读》也是有价值的医学入门书。对初学医者必须掌握的内容，叙述得简明、准确、易理解、切实用，很受后学欢迎。